CodAlignView
NC_045512_SARS_CoV_2_Wuhan_Hu_1_aa M F V F L V L L P L V S S Q C V N L T T R T Q L P P A Y T N S F T R G V Y Y P D K V F R S S V L H S T Q D L F L P F F S N V T W F H A I H V S G T N G T K R F D N P V L P F N D G V Y F A S T E K S N I I R G W I F G T T L D S K T Q S L L I V N N A T N V V I K V C E F Q F C N D P F L G V Y Y H K N N K S W M E S E F R V Y S S A N N C T F E Y V S Q P F L M D L E G K Q G N F K N L R E F V F K N I D G Y F K I Y S K H T P I N L V R D L P Q G F S A L E P L V D L P I G I N I T R F Q T L L A L H R S Y L T P G D S S S G W T A G A A A Y Y V G Y L Q P R T F L L K Y N E N G T I T D A V D C A L D P L S E T K C T L K S F T V E K G I Y Q T S N F R V Q P T E S I V R F P N I T N L C P F G E V F N A T R F A S V Y A W N R K R I S N C V A D Y S V L Y N S A S F S T F K C Y G V S P T K L N D L C F T N V Y A D S F V I R G D E V R Q I A P G Q T G K I A D Y N Y K L P D D F T G C V I A W N S N N L D S K V G G N Y N Y L Y R L F R K S N L K P F E R D I S T E I Y Q A G S T P C N G V E G F N C Y F P L Q S Y G F Q P T N G V G Y Q P Y R V V V L S F E L L H A P A T V C G P K K S T N L V K N K C V N F N F N G L T G T G V L T E S N K K F L P F Q Q F G R D I A D T T D A V R D P Q T L E I L D I T P C S F G G V S V I T P G T N T S N Q V A V L Y Q D V N C T E V P V A I H A D Q L T P T W R V Y S T G S N V F Q T R A G C L I G A E H V N N S Y E C D I P I G A G I C A S Y Q T Q T N S P R R A R S V A S Q S I I A Y T M S L G A E N S V A Y S N N S I A I P T N F T I S V T T E I L P V S M T K T S V D C T M Y I C G D S T E C S N L L L Q Y G S F C T Q L N R A L T G I A V E Q D K N T Q E V F A Q V K Q I Y K T P P I K D F G G F N F S Q I L P D P S K P S K R S F I E D L L F N K V T L A D A G F I K Q Y G D C L G D I A A R D L I C A Q K F N G L T V L P P L L T D E M I A Q Y T S A L L A G T I T S G W T F G A G A A L Q I P F A M Q M A Y R F N G I G V T Q N V L Y E N Q K L I A N Q F N S A I G K I Q D S L S S T A S A L G K L Q D V V N Q N A Q A L N T L V K Q L S S N F G A I S S V L N D I L S R L D K V E A E V Q I D R L I T G R L Q S L Q T Y V T Q Q L I R A A E I R A S A N L A A T K M S E C V L G Q S K R V D F C G K G Y H L M S F P Q S A P H G V V F L H V T Y V P A Q E K N F T T A P A I C H D G K A H F P R E G V F V S N G T H W F V T Q R N F Y E P Q I I T T D N T F V S G N C D V V I G I V N N T V Y D P L Q P E L D S F K E E L D K Y F K N H T S P D V D L G D I S G I N A S V V N I Q K E I D R L N E V A K N L N E S L I D L Q E L G K Y E Q Y I K W P W Y I W L G F I A G L I A I V M V T I M L C C M T S C C S C L K G C C S C G S C C K F D E D D S E P V L K G V K L H Y T *
NC_045512_SARS_CoV_2_Wuhan_Hu_1 ATG TTT GTT TTT CTT GTT TTA TTG CCA CTA GTC TCT A---GT CAG TGT GTT AAT CTT ACA ACC AGA ACT CAA TTA CCC CCT GCA TAC ACT AAT TCT TTC ACA CGT GGT GTT TAT TAC CCT GAC AAA GTT TTC AGA TCC TCA GTT TTA CAT TCA ACT CAG GAC TTG TTC TTA CCT TTC TTT TCC AAT GTT ACT TGG TTC CAT GCT ATA CAT GTC TCT GGG ACC AAT GGT ACT AAG AGG TTT GAT AAC CCT GTC CTA CCA TTT AAT GAT GGT GTT TAT TTT GCT TCC ACT GAG AAG TCT AAC ATA ATA AGA GGC TGG ATT TTT GGT ACT ACT TTA GAT TCG AAG ACC CAG TCC CTA CTT ATT GTT AAT AAC GCT ACT AAT GTT GTT ATT AAA GTC TGT GAA TTT CAA TTT TGT AAT GAT CCA TTT TTG GGT GTT TAT TAC CAC AAA AAC AAC AAA AGT TGG ATG GAA AGT GAG TTC AGA GTT TAT TCT AGT GCG AAT AAT TGC ACT TTT GAA TAT GTC TCT CAG CCT TTT CTT ATG GAC CTT GAA G---GA AAA CAG GGT AAT TTC AAA AAT CTT AGG GAA TTT GTG TTT AAG AAT ATT GAT GGT TAT TTT AAA ATA TAT TCT AAG CAC ACG CCT ATT AAT TTA GTG CGT GA------------T CTC CCT CAG GGT TTT TCG GCT TTA GAA CCA TTG GTA GAT TTG CCA ATA GGT ATT AAC ATC ACT AGG TTT CAA ACT TTA CTT GCT TTA CAT AGA AGT TAT TTG ACT CCT GGT GAT TCT TCT TCA GGT TGG ACA GCT GGT GCT GCA GCT TAT TAT GTG GGT TAT CTT CAA CCT AGG ACT TTT CTA TTA AAA TAT AAT GAA AAT GGA ACC ATT ACA GAT GCT GTA GAC TGT GCA CTT GAC CCT CTC TCA GAA ACA AAG TGT ACG TTG AAA TCC TTC ACT GTA GAA AAA GGA ATC TAT CAA ACT TCT AAC TTT AGA GTC CAA CCA ACA GAA TCT ATT GTT AGA TTT CCT AAT ATT ACA AAC TTG TGC CCT TTT GGT GAA GTT TTT AAC GCC ACC AGA TTT GCA TCT GTT TAT GCT TGG AAC AGG AAG AGA ATC AGC AAC TGT GTT GCT GAT TAT TCT GTC CTA TAT AAT TCC--- GCA TCA TTT TCC ACT TTT AAG TGT TAT GGA GTG TCT CCT ACT AAA TTA AAT GAT CTC TGC TTT ACT AAT GTC TAT GCA GAT TCA TTT GTA ATT AGA GGT GAT GAA GTC AGA CAA ATC GCT CCA GGG CAA ACT GGA AAG ATT GCT GAT TAT AAT TAT AAA TTA CCA GAT GAT TTT ACA GGC TGC GTT ATA GCT TGG AAT TCT AAC AAT CTT GAT TCT AAG GTT GGT GGT AAT TAT AAT TAC CTG TAT AGA TTG TTT AGG AAG TCT AAT CTC AAA CCT TTT GAG AGA GAT ATT TCA ACT GAA ATC TAT CAG GCC GGT AGC ACA CCT TGT AAT GGT GTT GAA GGT TTT AAT TGT TAC TTT CCT TTA CAA TCA TAT GGT TTC CAA CCC ACT AAT GGT GTT GGT TAC CAA CCA TAC AGA GTA GTA GTA CTT TCT TTT GAA CTT CTA CAT GCA CCA GCA ACT GTT TGT GGA CCT AAA AAG TCT ACT AAT TTG GTT AAA AAC AAA TGT GTC AAT TTC AAC TTC AAT GGT TTA ACA GGC ACA GGT GTT CTT ACT GAG TCT AAC AAA AAG TTT CTG CCT TTC CAA CAA TTT GGC AGA GAC ATT GCT GAC ACT ACT GAT GCT GTC CGT GAT CCA CAG ACA CTT GAG ATT CTT GAC ATT ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTC AGT GTT ATA ACA CCA GGA ACA AAT ACT TCT AAC CAG GTT GCT GTT CTT TAT CAG GAT GTT AAC TGC ACA GAA GTC CCT GTT GCT ATT CAT GCA GAT CAA CTT ACT CCT ACT TGG CGT GTT TAT TCT ACA GGT TCT AAT G------TT TTT CAA ACA CGT GCA GGC TGT TTA ATA GGG GCT GAA CAT GTC AAC AAC TCA TAT GAG TGT GAC ATA CCC ATT GGT GCA GGT ATA TGC GCT AGT TAT CAG ACT CAG ACT AAT TCT CCT CGG CGG GCA CGT AGT GTA GCT AGT CAA TCC ATC ATT GCC TAC ACT ATG TCA CTT GGT GCA GAA AAT TCA GTT GCT TAC TCT AAT AAC TCT ATT GCC ATA CCC ACA AAT TTT ACT ATT AGT GTT ACC ACA GAA ATT CTA CCA GTG TCT ATG ACC AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATT TGT GGT GAT TCA ACT GAA TGC AGC AAT CTT TTG TTG CAA TAT GGC AGT TTT TGT ACA CAA TTA AAC CGT GCT TTA ACT GGA ATA GCT GTT GAA CAA GAC AAA AAC ACC CAA GAA GTT TTT GCA CAA GTC AAA CAA ATT TAC AAA ACA CCA CCA ATT AAA GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAA ATA TTA CCA GAT CCA TCA AAA CCA AGC AAG AGG TCA TTT ATT GAA GAT CTA CTT TTC AAC AAA GTG ACA CTT GCA GAT GCT GGC TTC ATC AAA CAA TAT GGT GAT TGC CTT GGT GAT ATT GCT GCT AGA GAC CTC ATT TGT GCA CAA AAG TTT AAC GGC CTT ACT GTT TTG CCA CCT TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATT GCT CAA TAC ACT TCT GCA CTG TTA GCG GGT ACA ATC ACT TCT GGT TGG ACC TTT GGT GCA GGT GCT GCA TTA CAA ATA CCA TTT GCT ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAT GGT ATT GGA GTT ACA CAG AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA TTG ATT GCC AAC CAA TTT AAT AGT GCT ATT GGC AAA ATT CAA GAC TCA CTT TCT TCC ACA GCA AGT GCA CTT GGA AAA CTT CAA GAT GTG GTC AAC CAA AAT GCA CAA GCT TTA AAC ACG CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTT TTA AAT GAT ATC CTT TCA CGT CTT GAC AAA GTT GAG GCT GAA GTG CAA ATT GAT AGG TTG ATC ACA GGC AGA CTT CAA AGT TTG CAG ACA TAT GTG ACT CAA CAA TTA ATT AGA GCT GCA GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCA GAG TGT GTA CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAG GGC TAT CAT CTT ATG TCC TTC CCT CAG TCA GCA CCT CAT GGT GTA GTC TTC TTG CAT GTG ACT TAT GTC CCT GCA CAA GAA AAG AAC TTC ACA ACT GCT CCT GCC ATT TGT CAT GAT GGA AAA GCA CAC TTT CCT CGT GAA GGT GTC TTT GTT TCA AAT GGC ACA CAC TGG TTT GTA ACA CAA AGG AAT TTT TAT GAA CCA CAA ATC ATT ACT ACA GAC AAC ACA TTT GTG TCT GGT AAC TGT GAT GTT GTA ATA GGA ATT GTC AAC AAC ACA GTT TAT GAT CCT TTG CAA CCT GAA TTA GAC TCA TTC AAG GAG GAG TTA GAT AAA TAT TTT AAG AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAT TTA GGT GAC ATC TCT GGC ATT AAT GCT TCA GTT GTA AAC ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAG AAT TTA AAT GAA TCT CTC ATC GAT CTC CAA GAA CTT GGA AAG TAT GAG CAG TAT ATA AAA TGG CCA TGG TAC ATT TGG CTA GGT TTT ATA GCT GGC TTG ATT GCC ATA GTA ATG GTG ACA ATT ATG CTT TGC TGT ATG ACC AGT TGC TGT AGT TGT CTC AAG GGC TGT TGT TCT TGT GGA TCC TGC TGC AAA TTT GAT GAA GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
MN996532_Bat_CoV_RaTG13 ATG TTT GTT TTT CTT GTT TTA TTG CCA CTA GTT TCT A---GT CAG TGT GTT AAT CTA ACA ACT AGA ACT CAG TTA CCT CCT GCA TAC ACC AAC TCA TCC ACC CGT GGT GTC TAT TAC CCT GAC AAA GTT TTC AGA TCT TCA GTT TTA CAT TTA ACT CAG GAT TTG TTT TTA CCT TTC TTC TCC AAT GTG ACC TGG TTC CAT GCT ATA CAT GTT TCA GGG ACC AAT GGT ATT AAA AGG TTT GAT AAC CCA GTT CTG CCA TTC AAC GAT GGC GTC TAT TTT GCT TCC ACT GAG AAG TCT AAT ATA ATA AGA GGA TGG ATT TTT GGT ACT ACC TTA GAT TCG AAG ACC CAG TCT CTA CTT ATT GTT AAT AAC GCT ACT AAT GTT GTT ATT AAA GTC TGT GAA TTT CAA TTT TGT AAT GAT CCA TTT TTG GGT GTT TAT TAC CAC AAA AAC AAC AAA AGT TGG ATG GAA AGT GAG TTC AGA GTT TAC TCT AGT GCG AAT AAT TGC ACT TTT GAG TAT GTC TCT CAG CCT TTT CTT ATG GAC CTT GAA G---GA AAA CAG GGT AAT TTC AAA AAT CTT AGG GAA TTC GTG TTT AAG AAT ATT GAT GGT TAT TTC AAA ATA TAT TCT AAA CAT ACG CCT ATT AAT TTA GTG CGT GA------------T CTT CCC CCT GGT TTT TCA GCT TTA GAA CCA TTG GTA GAT CTG CCA ATA GGT ATT AAC ATC ACT AGG TTT CAA ACT TTA CTT GCT TTA CAT AGA AGC TAT TTG ACT CCT GGT GAT TCT TCT TCA GGT TGG ACA GCT GGT GCT GCA GCT TAT TAT GTG GGT TAT CTT CAA CCA AGG ACT TTT CTA CTA AAA TAT AAT GAG AAT GGA ACC ATT ACA GAT GCT GTA GAC TGT GCA CTT GAC CCT CTT TCA GAA ACA AAG TGT ACG TTA AAA TCC TTC ACT GTT GAA AAA GGA ATT TAT CAA ACC TCT AAC TTT AGA GTC CAA CCA ACA GAT TCT ATT GTT AGA TTC CCA AAT ATT ACA AAC TTA TGT CCT TTT GGT GAA GTT TTT AAC GCC ACC ACA TTC GCA TCA GTT TAT GCT TGG AAC AGA AAG AGA ATT AGC AAC TGT GTT GCT GAT TAC TCT GTC CTA TAT AAT TCC--- ACT TCA TTT TCT ACC TTT AAA TGT TAT GGA GTG TCT CCT ACT AAA TTA AAT GAT CTC TGC TTT ACT AAT GTT TAT GCA GAC TCA TTT GTG ATT ACA GGT GAT GAA GTC AGA CAA ATT GCG CCA GGA CAA ACT GGA AAG ATT GCT GAC TAC AAT TAT AAA CTA CCA GAT GAT TTT ACT GGT TGT GTT ATA GCT TGG AAT TCT AAG CAT ATT GAT GCA AAA GAG GGC GGT AAT TTT AAC TAT CTT TAC CGT CTC TTT AGA AAA GCT AAT CTT AAA CCC TTT GAG AGG GAT ATC TCA ACT GAA ATT TAC CAA GCA GGC AGC AAA CCT TGT AAT GGT CAA ACT GGT CTA AAT TGC TAC TAC CCA CTT TAT AGA TAT GGA TTT TAC CCT ACT GAT GGT GTT GGT CAC CAA CCT TAT AGG GTA GTA GTA CTT TCT TTT GAA CTT CTA AAT GCA CCA GCA ACT GTT TGT GGA CCT AAG AAG TCT ACT AAC TTG GTT AAA AAT AAA TGT GTC AAT TTC AAC TTT AAT GGT TTA ACT GGC ACA GGT GTC CTC ACA GAG TCT AAT AAA AAG TTT CTA CCT TTC CAA CAA TTT GGT AGA GAC ATT GCA GAC ACT ACT GAT GCC GTC CGT GAT CCA CAG ACA CTT GAG ATT CTT GAC ATT ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTC AGT GTT ATA ACA CCT GGA ACA AAT GCC TCT AAC CAG GTT GCT GTT CTT TAT CAG GAT GTT AAC TGC ACA GAA GTC CCT GTT GCT ATC CAT GCA GAC CAA CTT ACT CCC ACT TGG CGT GTT TAC TCC ACA GGT TCT AAT G------TT TTT CAA ACA CGT GCA GGT TGT TTA ATA GGG GCT GAA CAT GTC AAT AAC TCG TAT GAG TGT GAC ATA CCT ATT GGT GCA GGA ATA TGC GCC AGT TAT CAG ACT CAA ACT AAT T-- --- --- --- -CA CGT AGT GTG GCC AGT CAA TCT ATT ATT GCC TAC ACT ATG TCA CTT GGT GCA GAA AAT TCA GTT GCT TAT TCT AAT AAC TCT ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT ACT ATT AGT GTG ACC ACT GAA ATT CTA CCT GTG TCT ATG ACA AAG ACA TCG GTA GAC TGT ACA ATG TAT ATT TGT GGT GAT TCA ACT GAG TGC AGC AAC CTT TTG TTG CAA TAT GGT AGT TTT TGC ACA CAA TTA AAT CGT GCT TTA ACT GGA ATA GCT GTT GAA CAG GAC AAA AAT ACT CAA GAA GTT TTT GCT CAA GTT AAA CAA ATT TAT AAG ACA CCA CCA ATT AAA GAT TTT GGT GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTA CCA GAT CCA TCA AAA CCA AGC AAG AGG TCA TTT ATT GAG GAT TTA CTT TTC AAT AAA GTG ACA CTT GCT GAT GCT GGC TTC ATC AAA CAA TAT GGT GAT TGC CTT GGT GAT ATT GCT GCT AGG GAT CTT ATT TGT GCT CAA AAG TTC AAT GGC CTT ACT GTT CTG CCA CCT TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATC GCT CAA TAC ACT TCT GCA CTA TTA GCA GGT ACA ATC ACT TCT GGT TGG ACT TTT GGT GCA GGT GCT GCT TTA CAA ATA CCA TTT GCC ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAT GGT ATT GGA GTT ACA CAG AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA TTG ATT GCC AAC CAG TTT AAT AGT GCT ATT GGC AAA ATT CAA GAC TCA CTT TCT TCT ACA GCA AGT GCA CTT GGA AAA CTT CAA GAT GTT GTC AAC CAA AAT GCA CAA GCT TTA AAC ACG CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGA GCT ATT TCT AGC GTG TTA AAT GAT ATC CTT TCA CGT CTC GAC AAA GTT GAG GCT GAA GTG CAG ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGA CTT CAA AGC TTG CAG ACA TAT GTG ACT CAA CAA TTA ATT AGA GCT GCA GAA ATC AGA GCT TCT GCC AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCA GAG TGT GTA CTC GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAA GGC TAT CAT CTT ATG TCT TTC CCT CAG TCA GCA CCT CAT GGT GTA GTC TTC TTG CAT GTG ACA TAT GTC CCT GCA CAA GAA AAG AAC TTC ACA ACT GCT CCT GCC ATT TGT CAT GAT GGA AAA GCA CAC TTT CCA CGT GAA GGT GTT TTC GTT TCA AAT GGC ACA CAC TGG TTT GTT ACA CAA AGG AAT TTT TAT GAA CCA CAA ATT ATT ACA ACA GAC AAC ACA TTT GTC TCT GGT AGC TGT GAT GTT GTA ATA GGA ATT GTC AAC AAC ACA GTT TAT GAT CCT TTG CAA CCA GAA CTT GAT TCA TTC AAG GAG GAG TTG GAT AAA TAC TTT AAA AAT CAT ACA TCA CCT GAT GTA GAT TTA GGT GAC ATT TCT GGC ATT AAT GCT TCA GTT GTC AAT ATT CAA AAG GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCT CTC ATC GAT CTC CAA GAA CTT GGA AAG TAT GAA CAG TAT ATA AAA TGG CCA TGG TAC ATT TGG CTA GGT TTT ATA GCT GGC TTG ATT GCC ATA ATA ATG GTC ACG ATT ATG CTT TGC TGT ATG ACC AGT TGC TGC AGT TGT CTC AAG GGC TGT TGT TCT TGC GGA TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAA GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
MG772933_Bat_SARS_like_CoV_bat_SL_CoVZC45 TTG TTT TTC TTG TTT CTT CAG TTC GCC TTA GTA AAC T---CC CAG TGT GTT AAC TTG ACA GGC AGA ACC CCA CTC AAT CCC AAT TAT ACT AAT TCT TCA CAA AGA GGT GTT TAT TAC CCT GAC ACA ATT TAT AGA TCA GAC ACA CTT GTG CTC AGC CAG GGT TAT TTT CTT CCA TTT TAT TCT AAT GTT AGC TGG TAT TAC TCA TTA ACA A-- -CC AAC AAT GCT GCC ACA AAG AGG ACT GAT AAT CCT ATA TTA GAT TTC AAG GAC GGC ATA TAC TTT GCT GCC ACT GAA CAC TCA AAT ATT ATC AGG GGC TGG ATC TTT GGA ACA ACT CTT GAC AAC ACT TCT CAA TCT CTC TTG ATA GTT AAC AAC GCA ACG AAT GTT ATT ATC AAG GTT TGT AAT TTT GAT TTT TGT TAT GAT CCC TAC CTT AGT GGT TAC TAT CAT --- AAC AAC AAA ACA TGG AGC ATC AGA GAA TTT GCT GTC TAT TCT TCT TAT GCT AAT TGT ACT TTT GAG TAT GTT TCG AAA TCC TTT ATG TTG AAC ATT TCT G---GT AAT GGT GGT CTG TTC AAC ACT CTT AGA GAG TTT GTT TTC AGA AAT GTC GAT GGG CAT TTC AAG ATT TAC TCA AAG TTT ACA CCA GTA AAT TTA AAT CGT GG------------C TTG CCT ACT GGT CTC TCA GTG CTT CAG CCA TTG GTT GAA TTA CCA GTT AGC ATA AAT ATT ACT AAA TTC AGA ACA CTC CTC ACT ATT CAT AGA GGA GAC CCT ATG CCT AAT AA- --- --- --C GGC TGG ACT GCT TTT TCA GCT GCT TAT TTC GTG GGC TAT CTT AAA CCA CGT ACC TTT ATG CTG AAA TAT AAT GAG AAT GGC ACC ATT ACT GAT GCT GTT GAT TGT GCA CTT GAC CCT CTT TCG GAG ACA AAG TGT ACG TTA AAA TCT CTT ACT GTC CAA AAG GGC ATC TAT CAG ACT TCT AAC TTC CGA GTG CAA CCC ACT CAG TCT GTA GTT AGA TTT CCT AAT ATT ACC AAT GTG TGT CCA TTT CAC AAG GTT TTT AAT GCC ACG AGG TTT CCT TCC GTC TAT GCG TGG GAA AGA ACT AAA ATT TCT GAT TGC ATT GCA GAT TAC ACT GTT TTC TAC AAT TCA--- ACT TCT TTT TCT ACT TTT AAA TGT TAT GGT GTT TCA CCT TCT AAA TTG ATT GAT TTG TGC TTT ACG AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTT CTC ATA AGA TTC TCA GAA GTC AGA CAG GTG GCA CCA GGA CAA ACT GGT GTC ATT GCT GAC TAT AAT TAT AAA TTA CCT GAT GAT TTT ACA GGT TGT GTC ATA GCT TGG AAC ACT GCC AAA C-- --- --- -AG GAT GTA GGT AAT TAT TTC TAC AGG TCT CAT CGT TCT ACC AAA T-- --- -TG AAA CCA TTT GAA AGA GAT CTT TCC TCA GAC GAG --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- AAT GGT GTC CGT ACA CTT AGT ACT TAT GAC TTC AAC CCT AAT GTA CCA CTT GAA TAC CAA GCT ACA AGG GTT GTT GTT TTG TCA TTT GAG CTT CTA AAT GCA CCA GCT ACA GTT TGT GGA CCA AAA CTA TCC ACA CAA CTA GTA AAA AAT CAG TGC GTT AAT TTC AAC TTT AAC GGA CTC AAG GGC ACT GGT GTC TTG ACT GAT TCT TCC AAG AGG TTT CAG TCA TTC CAA CAA TTT GGT AAA GAT GCG TCT GAC TTT ATT GAT TCA GTA CGT GAT CCT CAA ACA CTT GAG ATA CTT GAC ATT ACA CCT TGC TCT TTT GGT GGT GTC AGT GTT ATA ACA CCA GGA ACA AAC ACT TCT TTA GAG GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAT GTA CCA ACT ACT ATA CAT GCA GAC CAA CTA ACA CCT GCT TGG CGT ATT TAT GCT ACT GGC ACT AAT G------TG TTT CAA ACT CAA GCA GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAA CAT GTC AAT GCT TCT TAT GAG TGT GAC ATC CCA ATT GGT GCT GGT ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACG GCT TCT ATA T-- --- --- --- -TA CGC AGT ACA AGC CAG AAA GCT ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCC CTT GGT GCT GAG AAC TCT ATC GCT TAT GCT AAC AAT TCT ATA GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATT AGT GTT ACC ACT GAA GTT ATG CCT GTA TCA ATG GCT AAA ACT TCT GTA GAT TGT ACT ATG TAT ATC TGT GGT GAC TCT ATA GAG TGT AGC AAC TTG TTG TTA CAA TAT GGC AGT TTT TGC ACA CAA CTA AAT CGT GCT TTA AGT GGG ATT GCT ATT GAG CAA GAC AAG AAC ACC CAA GAG GTT TTT GCT CAA GTT AAG CAA ATC TAT AAA ACA CCA CCT ATT AAG GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAG ATA CTA CCT GAC CCA TCT AAA CCC AGC AAG AGG TCG TTT ATT GAA GAC TTA CTC TTC AAT AAA GTC ACT CTT GCT GAT GCC GGT TTT ATC AAA CAG TAC GGT GAT TGT TTG GGT GGT ATT TCT GCT AGA GAT TTG ATT TGT GCT CAA AAG TTC AAT GGA CTT ACT GTC TTA CCA CCA TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATC GCT GCT TAT ACA GCT GCA TTA ATT AGC GGC ACT GCC ACT GCT GGA TGG ACC TTT GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCA TTT GCC ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAT GGA ATT GGA GTT ACT CAG AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAG AAA TTA ATA GCC AAT CAG TTT AAT AGT GCT ATT GGA AAA ATC CAA GAG TCT TTG ACA TCT ACA GCT AGT GCA CTT GGA AAA TTG CAG GAT GTT GTT AAC CAA AAT GCA CAA GCT TTA AAC ACG CTT GTT AAA CAA CTT AGT TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGC GTG TTG AAT GAC ATT CTT TCA CGC CTT GAC AAA GTC GAG GCT GAG GTT CAG ATT GAT AGG TTG ATC ACA GGT AGA CTT CAG AGT TTA CAG ACG TAT GTG ACT CAA CAA TTA ATC AGA GCT GCA GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCG ACT AAA ATG TCC GAG TGT GTA CTA GGA CAA TCT AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAA GGT TAT CAC CTA ATG TCT TTT CCC CAG TCA GCG CCT CAT GGT GTT GTC TTC TTA CAT GTG ACT TAC ATT CCT TCG CAA GAA AAG AAC TTC ACA ACA GCT CCT GCC ATT TGC CAT GAA GGT AAA GCA CAC TTC CCA CGT GAA GGT GTT TTC GTT TCG AAT GGC ACA CAC TGG TTT GTA ACA CAA AGG AAC TTT TAT GAA CCT AAA ATT ATA ACC ACT GAC AAT ACA TTT GTC TCT GGT AAC TGT GAT GTT GTA ATT GGA ATT ATC AAC AAC ACA GTT TAT GAT CCT TTA CAA CCA GAA CTT GAT TCA TTT AAG GAG GAG TTA GAT AAA TAT TTT AAA AAT CAT ACA TCA CCT GAT ATT GAT CTT GGT GAT ATT TCT GGC ATT AAT GCT TCT GTT GTC AAT ATT CAA AAG GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AGA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAT CTC CAA GAA CTT GGA AAA TAT GAG CAA TAT ATC AAA TGG CCA TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTC ATT GCT ATA GTC ATG GTT ACA ATC CTG CTT TGT TGC ATG ACA AGT TGT TGC AGT TGT CTC AAG GGC TGT TGT TCT TGC GGA TCT TGC TGT AAA TTT GAT GAA GAC GAC TCT GAG CCT GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
MG772934_Bat_SARS_like_CoV_bat_SL_CoVZXC21 TTG TTT TTC TTG TTT CTT CAG TTC GCC TTA GTA AAC T---CC CAG TGT G-- -AT TTG ACA GGT AGA ACT CCA CTC AAT CCC AAT TAT ACT AAT TCT TCA CAA AGA GGT GTT TAT TAC CCT GAC ACA ATT TAT AGA TCT GAC ACA CTA GTG CTT AGT CAG GGT TAT TTT CTT CCA TTT TAT TCC AAT GTT AGC TGG TAT TAT TCA TTA ACA A-- -CC AAC AAT GCT GCC ACA AAG AGG ACT GAC AAC CCT ATA TTA GAT TTC AAG GAC GGC ATA TAT TTT GCT GCC ACT GAA CAC TCA AAT ATT GTC AGG GGC TGG ATC TTT GGA ACA ACT CTT GAC AAC ACT TCT CAA TCT CTC TTG ATA GTT AAC AAT GCA ACG AAT GTT ATT ATC AAG GTT TGT AAT TTT GAC TTT TGT TAC GAT CCC TAC CTT AGT GGT TAC TAT CAT --- AAC AAC AAA ACC TGG AGC ATC AGA GAA TTT GCT GTC TAT TCC TTT TAT GCT AAT TGT ACT TTT GAG TAT GTC TCA AAA TCC TTT ATG TTG AAC ATT TCT G---GT AAT GGT GGT CTG TTC AAC ACT CTC AGA GAG TTT GTT TTT AGA AAT GTC GAT GGG CAT TTC AAG ATT TAC TCA AAA TTT ACA CCA GTA AAC TTA AAT CGT GG------------C TTA CCT ACT GGT CTT TCA GTA CTT CAA CCG TTG GTT GAA TTA CCA GTT AGC ATA AAT ATT ACT AAA TTT AGA ACA CTC CTC ACT ATT CAT AGA GGA GAC CCT ATG TCT AAT AA- --- --- --T GGC TGG ACT GCT TTT TCA GCT GCT TAT TTC GTG GGC TAT CTT AAA CCA CGT ACC TTT ATG CTG AAA TAT AAT GAG AAT GGC ACC ATT ACT GAT GCT GTT GAT TGT GCA CTT GAC CCT CTT TCG GAG ACA AAG TGT ACG TTA AAA TCT CTT AGT GTT CAA AAG GGT ATC TAT CAG ACT TCT AAC TTT CGA GTG CAA CCC ACT CAG TCT ATA GTT AGA TTT CCT AAT ATT ACC AAT GTG TGT CCA TTT CAC AAG GTT TTT AAT GCC ACA AGG TTT CCT TCT GTT TAC GCG TGG GAA AGA ACT AAA ATT TCT GAT TGC ATT GCA GAC TAC ACT GTT TTC TAC AAT TCA--- ACT TCT TTT TCT ACT TTC AAA TGT TAT GGT GTT TCA CCC TCT AAA TTG ATT GAT TTG TGT TTT ACG AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTT CTC ATA AGA TTT TCA GAG GTC AGA CAA GTG GCA CCA GGA CAG ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAC AAT TAT AAA TTA CCT GAT GAT TTT ACA GGT TGT GTC ATA GCC TGG AAC ACA GCA AAA C-- --- --- -AG GAC ACA GGT CAT TAT TTC TAT AGG TCT CAT CGC TCT ACC AAA T-- --- -TA AAA CCA TTT GAA AGA GAC CTT TCT TCA GAT GAG --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- AAT GGT GTC CGT ACA CTT AGT ACT TAT GAC TTT AAC CCT AAT GTA CCG CTT GAA TAT CAA GCT ACA AGG GTT GTT GTC TTG TCA TTT GAG CTT CTA AAT GCA CCA GCT ACA GTT TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACA CAA CTA GTA AAA AAT CAG TGC GTT AAT TTC AAT TTT AAC GGA CTC AAG GGC ACT GGT GTC TTG ACT GAT TCT TCT AAG AGG TTT CAG TCA TTC CAA CAA TTT GGT AAA GAT GCG TCT GAC TTT ATT GAT TCA GTA CGT GAT CCT CAA ACA CTT GAG ATA CTT GAC ATT ACA CCT TGC TCT TTT GGT GGT GTC AGT GTT ATA ACA CCA GGA ACA AAC ACT TCT TCA GAG GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAT GTA CCA ACT ACT ATA CAT GCA GAC CAA TTA ACA CCT GCT TGG CGC ATT TAT GCT ATT GGC ACT AGT G------TG TTT CAA ACT CAA GCA GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAA CAT GTC AAT GCT TCT TAT GAG TGT GAC ATC CCA ATT GGT GCT GGT ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACG GCT TCT ATA T-- --- --- --- -TA CGT AGT ACA GGC CAG AAA GCT ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCC CTT GGT GCT GAG AAC TCT ATT GCT TAT GCT AAC AAT TCT ATA GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACC ACT GAA GTT ATG CCT GTA TCA ATG GCT AAA ACT TCT GTA GAT TGC ACT ATG TAT ATC TGC GGT GAC TCT ATA GAG TGT AGC AAC TTG TTG TTA CAA TAT GGC AGT TTT TGC ACA CAA CTA AAT CGT GCT TTA AGT GGA ATT GCT ATT GAA CAA GAC AAG AAC ACT CAA GAG GTT TTT GCT CAA GTC AAG CAA ATC TAT AAA ACA CCA CCT ATT AAG GAT TTT GGT GGT TTC AAT TTT TCA CAG ATA TTA CCC GAT CCT TCT AAA CCC AGC AAG AGG TCG TTT ATT GAA GAT TTA CTC TTC AAT AAA GTC ACT CTT GCT GAT GCT GGT TTT ATA AAA CAG TAC GGT GAT TGT TTG GGT GAT ATT TCT GCT AGA GAT TTG ATT TGT GCT CAA AAG TTC AAT GGA CTC ACT GTC TTA CCA CCA TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATC GCT GCT TAT ACA GCT GCA TTA ATT AGC GGC ACT GCC ACT GCT GGA TGG ACC TTT GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCA TTT GCC ATG CAA ATG GCT TAT AGA TTT AAT GGA ATT GGA GTT ACT CAG AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAG AAA TTA ATA GCC AAT CAG TTT AAT AGT GCT ATT GGA AAA ATC CAA GAG TCT TTG ACA TCT ACA GCT AGT GCA CTT GGA AAA TTG CAG GAT GTT GTT AAC CAA AAT GCA CAA GCT TTA AAC ACG CTT GTT AAA CAA CTT AGT TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGC GTG TTG AAT GAT ATT CTT TCA CGC CTT GAC AAA GTC GAG GCT GAG GTT CAG ATT GAT AGG TTG ATC ACA GGT AGA CTT CAG AGT TTA CAG ACG TAT GTG ACT CAA CAA TTA ATC AGA GCT GCA GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCG ACT AAA ATG TCC GAG TGT GTA CTA GGA CAA TCT AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAA GGT TAT CAC CTA ATG TCT TTT CCC CAG TCA GCG CCT CAT GGT GTT GTT TTC TTA CAT GTG ACT TAC ATT CCT TCG CAA GAA AAG AAC TTC ACA ACA GCT CCT GCC ATT TGT CAT GAA GGT AAA GCA CAC TTC CCA CGT GAA GGT GTT TTC GTT TCG AAT GGC ACA CAC TGG TTT GTA ACA CAA AGG AAC TTT TAC GAA CCC CAA ATT ATA ACC ACT GAC AAT ACA TTT GTC TCC GGT AAC TGT GAT GTT GTA ATT GGA ATT ATC AAT AAC ACA GTT TAT GAT CCT TTA CAA CCA GAA CTT GAT TCA TTT AAG GAG GAG TTA GAT AAA TAT TTT AAA AAT CAT ACA TCA CCT GAT ATT GAT CTT GGT GAT ATT TCT GGC ATT AAT GCT TCT GTT GTC AAT ATT CAA AAG GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AGA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAT CTC CAA GAA CTT GGA AAA TAT GAG CAC TAT ATC AAA TGG CCA TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTC ATT GCT ATA GTC ATG GTT ACA ATC CTG CTT TGT TGC ATG ACA AGT TGT TGC AGT TGT CTC AAG GGC TGT TGT TCT TGC GGA TTT TGC TGT AAA TTT GAT GAA GAT GAC TCT GAG CCT GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACG TAA
NC_004718_SARS_CoV TAT TTC TTA CTC TCA CTA GTG GTA GTG ACC TTG ACC G---GT GCA CCA CTT TTG ATG ATG TTC A-- AGC TCC TAA TTA CAC --T CAA CAT ACT TCA TCT ATG AGG GGG GTT TAC TAT CCT GAT GAA ATT TTT AGA TCA GAC ACT CTT TAT TTA ACT CAG GAT TTA TTT CTT CCA TTT TAT TCT AAT GTT ACA GGG TTT CAT ACT ATT AAT C-- -AT ACG TTT GGC AAC --- --- --- --- --- --- CCT GTC ATA CCT TTT AAG GAT GGT ATT TAT TTT GCT GCC ACA GAG AAA TCA AAT GTT GTC CGT GGT TGG GTT TTT GGT TCT ACC ATG AAC AAC AAG TCA CAG TCG GTG ATT ATT ATT AAC AAT TCT ACT AAT GTT GTT ATA CGA GCA TGT AAC TTT GAA TTG TGT GAC AAC CCT TTC TTT GCT GTT TCT AAA CCC --- --- --- --- ATG GGT ACA CAG ACA CAT ACT ATG ATA TTC GAT AAT GCA TTT AAT TGC ACT TTC GAG TAC ATA TCT GAT GCC TTT TCG CTT GAT GTT TCA G---AA AAG TCA GGT AAT TTT AAA CAC TTA CGA GAG TTT GTG TTT AAA AAT AAA GAT GGG TTT CTC TAT GTT TAT AAG GGC TAT CAA CCT ATA GAT GTA GTT CGT GA------------T CTA CCT TCT GGT TTT AAC ACT TTG AAA CCT ATT TTT AAG TTG CCT CTT GGT ATT AAC ATT ACA AAT TTT AGA GCC ATT CTT ACA GCC TTT TCA CCT GCT CAA GA- --- --- --- --- --- --C ATT TGG GGC ACG TCA GCT GCA GCC TAT TTT GTT GGC TAT TTA AAG CCA ACT ACA TTT ATG CTC AAG TAT GAT GAA AAT GGT ACA ATC ACA GAT GCT GTT GAT TGT TCT CAA AAT CCA CTT GCT GAA CTC AAA TGC TCT GTT AAG AGC TTT GAG ATT GAC AAA GGA ATT TAC CAG ACC TCT AAT TTC AGG GTT GTT CCC TCA GGA GAT GTT GTG AGA TTC CCT AAT ATT ACA AAC TTG TGT CCT TTT GGA GAG GTT TTT AAT GCT ACT AAA TTC CCT TCT GTC TAT GCA TGG GAG AGA AAA AAA ATT TCT AAT TGT GTT GCT GAT TAC TCT GTG CTC TAC AAC TCA--- ACA TTT TTT TCA ACC TTT AAG TGC TAT GGC GTT TCT GCC ACT AAG TTG AAT GAT CTT TGC TTC TCC AAT GTC TAT GCA GAT TCT TTT GTA GTC AAG GGA GAT GAT GTA AGA CAA ATA GCG CCA GGA CAA ACT GGT GTT ATT GCT GAT TAT AAT TAT AAA TTG CCA GAT GAT TTC ATG GGT TGT GTC CTT GCT TGG AAT ACT AGG AAC ATT GAT GCT ACT TCA ACT GGT AAT TAT AAT TAT AAA TAT AGG TAT CTT AGA CAT GGC AAG CTT AGG CCC TTT GAG AGA GAC ATA TCT AAT GTG CCT TTC TCC CCT GAT GGC AAA CCT TGC ACC CCA CCT GC- --T CTT AAT TGT TAT TGG CCA TTA AAT GAT TAT GGT TTT TAC ACC ACT ACT GGC ATT GGC TAC CAA CCT TAC AGA GTT GTA GTA CTT TCT TTT GAA CTT TTA AAT GCA CCG GCC ACG GTT TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACT GAC CTT ATT AAG AAC CAG TGT GTC AAT TTT AAT TTT AAT GGA CTC ACT GGT ACT GGT GTG TTA ACT CCT TCT TCA AAG AGA TTT CAA CCA TTT CAA CAA TTT GGC CGT GAT GTT TCT GAT TTC ACT GAT TCC GTT CGA GAT CCT AAA ACA TCT GAA ATA TTA GAC ATT TCA CCT TGC GCT TTT GGG GGT GTA AGT GTA ATT ACA CCT GGA ACA AAT GCT TCA TCT GAA GTT GCT GTT CTA TAT CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAT GTT TCT ACA GCA ATT CAT GCA GAT CAA CTC ACA CCA GCT TGG CGC ATA TAT TCT ACT GGA AAC AAT G------TA TTC CAG ACT CAA GCA GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAG CAT GTC GAC ACT TCT TAT GAG TGC GAC ATT CCT ATT GGA GCT GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAT ACA GTT TCT TTA T-- --- --- --- -TA CGT AGT ACT AGC CAA AAA TCT ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCT TTA GGT GCT GAT AGT TCA ATT GCT TAC TCT AAT AAC ACC ATT GCT ATA CCT ACT AAC TTT TCA ATT AGC ATT ACT ACA GAA GTA ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACC TCC GTA GAT TGT AAT ATG TAC ATC TGC GGA GAT TCT ACT GAA TGT GCT AAT TTG CTT CTC CAA TAT GGT AGC TTT TGC ACA CAA CTA AAT CGT GCA CTC TCA GGT ATT GCT GCT GAA CAG GAT CGC AAC ACA CGT GAA GTG TTC GCT CAA GTC AAA CAA ATG TAC AAA ACC CCA ACT TTG AAA TAT TTT GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAA ATA TTA CCT GAC CCT CTA AAG CCA ACT AAG AGG TCT TTT ATT GAG GAC TTG CTC TTT AAT AAG GTG ACA CTC GCT GAT GCT GGC TTC ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAT CTC ATT TGT GCG CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACA GTG TTG CCA CCT CTG CTC ACT GAT GAT ATG ATT GCT GCC TAC ACT GCT GCT CTA GTT AGT GGT ACT GCC ACT GCT GGA TGG ACA TTT GGT GCT GGC GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACC CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAA ATC GCC AAC CAA TTT AAC AAG GCG ATT AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTT AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAC ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCT AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAT ATC CTT TCG CGA CTT GAT AAA GTC GAG GCG GAG GTA CAA ATT GAC AGG TTA ATT ACA GGC AGA CTT CAA AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGG GCT GCT GAA ATC AGG GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTT TGT GGA AAG GGC TAC CAC CTT ATG TCC TTC CCA CAA GCA GCC CCG CAT GGT GTT GTC TTC CTA CAT GTC ACG TAT GTG CCA TCC CAG GAG AGG AAC TTC ACC ACA GCG CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTT TTT GTG TTT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAC TTC TTT TCT CCA CAA ATA ATT ACT ACA GAC AAT ACA TTT GTC TCA GGA AAT TGT GAT GTC GTT ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAC GCT TCT GTC GTC AAC ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCT AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA TTG GGA AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCT TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACT AGT TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAG TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCA GTT CTC AAG GGT GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
KT444582_SARS_like_CoV_WIV16 TCT TTC TCA CTC TCA CTA GTG GTA GTG ACC TTG AGA G---TT GTA CCA CTT TTG ATG ATG TTC A-- AGC CCC TAA TTA CCC --T CAA CAC TCT TCA TCC AGG AGA GGG GTT TAT TAT CCT GAT GAA ATC TTT AGA TCA GAC ACT CTT TAT TTA ACT CAG GAT CTA TTT CTT CCA TTC TAT TCT AAT GTC ACA GGG TTT CAT ACT ATT AAT C-- -AT AGG TTT GAC AAC --- --- --- --- --- --- CCT GTC ATA CCT TTT AAG GAT GGT GTT TAT TTT GCT GCC ACT GAG AAA TCA AAT GTT GTC CGT GGT TGG GTT TTT GGC TCT ACC ATG AAC AAC AAG TCT CAG TCG GTG ATT ATC ATC AAT AAT TCT ACT AAT GTT GTT ATA CGA GCA TGT AAT TTT GAG TTG TGT GAC AAC CCT TTC TTT GCT GTC TCT AAA CCT --- --- --- --- ACG GGA ACA CAG ACA CAC ACT ATG ATA TTC GAC AAT GCA TTT AAT TGC ACT TTC GAA TAC ATA TCA GAC TCC TTT TCG CTC GAT GTT GCT G---AA AAG TCA GGT AAT TTT AAA CAC TTA CGA GAG TTT GTG TTT AAA AAT AAG GAT GGG TTT CTC TAT GTT TAC AAG GGT TAT CAA CCT ATA GAC GTA GTC CGT GA------------T CTA CCA TCT GGC TTT AAT ATT TTG AAA CCT ATT TTT AAG TTA CCT CTT GGT ATT AAC ATT ACA AAT TTT AGA GCC ATT CTT ACA GCA TTT TTG CCT GCT CAA GA- --- --- --- --- --- --C ACT TGG GGT ACA TCA GCT GCT GCT TAT TTT GTT GGC TAT TTA AAG CCA GCT ACA TTC ATG CTT AAG TAT GAT GAA AAT GGT ACA ATC ACA GAT GCT GTT GAT TGT TCT CAA AAT CCC CTT GCT GAA CTC AAA TGT TCT GTT AAA AGT TTT GAG ATT GAT AAA GGA ATT TAC CAA ACC TCC AAT TTT AGG GTA GCA CCC TCA AAG GAA GTT GTG AGG TTC CCT AAT ATT ACA AAC CTG TGT CCT TTT GGG GAG GTT TTT AAT GCT ACT ACA TTT CCT TCT GTC TAT GCA TGG GAG AGG AAA AGA ATT TCT AAT TGT GTT GCT GAT TAC TCT GTA CTC TAC AAC TCA--- ACA TCT TTT TCA ACT TTT AAG TGT TAT GGC GTT TCT GCC ACT AAG CTG AAT GAT CTT TGC TTC TCC AAT GTC TAT GCA GAT TCA TTT GTA GTC AAA GGA GAC GAT GTA AGG CAA ATA GCA CCA GGA CAG ACC GGT GTT ATT GCT GAT TAT AAT TAC AAA TTG CCA GAT GAT TTC ACG GGT TGT GTC CTT GCT TGG AAT ACT AGG AAC ATT GAT GCT ACT CAA ACT GGT AAT TAT AAT TAT AAA TAT AGA TCT CTC AGA CAT GGC AAG CTT AGG CCT TTT GAG AGA GAT ATT TCT AAT GTG CCT TTC TCT CCT GAT GGC AAA CCT TGT ACC CCA CCT GC- --T TTT AAT TGT TAT TGG CCA TTA AAT GAT TAT GGT TTT TAC ATC ACT AAT GGC ATA GGC TAC CAA CCT TAT AGA GTT GTA GTT CTT TCT TTT GAA CTT CTA AAT GCA CCT GCT ACG GTT TGT GGA CCA AAA TTG TCC ACT GAC CTT ATT AAA AAT CAA TGT GTC AAT TTT AAC TTT AAT GGA CTC ACT GGT ACT GGT GTG TTA ACT CCT TCT TCA AAG AGA TTT CAA CCA TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAT GTT TTG GAT TTC ACT GAT TCA GTT CGA GAT CCG AAG ACG TCT GAA ATA TTA GAC ATT TCA CCT TGC TCT TTT GGC GGT GTA AGT GTA ATC ACA CCT GGA ACA AAT ACT TCA TCA GAA GTT GCT GTT CTA TAT CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAT GTT CCT GTA GCA ATC CAT GCA GAC CAA CTC ACA CCT TCT TGG CGC GTA TAC TCT ACT GGA AAT AAT G------TA TTT CAA ACC CAG GCA GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAG CAT GTC GAC ACT TCT TAT GAG TGC GAC ATT CCT ATT GGA GCT GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAT ACA GTT TCT TCA T-- --- --- --- -TA CGT AGT ACT AGC CAA AAA TCT ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCT TTA GGT GCT GAT AGT TCA ATT GCT TAC TCT AAT AAC ACC ATT GCT ATA CCT ACT AAC TTT TCA ATT AGC ATT ACT ACA GAA GTA ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACC TCT GTA GAT TGT AAT ATG TAC ATC TGC GGA GAT TCT ACT GAA TGT GCT AAT TTG CTT CTC CAA TAT GGT AGC TTT TGC ACA CAA CTA AAT CGT GCA CTC TCA GGT ATT GCT GTT GAA CAG GAT CGC AAC ACA CGT GAA GTG TTC GCT CAA GTC AAA CAA ATG TAC AAA ACC CCA ACT TTG AAA GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAA ATA TTA CCT GAC CCT CTA AAG CCA ACT AAG AGG TCT TTT ATT GAG GAC TTG CTC TTT AAT AAG GTG ACA CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAT CTC ATT TGT GCG CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACA GTG CTG CCA CCT CTG CTC ACT GAT GAT ATG ATT GCT GCC TAC ACT GCT GCT CTA GTT AGT GGT ACT GCC ACT GCT GGA TGG ACA TTC GGT GCT GGC GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAA ATC GCC AAT CAA TTT AAC AAG GCG ATC AGC CAA ATT CAA GAA TCA CTC ACA ACA ACA TCC ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAT GTC GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAC ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCG ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAT ATC CTT TCG CGA CTT GAT AAA GTC GAG GCA GAG GTA CAA ATT GAC AGG TTA ATT ACA GGC AGA CTG CAA AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGG GCT GCT GAA ATC AGG GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTT TGC GGA AAG GGC TAC CAT CTT ATG TCC TTC CCA CAA GCA GCC CCG CAT GGT GTT GTC TTC CTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCT CAA GAG AGA AAC TTC ACC ACA GCG CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTT TTT GTG TTT AAT GGC ACT TCG TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAC TTC TTT TCT CCA CAA ATA ATT ACT ACA GAC AAT ACA TTT GTC TCC GGA AGT TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAT ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAC GCT TCT GTC GTC AAC ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCT AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA TTG GGA AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCT TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACT AGT TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAG TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCA GTT CTC AAG GGT GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
KY417146_Bat_SARS_like_CoV_Rs4231 TCT TTC TCA CTC TCA CTA GTG GTA GTG ACC TTG AGA G---TT GTA CCA CTT TTG ATG ATG TTC A-- AGC CCC TAA TTA CCC --T CAA CAC TCT TCA TCC AGG AGA GGG GTT TAT TAT CCT GAT GAA ATC TTT AGA TCA GAC ACT CTT TAT TTA ACT CAG GAT CTA TTT CTT CCA TTC TAT TCT AAT GTC ACA GGG TTT CAT ACT ATT AAT C-- -AT AGG TTT GAC AAC --- --- --- --- --- --- CCT GTC ATA CCT TTT AAG GAT GGT GTT TAT TTT GCT GCC ACT GAG AAA TCA AAT GTT GTC CGT GGT TGG GTT TTT GGC TCT ACC ATG AAC AAC AAG TCT CAG TCG GTG ATT ATC ATC AAT AAT TCT ACT AAT GTT GTT ATA CGA GCA TGT AAT TTT GAG TTG TGT GAC AAC CCT TTC TTT GCT GTC TCT AAA CCT --- --- --- --- ACG GGA ACA CAG ACA CAC ACT ATG ATA TTC GAC AAT GCA TTT AAT TGC ACT TTC GAA TAC ATA TCA GAC TCC TTT TCG CTC GAT GTT GCT G---AA AAG TCA GGT AAT TTT AAA CAC TTA CGA GAG TTT GTG TTT AAA AAT AAG GAT GGG TTT CTC TAT GTT TAC AAG GGT TAT CAA CCT ATA GAC GTA GTC CGT GA------------T CTA CCA TCT GGC TTT AAT ATT TTG AAA CCT ATT TTT AAG TTA CCT CTT GGT ATT AAC ATT ACA AAT TTT AGA GCC ATT CTT ACA GCA TTT TTG CCT GCT CAA GA- --- --- --- --- --- --C ACT TGG GGT ACA TCA GCT GCT GCT TAT TTT GTT GGC TAT TTA AAG CCA GCT ACA TTC ATG CTT AAG TAT GAT GAA AAT GGT ACA ATC ACA GAT GCT GTT GAT TGT TCT CAA AAT CCC CTT GCT GAA CTC AAA TGT TCT GTT AAA AGT TTT GAG ATT GAT AAA GGA ATT TAC CAA ACC TCC AAT TTT AGG GTA GCA CCC TCA AAG GAA GTT GTG AGG TTC CCT AAT ATT ACA AAC CTG TGT CCT TTT GGG GAG GTT TTT AAT GCT ACT ACA TTT CCT TCT GTC TAT GCA TGG GAG AGG AAA AGA ATT TCT AAT TGT GTT GCT GAT TAC TCT GTA CTC TAC AAC TCA--- ACA TCT TTT TCA ACT TTT AAG TGT TAT GGC GTT TCT GCC ACT AAG CTG AAT GAC CTT TGC TTC TCC AAC GTC TAT GCA GAT TCA TTC GTA GTC AAA GGA GAT GAT GTA AGG CAA ATA GCA CCA GGA CAG ACC GGT GTT ATT GCT GAT TAT AAT TAC AAA TTA CCA GAT GAC TTC TTG GGT TGT GTC CTA GCA TGG AAC ACC AAT TCT AAA GAT TCT TCC ACT TCC GGT AAT TAT AAT TAT TTA TAT AGA TGG GTT AGA AGG TCT AAG CTT AAC CCT TAT GAG CGC GAC TTA TCT AAC GAC ATC TAT TCA CCT GGA GGT CAG TCT TGC TCA GCT ATA GG- --T CCT AAT TGT TAT AAC CCC TTA CGT CCA TAT GGC TTT TTT ACA ACA GCT GGT GTT GGA CAC CAA CCT TAT AGA GTT GTA GTA CTT TCT TTT GAA CTT TTA AAT GCA CCC GCT ACA GTC TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACT GAC CTT ATT AAA AAC CAG TGT GTC AAT TTT AAC TTT AAT GGA CTC ACT GGT ACT GGT GTG TTA ACT TCT TCC TCA AAG AGA TTT CAA CCA TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAT GTT TCG GAT TTC ACT GAT TCA GTT CGA GAC CCG AAG ACA TCT GAA ATA TTA GAC ATT TCA CCT TGC TCT TTT GGC GGT GTA AGT GTA ATT ACA CCT GGA ACA AAT ACT TCA TCA GAA GTT GCT GTT CTA TAT CAA GAT GTT AAT TGC ACT GAT GTT CCT GTA GCA ATC CAT GCA GAC CAA CTC ACA CCT GCT TGG CGC ATA TAC TCT ACT GGA AAT AAT G------TA TTT CAA ACT CAG GCA GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAG CAT GTC GAC ACT TCT TAT GAG TGC GAC ATT CCT ATT GGA GCT GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAC ACA GTT TCT TCA C-- --- --- --- -TA CGT AGT ACT AGC CAA AAA TCT ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCT TTA GGT GCT GAT AGT TCA ATT GCT TAC TCT AAT AAC ACC ATT GCT ATA CCT ACT AAT TTT TCA ATT AGC ATT ACT ACA GAA GTA ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACC TCC GTA GAT TGT AAT ATG TAC ATC TGC GGC GAT TCT ACT GAA TGT GCT AAT TTG CTT CTC CAA TAT GGT AGC TTT TGC ACA CAA TTA AAT CGT GCA CTC TCA GGT ATC GCT GTC GAA CAG GAC CGC AAC ACG CGT GAA GTG TTC GCT CAA GTG AAA CAG ATG TAC AAA ACC CCA GCT TTG AAA GAT TTC GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAA ATA TTA CCT GAC CCT CTA AAG CCA ACT AAG AGA TCT TTT ATT GAG GAC TTG CTC TTT AAT AAG GTG ACA CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT GTT AAT GCT AGA GAT CTC ATT TGT GCG CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACA GTG TTG CCA CCT CTG CTC ACT GAT GAT ATG ATT GCT GCC TAC ACT GCT GCT CTA GTT AGT GGT ACT GCC ACT GCT GGA TGG ACA TTT GGT GCT GGC GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACC CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAA ATC GCC AAT CAA TTT AAT AAG GCG ATT AGC CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACT ACA TCC ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTT AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAC ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCT ATT TCA AGT GTG TTA AAT GAT ATC CTT TCG CGA CTT GAT AAA GTC GAG GCG GAG GTA CAA ATT GAC AGG TTA ATT ACA GGC AGA CTG CAA AGC CTG CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGG GCT GCT GAA ATC AGG GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTT TGC GGA AAA GGC TAC CAT CTC ATG TCC TTC CCG CAA GCA GCC CCG CAT GGT GTT GTC TTC CTA CAT GTC ACA TGT GTG CCA TCC CAA GAG AGA AAC TTC ACC ACT GCG CCA GCA ATT TGT CAC GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCG CGT GAA GGT GTT TTT GTT TTT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAC TTC TTT TCT CCA CAA ATA ATT ACT ACA GAC AAT ACA TTT GTC TCT GGG AGT TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTC GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAC GCT TCC GTC GTC AAT ATT CAG AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCC AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA TTG GGA AAA TAT GAG CAA TAC ATT AAA TGG CCT TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGC TGC ATG ACT AGT TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCG GTT CTC AAG GGT GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
MK211376_CoV_BtRs_BetaCoV_YN2018B TTT TTG CTA CTT TGG TCT CTT CTT ACA CTA TAG AGA A---GT GCA CTG ACT TTG ATG ATC GCA C-- TCC ACC TTC AAA CAC --T CAA TTT CTG TCT TCT CAC AGA GGT GTT TAT TAC CCA GAT GAT ATT TTT AGG TCT AAT GTC TTG CAT TTA GTA CAA GAT CAC TTT CTA CCT TTT GAC TCT AAT GTC ACT AGG TTT ATA ACA TTT GGC C-- -TA AAT TTT GAT AAT --- --- --- --- --- --- CCC ATA ATA CCC TTT AGG GAT GGT GTT TAC TTT GCT GCG ACT GAA AAG TCT AAT GTT ATT AGA GGA TGG GTT TTT GGT TCT ACA ATG AAC AAT AAA TCT CAA TCC GTT ATA ATA ATG AAC AAC TCA ACT AAT TTA GTC ATT AGG GCT TGT AAT TTT GAG TTG TGT GAC AAT CCA TTC TTT GTT GTG TTG AGA TCC --- --- --- --- AAC AAC ACT CAG ATA CCG TCT TAC ATA TTC AAT AAT GCA TTC AAT TGC ACA TTT GAA TAT GTT TCT AAG GAT TTT AAC CTT GAC ATT GGT G---AA AAA CCA GGT AAT TTC AAG GAT CTT AGA GAG TTT GTT TTC AGG AAT AAA GAT GGT TTT TTG CAT GTT TAC TCT GGT TAC CAA CCC ATT TCT GCT GCT AGT GG------------C TTG CCA ACT GGT TTT AAT GCA CTT AAA CCT ATT TTT AAG TTA CCT CTG GGT ATT AAT ATT ACT AAT TTC AGA ACT CTT CTG ACT GCT TTT CCT CCT AAC CCT GG- --- --- --- --- --- --T TAT TGG GGT ACT TCA GCT GCA GCT TAT TTT GTA GGA TAT TTA AAG CCA ACT ACA TTC ATG CTC AAG TAT GAT GAA AAT GGT ACA ATC ACA GAT GCT GTC GAT TGT TCT CAA AAT CCA CTT GCT GAA CTC AAA TGC TCT GTT AAA AGT TTT GAG ATT GAC AAA GGA ATT TAC CAA ACC TCC AAT TTT AGG GTA GCA CCC TCA AAG GAA GTT GTG AGG TTC CCT AAT ATT ACA AAC CTG TGT CCT TTT GGA GAG GTT TTT AAT GCT ACT ACA TTT CCT TCT GTC TAT GCA TGG GAG AGG AAA AGA ATT TCT AAT TGT GTT GCT GAT TAC TCT GTA CTC TAC AAC TCA--- ACA TCT TTT TCA ACT TTT AAG TGT TAT GGC GTT TCT GCC ACT AAG CTG AAT GAT CTT TGC TTC TCT AAT GTC TAT GCA GAT TCA TTC GTA GTC AAA GGA GAT GAT GTA AGG CAA ATA GCA CCA GGA CAG ACC GGT GTT ATT GCT GAT TAT AAT TAT AAA TTG CCA GAT GAT TTT ATG GGT TGT GTC CTT GCT TGG AAT ACT AGG AAC ATT GAT GCT ACT TCA ACT GGT AAT TAT AAT TAT AAA TAT AGA TCT CTC AGA CAT GGC AAG CTT AGG CCC TTT GAG AGA GAC ATT TCT AAT GTG CCT TTC TCC CCT GAT GGC AAA CCA TGT ACC CCA CCT GC- --T TTC AAC TGT TAC TGG CCA TTA AAT GAT TAT GGT TTT TTC ACT ACT AAT GGC ATA GGC TAT CAA CCC TAT AGA GTT GTA GTA CTT TCT TTT GAA CTT TTA AAT GCA CCT GCT ACA GTC TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACT GAC CTT ATT AAA AAC CAG TGT GTC AAT TTT AAC TTT AAT GGA CTC ACT GGT ACT GGT GTG TTA ACT CCT TCT TCA AAG AGA TTT CAA CCA TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAT GTT TCG GAT TTC ACT GAT TCA GTT CGA GAT CCT AAA ACG TCT GAA ATA TTA GAC ATT TCA CCT TGC TCT TTT GGC GGT GTA AGT GTA ATT ACA CCC GGA ACA AAT ACT TCA TCA GAA GTT GCT GTT CTA TAT CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAT GTT CCT GTA GCA ATC CAT GCA GAC CAA CTC ACA CCT GCT TGG CGC ATA TAT TCT ACT GGA AAT AAT G------TA TTT CAA ACT CAG GCA GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAG CAT GTC GAC ACT TCT TAT GAG TGC GAC ATT CCT ATT GGA GCT GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAC ACA GTT TCT TCA C-- --- --- --- -TA CGT AGT ACT AGC CAA AAA TCT ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCT TTA GGT GCT GAT AGT TCA ATT GCT TAC TCT AAT AAC ACC ATT GCT ATA CCT ACT AAT TTT TCA ATT AGC ATT ACT ACA GAA GTA ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACC TCC GTA GAT TGT AAT ATG TAC ATC TGC GGC GAT TCT ACT GAA TGT GCT AAT TTG CTT CTC CAA TAT GGT AGC TTT TGC ACA CAA TTA AAT CGT GCA CTC TCA GGT ATC GCT GTT GAA CAG GAT CGC AAC ACA CGT GAA GTG TTC GCT CAA GTG AAA CAA ATG TAC AAA ACC CCA ACT TTG AAA GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAA ATA TTA CCT GAC CCT CTA AAG CCA ACT AAG AGA TCT TTT ATT GAG GAC TTG CTC TTT AAT AAG GTG ACA CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAT CTC ATT TGT GCG CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACA GTG TTG CCA CCT TTG CTC ACT GAT GAT ATG ATT GCT GCC TAC ACT GCT GCT CTA GTC AGT GGT ACT GCC ACT GCT GGA TGG ACA TTT GGT GCT GGC GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACC CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAA ATC GCC AAC CAA TTT AAC AAG GCG ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTT AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAC ACA CTT GTC AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAT ATC CTC TCG CGA CTT GAC AAA GTC GAG GCT GAG GTA CAA ATT GAT AGG TTA ATT ACA GGC AGA CTG CAA AGC CTG CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGG GCT GCT GAA ATC AGG GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTT TGC GGA AAA GGC TAT CAT CTT ATG TCC TTC CCG CAA GCA GCC CCG CAT GGT GTT GTC TTC CTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCC CAA GAG AGA AAC TTC ACC ACT GCG CCA GCA ATT TGT CAC GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCG CGT GAA GGT GTT TTT GTT TTT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAC TTC TTT TCT CCA CAA ATA ATT ACT ACA GAC AAT ACA TTT GTC TCC GGA AGT TGT GAT GTC GTA ATC GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTC GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAC GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAG AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCC AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA TTG GGA AAA TAT GAG CAA TAC ATT AAA TGG CCT TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACT AGT TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAG TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCA GTT CTC AAG GGT GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
KY417151_Bat_SARS_like_CoV_Rs7327 TTT TTG CTA CTT TAG TCT CCT CTT ACA CTA TAG AGA A---GT GCC TTG ATT TTG ATG ACC GCA C-- CCC ACC TGC AAA TAC --T CAA TTT TTA TCT TCT CAC AGA GGT GTT TAT TAC CCA GAT GAC ATT TTT AGG TCT AAT GTC TTG CAT TTA GTA CAA GAT CAC TTC CTA CCT TTT GAC TCC AAC GTC ACC AGG TTT ATA ACG TTT GGC C-- -TA AAT TTT GAT AAT --- --- --- --- --- --- CCC ATA ATA CCC TTC AGG GAT GGT ATT TAT TTT GCT GCG ACT GAA AAG TCT AAT GTT ATT AGA GGA TGG GTT TTT GGT TCT ACA ATG AAC AAC AAA TCT CAA TCC GTT ATA ATC ATG AAC AAC TCA ACT AAT TTA GTC ATT AGG GCT TGT AAT TTT GAG TTG TGT GAC AAT CCA TTT TTT GTT GTG TTG AAA TCT --- --- --- --- AAC AAC ACT CAA ATA CCA TCT TAC ATA TTT AAT AAT GCA TTC AAT TGC ACA TTT GAA TAT GTT TCT AAG GAT TTT AAC CTA GAC CTT GGT G---AA AAA CCA GGT AAT TTC AAG GAT CTC AGA GAG TTT GTT TTC AGG AAT AAA GAT GGT TTT TTG CAT GTT TAT TCC GGT TAC CAA CCC ATT TCT GCT GCC AGT GG------------T TTG CCA ACT GGT TTT AAT GCA CTT AAA CCT ATT TTT AAG TTA CCT CTG GGT ATT AAT ATT ACT AAT TTC AGA ACA CTT CTG ACT GCT TTT CCG CCT AGA CCT GA- --- --- --- --- --- --T TAT TGG GGT ACT TCA GCT GCA GCT TAT TTT GTA GGA TAT TTA AAG CCA ACT ACA TTC ATG CTT AAG TAT GAT GAA AAT GGT ACA ATC ACA GAT GCT GTC GAT TGT TCT CAA AAT CCA CTT GCT GAA CTC AAA TGC TCT GTT AAA AGT TTT GAG ATT GAC AAA GGA ATT TAC CAA ACC TCC AAT TTT AGG GTA GCA CCC TCA AAG GAA GTT GTG AGG TTC CCT AAT ATT ACA AAC CTG TGT CCT TTT GGA GAG GTT TTT AAT GCT ACT ACA TTT CCT TCT GTC TAT GCA TGG GAG AGG AAA AGA ATT TCT AAT TGT GTT GCT GAT TAC TCT GTA CTC TAC AAC TCA--- ACA TCT TTT TCA ACT TTT AAG TGT TAT GGC GTT TCT GCC ACT AAG CTG AAT GAT CTT TGC TTC TCT AAT GTC TAT GCA GAT TCA TTC GTA GTC AAA GGA GAT GAT GTA AGG CAA ATA GCA CCA GGA CAG ACC GGT GTT ATT GCT GAT TAT AAT TAT AAA TTG CCA GAT GAT TTT ATG GGT TGT GTC CTT GCT TGG AAT ACT AGG AAC ATT GAT GCT ACT TCA ACT GGT AAT TAT AAT TAT AAA TAT AGA TCT CTC AGA CAT GGC AAG CTT AGG CCC TTT GAG AGA GAC ATT TCT AAT GTG CCT TTC TCC CCT GAC GGC AAA CCA TGT ACC CCA CCT GC- --T TTC AAC TGT TAC TGG CCA TTA AAT GAT TAT GGT TTT TTC ACT ACT AAT GGC ATA GGC TAT CAA CCC TAT AGA GTT GTA GTA CTT TCT TTT GAA CTT TTA AAT GCA CCT GCT ACA GTC TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACT GAC CTT ATT AAA AAC CAG TGT GTC AAT TTT AAC TTT AAT GGA CTC ACT GGT ACT GGT GTG TTA ACT TCT TCT TCA AAG AGA TTT CAA CCA TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAT GTT TCG GAT TTC ACT GAC TCA GTT CGA GAT CCT AAA ACG TCT GAA ATA TTA GAC ATT TCA CCT TGC TCT TTT GGC GGT GTA AGT GTA ATT ACA CCT GGA ACA AAT ACT TCA TCA GAA GTT GCT GTT CTA TAT CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAT GTT CCT GTA GCA ATC CAT GCA GAC CAA CTC ACA CCT GCT TGG CGC ATA TAC TCC ACT GGA AAT AAT G------TA TTT CAA ACT CAG GCA GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAG CAT GTC GAT ACT TCT TAT GAG TGC GAC ATT CCT ATT GGA GCT GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAC ACA GTT TCT TCA C-- --- --- --- -TA CGT AGT ACT AGC CAA AAA TCT ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCT TTA GGT GCT GAT AGT TCA ATT GTT TAC TCT AAT AAC ACC ATT GCT ATA CCT ACT AAC TTT TCA ATT AGC ATT ACT ACA GAA GTA ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACC TCC GTA GAT TGT AAT ATG TAC ATC TGC GGA GAT TCT ACT GAA TGT GCT AAT TTG CTT CTC CAA TAT GGT AGC TTT TGC ACA CAA CTA AAT CGT GCA CTC TCA GGT ATT GCT GTT GAA CAG GAT CGC AAC ACA CGT GAA GTG TTC GCT CAA GTC AAA CAA ATG TAC AAA ACC CCA ACT TTG AAA GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAA ATA TTA CCT GAC CCT CTA AAG CCA ACT AAG AGG TCT TTT ATT GAG GAC TTG CTC TTT AAT AAG GTG ACA CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAT CTC ATT TGT GCG CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACA GTG TTG CCA CCT CTG CTC ACT GAT GAT ATG ATT GCT GCC TAC ACT GCT GCT CTA GTT AGT GGT ACT GCC ACT GCT GGA TGG ACA TTT GGT GCT GGC GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACC CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAA ATC GCC AAC CAA TTT AAC AAG GCG ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTT AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAC ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCT AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAT ATC CTT TCG CGA CTT GAT AAA GTT GAG GCG GAG GTA CAA ATT GAC AGG TTA ATT ACA GGC AGA CTT CAA AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGG GCT GCT GAA ATC AGG GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTT TGC GGA AAG GGA TAC CAC CTT ATG TCC TTC CCA CAA GCA GCC CCG CAT GGT GTT GTC TTC CTA CAT GTC ACG TAT GTG CCA TCC CAG GAG AGG AAC TTC ACC ACA GCG CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTT TTT GTG TTT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAC TTC TTT TCT CCA CAA ATA ATT ACT ACA GAC AAT ACA TTT GTC TCC GGA AAT TGT GAT GTC GTT ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTT TAT GAC CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAC GCT TCT GTC GTC AAC ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCT AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA TTG GGA AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCG TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACT AGT TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAG TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCA GTT CTC AAG GGT GTT AAA TTA CAT TAC ACA TAA
KY417152_Bat_SARS_like_CoV_Rs9401 TTT TTG CTA CTT TAG TCT CCT CTT ACA CTA TAG AGA A---GT GCC TTG ATT TTG ATG ACC GCA C-- CCC ACC TGC AAA TAC --T CAA TTT TTA TCT TCT CAC AGA GGT GTT TAT TAC CCA GAT GAC ATT TTT AGG TCT AAT GTC TTG CAT TTA GTA CAA GAT CAC TTC CTA CCT TTT GAC TCC AAC GTC ACC AGG TTT ATA ACG TTT GGC C-- -TA AAT TTT GAT AAT --- --- --- --- --- --- CCC ATA ATA CCC TTC AGG GAT GGT ATT TAT TTT GCT GCG ACT GAA AAG TCT AAT GTT ATT AGA GGA TGG GTT TTT GGT TCT ACA ATG AAC AAC AAA TCT CAA TCC GTT ATA ATC ATG AAC AAC TCA ACT AAT TTA GTC ATT AGG GCT TGT AAT TTT GAG TTG TGT GAC AAT CCA TTT TTT GTT GTG TTG AAA TCT --- --- --- --- AAC AAC ACT CAA ATA CCA TCT TAC ATA TTT AAT AAT GCA TTC AAT TGC ACA TTT GAA TAT GTT TCT AAG GAT TTT AAC CTA GAC CTT GGT G---AA AAA CCA GGT AAT TTC AAG GAT CTC AGA GAG TTT GTT TTC AGG AAT AAA GAT GGT TTT TTG CAT GTT TAT TCC GGT TAC CAA CCC ATT TCT GCT GCC AGT GG------------T TTG CCA ACT GGT TTT AAT GCA CTT AAA CCT ATT TTT AAG TTA CCT CTG GGT ATT AAT ATT ACT AAT TTC AGA ACA CTT CTG ACT GCT TTT CCG CCT AGA CCT GA- --- --- --- --- --- --T TAT TGG GGT ACT TCA GCT GCA GCT TAT TTT GTA GGA TAT TTA AAG CCA ACT ACA TTC ATG CTT AAG TAT GAT GAA AAT GGT ACA ATC ACA GAT GCT GTC GAT TGT TCT CAA AAT CCA CTT GCT GAA CTC AAA TGC TCT GTT AAA AGT TTT GAG ATT GAC AAA GGA ATT TAC CAA ACC TCC AAT TTT AGG GTA GCA CCC TCA AAG GAA GTT GTG AGG TTC CCT AAT ATT ACA AAC CTG TGT CCT TTT GGA GAG GTT TTT AAT GCT ACT ACA TTT CCT TCT GTC TAT GCA TGG GAG AGG AAA AGA ATT TCT AAT TGT GTT GCT GAT TAC TCT GTA CTC TAC AAC TCA--- ACA TCT TTT TCA ACT TTT AAG TGT TAT GGC GTT TCT GCC ACT AAG CTG AAT GAT CTT TGC TTC TCT AAT GTC TAT GCA GAT TCA TTC GTA GTC AAA GGA GAT GAT GTA AGG CAA ATA GCA CCA GGA CAG ACC GGT GTT ATT GCT GAT TAT AAT TAT AAA TTG CCA GAT GAT TTT ATG GGT TGT GTC CTT GCT TGG AAT ACT AGG AAC ATT GAT GCT ACT TCA ACT GGT AAT TAT AAT TAT AAA TAT AGA TCT CTC AGA CAT GGC AAG CTT AGG CCC TTT GAG AGA GAC ATT TCT AAT GTG CCT TTC TCC CCT GAC GGC AAA CCA TGT ACC CCA CCT GC- --T TTC AAC TGT TAC TGG CCA TTA AAT GAT TAT GGT TTT TTC ACT ACT AAT GGC ATA GGC TAT CAA CCC TAT AGA GTT GTA GTA CTT TCT TTT GAA CTT TTA AAT GCA CCT GCT ACA GTC TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACT GAC CTT ATT AAA AAC CAG TGT GTC AAT TTT AAC TTT AAT GGA CTC ACT GGT ACT GGT GTG TTA ACT TCT TCT TCA AAG AGA TTT CAA CCA TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAT GTT TCG GAT TTC ACT GAC TCA GTT CGA GAT CCT AAA ACG TCT GAA ATA TTA GAC ATT TCA CCT TGC TCT TTT GGC GGT GTA AGT GTA ATT ACA CCT GGA ACA AAT ACT TCA TCA GAA GTT GCT GTT CTA TAT CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAT GTT CCT GTA GCA ATC CAT GCA GAC CAA CTC ACA CCT GCT TGG CGC ATA TAC TCC ACT GGA AAT AAT G------TA TTT CAA ACT CAG GCA GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAG CAT GTC GAT ACT TCT TAT GAG TGC GAC ATT CCT ATT GGA GCT GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAC ACA GTT TCT TCA C-- --- --- --- -TA CGT AGT ACT AGC CAA AAA TCT ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCT TTA GGT GCT GAT AGT TCA ATT GTT TAC TCT AAT AAC ACC ATT GCT ATA CCT ACT AAC TTT TCA ATT AGC ATT ACT ACA GAA GTA ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACC TCC GTA GAT TGT AAT ATG TAC ATC TGC GGA GAT TCT ACT GAA TGT GCT AAT TTG CTT CTC CAA TAT GGT AGC TTT TGC ACA CAA CTA AAT CGT GCA CTC TCA GGT ATT GCT GTT GAA CAG GAT CGC AAC ACA CGT GAA GTG TTC GCT CAA GTC AAA CAA ATG TAC AAA ACC CCA ACT TTG AAA GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAA ATA TTA CCT GAC CCT CTA AAG CCA ACT AAG AGG TCT TTT ATT GAG GAC TTG CTC TTT AAT AAG GTG ACA CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAT CTC ATT TGT GCG CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACA GTG TTG CCA CCT CTG CTC ACT GAT GAT ATG ATT GCT GCC TAC ACT GCT GCT CTA GTT AGT GGT ACT GCC ACT GCT GGA TGG ACA TTT GGT GCT GGC GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACC CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAA ATC GCC AAC CAA TTT AAC AAG GCG ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTT AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAC ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCT AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAT ATC CTT TCG CGA CTT GAT AAA GTT GAG GCG GAG GTA CAA ATT GAC AGG TTA ATT ACA GGC AGA CTT CAA AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGG GCT GCT GAA ATC AGG GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTT TGC GGA AAG GGA TAC CAC CTT ATG TCC TTC CCA CAA GCA GCC CCG CAT GGT GTT GTC TTC CTA CAT GTC ACG TAT GTG CCA TCC CAG GAG AGG AAC TTC ACC ACA GCG CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTT TTT GTG TTT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAC TTC TTT TCT CCA CAA ATA ATT ACT ACA GAC AAT ACA TTT GTC TCC GGA AAT TGT GAT GTC GTT ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTT TAT GAC CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAC GCT TCT GTC GTC AAC ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCT AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA TTG GGA AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCG TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACT AGT TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAG TTT GAT GAG GAT GAC CCT GAG CCA GTT CTC AAG GGT GTT AAA TTA CAT TAC ACA TAA
KY417144_Bat_SARS_like_CoV_Rs4084 TTT TTG CTA CTC TAG TCT CCT CTT ACA CTA TAG AGA A---GT GCC TTG ATT TTG ATG ACC GCA C-- TCC ACC TGC AAA TAC --T CAA TTT TTA TCT TCT CAC AGA GGT GTT TAT TAC CCA GAT GAC ATT TTT AGG TCT AAT GTC TTG CAT TTA GTA CAA GAT CAT TTC CTA CCT TTT GAC TCT AAC GTC ACC AGG TTT ATA ACG TTT GGC C-- -TA AAT TTT GAT AAT --- --- --- --- --- --- CCC ATA ATA CCC TTT AGG GAT GGT ATT TAT TTT GCT GCG ACT GAA AAG TCT AAT GTT ATT AGA GGA TGG GTT TTT GGT TCT ACA ATG AAC AAC AAA TCT CAA TCC GTT ATA ATA ATG AAC AAC TCA ACT AAT TTA GTC ATT AGG GCT TGT AAT TTT GAG TTG TGT GAC AAT CCA TTT TTT GTT GTG TTG AAA TCT --- --- --- --- AAC AAC ACT CAA ATA CCA TCT TAC ATA TTT AAT AAT GCA TTC AAT TGC ACA TTT GAA TAT GTT TCT AAG GAT TTT AAC CTA GAC CTT GGT G---AA AAA CCA GGT AAT TTC AAG GAT CTC AGA GAG TTT GTT TTC AGG AAT AAA GAT GGT TTT TTG CAT GTT TAT TCC GGT TAC CAA CCC ATT TCT GCC GCC AGT GG------------T TTG CCA ACT GGT TTT AAT GCA CTC AAA CCT ATT TTC AAG TTA CCT CTG GGT ATT AAT ATT ACT AAT TTC AGA ACA CTT CTG ACT GCT TTT CCG CCT AGA CCT GA- --- --- --- --- --- --T TAT TGG GGT ACT TCA GCT GCA GCT TAT TTT GTA GGA TAT TTA AAA CCA ACT ACA TTC ATG CTC AAG TAT GAT GAA AAT GGT ACA ATC ACA GAT GCT GTC GAT TGT TCT CAA AAT CCA CTT GCT GAA CTC AAA TGC TCT GTT AAA AGT TTT GAG ATT GAC AAA GGA ATT TAT CAA ACC TCC AAT TTT AGG GTA GCA CCC TCA AAG GAA GTT GTG AGG TTC CCT AAT ATT ACA AAC CTG TGT CCT TTT GGG GAG GTT TTT AAT GCT ACT ACA TTT CCT TCT GTC TAT GCA TGG GAG AGG AAA AGA ATT TCT AAT TGT GTT GCT GAT TAC TCT ATA CTC TAC AAC TCA--- ACA TCT TTT TCA ACT TTT AAG TGT TAT GGC GTT TCT GCC ACT AAG CTG AAT GAC CTT TGC TTC TCC AAC GTC TAT GCA GAT TCA TTC GTA GTC AAA GGA GAT GAT GTA AGG CAA ATA GCA CCA GGA CAG ACC GGT GTT ATT GCT GAT TAT AAT TAC AAA TTA CCA GAT GAC TTC TTG GGT TGT GTC CTA GCA TGG AAC ACC AAT TCT AAA GAT TCT TCC ACT TCC GGT AAT TAT AAT TAT TTA TAT AGA TGG GTT AGA AGG TCT AAG CTT AAC CCT TAT GAG CGC GAC TTA TCT AAC GAC ATC TAT TCA CCT GGA GGT CAG TCT TGC TCA GCT GTA GG- --T CCT AAT TGT TAT AAC CCC TTA CGT CCA TAT GGC TTT TTT ACA ACA GCT GGT GTT GGA CAC CAA CCT TAT AGA GTT GTA GTA CTT TCT TTT GAA CTT TTA AAT GCA CCC GCT ACA GTC TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACC GAC CTT ATT AAA AAT CAA TGT GTC AAT TTT AAC TTT AAT GGA CTC ACT GGT ACT GGT GTG TTA ACT CCT TCT TCA AAG AGA TTT CAA CCA TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAT GTT TCG GAT TTC ACT GAT TCA GTT CGA GAT CCG AAG ACG TCT GAA ATA TTA GAC ATT TCA CCT TGC TCT TTT GGC GGT GTA AGT GTA ATC ACA CCT GGA ACA AAT ACT TCA TCA GAA GTT GCT GTT CTA TAT CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAT GTT CCT GTA GCA ATC CAT GCA GAC CAA CTC ACA CCT TCT TGG CGC GTA TAC TCT ACT GGA AAT AAT G------TA TTT CAA ACC CAG GCA GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAG CAT GTC GAC ACT TCT TAT GAG TGC GAC ATT CCT ATT GGA GCT GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAT ACA GTT TCT TCA T-- --- --- --- -TA CGT AGT ACT AGC CAA AAA TCT ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCT TTA GGT GCT GAT AGT TCA ATT GCT TAC TCT AAT AAC ACC ATT GCT ATA CCT ACT AAC TTT TCA ATT AGC ATT ACT ACA GAA GTA ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACC TCT GTA GAT TGT AAT ATG TAC ATC TGC GGA GAT TCT ACT GAA TGT GCT AAT TTG CTT CTC CAA TAT GGT AGC TTT TGC ACA CAA CTA AAT CGT GCA CTC TCA GGT ATT GCT GTT GAA CAG GAT CGC AAC ACA CGT GAA GTA TTC GCT CAA GTC AAA CAA ATG TAC AAA ACC CCA ACT TTG AAA GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAA ATA TTA CCT GAC CCT CTA AAG CCA ACT AAG AGG TCT TTT ATT GAG GAC TTG CTC TTT AAT AAG GTG ACA CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAT CTC ATT TGT GCG CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACA GTG CTG CCA CCT CTG CTC ACT GAT GAT ATG ATT GCT GCC TAC ACT GCT GCT CTA GTT AGT GGT ACT GCC ACT GCT GGA TGG ACA TTC GGT GCT GGC GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAA ATC GCC AAT CAA TTT AAC AAG GCG ATC AGC CAA ATT CAA GAA TCA CTC ACA ACA ACA TCC ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAT GTC GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAC ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCG ATT TCA AGT GTG TTA AAT GAT ATC CTT TCG CGA CTT GAT AAA GTC GAG GCA GAG GTA CAA ATT GAC AGG TTA ATT ACA GGC AGA CTG CAA AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGG GCT GCT GAA ATC AGG GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTT TGT GGA AAG GGC TAC CAT CTT ATG TCC TTC CCA CAA GCA GCC CCG CAT GGT GTT GTC TTC CTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCT CAA GAG AGA AAC TTC ACC ACA GCG CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTT TTT GTG TTT AAT GGC ACT TCG TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAC TTC TTT TCT CCA CAA ATA ATT ACT ACA GAC AAT ACA TTT GTC TCC GGA AGT TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAC GCT TCT GTC GTC AAC ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCT AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA TTG GGA AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCT TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACT AGT TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAG TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCA GTT CTC AAG GGT GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
KF367457_Bat_SARS_like_CoV_WIV1 TTT TTG CTA CTC TAG TCT CCT CTT ACA CTA TAG AGA A---GT GCC TTG ATT TTG ATG ACC GCA C-- TCC ACC TGC AAA TAC --T CAA TTT TTA TCT TCT CAC AGA GGT GTT TAT TAC CCA GAT GAC ATT TTT AGG TCT AAT GTC TTG CAT TTA GTA CAA GAT CAT TTC CTA CCT TTT GAC TCT AAC GTC ACC AGG TTT ATA ACG TTT GGC C-- -TA AAT TTT GAT AAT --- --- --- --- --- --- CCC ATA ATA CCC TTC AAG GAT GGT ATT TAT TTT GCT GCG ACT GAA AAG TCT AAT GTT ATT AGA GGA TGG GTT TTT GGT TCT ACA ATG AAC AAC AAA TCT CAA TCC GTT ATA ATA ATG AAC AAC TCA ACT AAT TTA GTC ATT AGG GCT TGT AAT TTT GAG TTG TGT GAC AAT CCA TTT TTT GTT GTG TTG AAA TCT --- --- --- --- AAC AAC ACT CAA ATA CCA TCT TAC ATA TTT AAT AAT GCA TTC AAT TGC ACA TTT GAA TAT GTT TCT AAG GAT TTT AAC CTA GAC CTT GGT G---AA AAA CCA GGT AAT TTC AAG GAT CTC AGA GAG TTT GTT TTC AGG AAT AAA GAT GGT TTT TTG CAT GTT TAT TCC GGT TAC CAA CCC ATT TCT GCT GCC AGT GG------------T TTG CCA ACT GGT TTT AAT GCA CTC AAA CCT ATT TTC AAG TTA CCT CTG GGT ATT AAT ATT ACT AAT TTC AGA ACA CTT CTG ACT GCT TTT CCG CCT AGA CCT GA- --- --- --- --- --- --T TAT TGG GGT ACT TCA GCT GCA GCT TAT TTT GTA GGA TAT TTA AAA CCA ACT ACA TTC ATG CTC AAG TAT GAT GAA AAT GGT ACA ATC ACA GAT GCT GTC GAT TGT TCT CAA AAT CCA CTT GCT GAA CTC AAA TGC TCT GTT AAA AGT TTT GAG ATT GAC AAA GGA ATT TAT CAA ACC TCC AAT TTC AGG GTG GCA CCC TCG AAG GAA GTT GTG AGG TTC CCT AAT ATT ACA AAC CTG TGT CCT TTT GGA GAG GTT TTT AAT GCT ACT ACA TTT CCT TCT GTC TAT GCA TGG GAG AGG AAA AGA ATT TCA AAT TGT GTT GCT GAT TAC TCT GTA CTC TAC AAC TCA--- ACA TCT TTT TCA ACT TTT AAG TGT TAC GGC GTT TCT GCC ACT AAG TTG AAT GAT CTT TGC TTC TCC AAT GTC TAT GCA GAT TCA TTT GTA GTC AAA GGA GAC GAT GTA AGG CAA ATA GCA CCA GGA CAG ACC GGT GTT ATT GCT GAT TAT AAT TAC AAA TTG CCA GAT GAT TTC ACG GGT TGT GTC CTT GCT TGG AAT ACT AGG AAC ATT GAT GCT ACT CAA ACT GGT AAT TAT AAT TAT AAA TAT AGA TCT CTC AGA CAT GGC AAG CTT AGG CCT TTT GAG AGA GAT ATT TCT AAT GTG CCT TTC TCT CCT GAT GGC AAA CCT TGT ACC CCA CCT GC- --T TTT AAT TGT TAT TGG CCA TTA AAT GAT TAT GGT TTT TAC ATC ACT AAT GGC ATA GGC TAC CAA CCT TAT AGA GTT GTA GTT CTT TCT TTT GAA CTT CTA AAT GCA CCT GCT ACG GTT TGT GGA CCA AAA TTG TCC ACT GAC CTT ATT AAA AAT CAA TGT GTC AAT TTT AAC TTT AAT GGA CTC ACT GGT ACT GGT GTG TTA ACT CCT TCT TCA AAG AGA TTT CAA CCA TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAT GTT TCG GAT TTC ACT GAT TCA GTT CGA GAT CCG AAG ACG TCT GAA ATA TTA GAC ATT TCA CCT TGC TCT TTT GGC GGT GTA AGT GTA ATC ACA CCT GGA ACA AAT ACT TCA TCA GAA GTT GCT GTT CTA TAT CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAT GTT CCT GTA GCA ATC CAT GCA GAC CAA CTC ACA CCT TCT TGG CGC GTA CAC TCT ACT GGA AAT AAT G------TA TTT CAA ACC CAG GCA GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAG CAT GTC GAC ACT TCT TAT GAG TGC GAC ATT CCT ATT GGA GCT GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAT ACA GTT TCT TCA T-- --- --- --- -TA CGT AGT ACT AGC CAA AAA TCT ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCT TTA GGT GCT GAT AGT TCA ATT GCT TAC TCT AAT AAC ACC ATT GCT ATA CCT ACT AAC TTT TCA ATT AGC ATT ACT ACA GAA GTA ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACC TCT GTA GAT TGT AAT ATG TAC ATC TGC GGA GAT TCT ACT GAA TGT GCT AAT TTG CTT CTC CAA TAT GGT AGC TTT TGC ACA CAA CTA AAT CGT GCA CTC TCA GGT ATT GCT GTT GAA CAG GAT CGC AAC ACA CGT GAA GTG TTC GCT CAA GTC AAA CAA ATG TAC AAA ACC CCA ACT TTG AAA GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAA ATA TTA CCT GAC CCT CTA AAG CCA ACT AAG AGG TCT TTT ATT GAG GAC TTG CTC TTT AAT AAG GTG ACA CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAT CTC ATT TGT GCG CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACA GTG CTG CCA CCT CTG CTC ACT GAT GAT ATG ATT GCT GCC TAC ACT GCT GCT CTA GTT AGT GGT ACT GCC ACT GCT GGA TGG ACA TTC GGT GCT GGC GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAA ATC GCC AAT CAA TTT AAC AAG GCG ATC AGC CAA ATT CAA GAA TCA CTC ACA ACA ACA TCC ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAT GTC GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAC ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCG ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAT ATC CTT TCG CGA CTT GAT AAA GTC GAG GCA GAG GTA CAA ATT GAC AGG TTA ATT ACA GGC AGA CTG CAA AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGG GCT GCT GAA ATC AGG GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTT TGC GGA AAG GGC TAC CAT CTT ATG TCC TTC CCA CAA GCA GCC CCG CAT GGT GTT GTC TTC CTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCT CAA GAG AGA AAC TTC ACC ACA GCG CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTT TTT GTG TTT AAT GGC ACT TCG TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAC TTC TTT TCT CCA CAA ATA ATT ACT ACA GAC AAT ACA TTT GTC TCC GGA AGT TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAT ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAC GCT TCT GTC GTC AAC ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCT AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA TTG GGA AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCT TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACT AGT TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAG TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCA GTT CTC AAG GGT GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
KU973692_UNVERIFIED_SARS_related_CoV_F46 TTA GTT ACA CAG CTT TTC TCA TTG GTT ACA CAG CTG C---AA CAA CAT GTG TCA CGG GGC CTA C-- AAC AGA GAA TAA GTT --G AAC ATC TCC TCA GGC AGT AGG GGT GTT TAT TAC CCT GAT GAT ATT TTT CGT TCC GAT GTT AGT GTG TTG GTG ACA GGA CCT TTT CTC CGT TTT AAC ACT ACT CTC ACG TGG TAT AAC TCA TGG AAC C-- -AA GCT TAT TCT TCA --- --- --- --- --- --- CCT ATC TTG CCC TTT GGG CAT GGT GTT TAC TTT TCA ACC ATT GAC AAA TCC AAT GTT GTC AGG GGT TGG ATC TTT GGA ACC ACG TTA GAT AAT ACT ACT CAA TCT GCA TTG CTT GTG AAT AAT GGT AGT GCT ATT ACA ATA CAA GTC TGT TAC TTC CAA TTT TGT GAC AAC CCT GCA TTT GTA GTT ACA GGC GGT --- --- --- --- GC- --- -A- CAA ACA AGC ACT GCT ATT TAT ACC AAC TTA CGT AAC TGT ACG TAT GTG GAC ACA CTA CGT GAC CTA CCA TTA AGT CTC ACA G---AG GTT GAT GGT GGT TTT AAA CAC TTA CGT GAG TTT GTA TTC AAG ACT AGT GAT GGG TTT CTG CAC ATT TAT GGT GCT TAC CAG CCT TAC GAC CAT GCC ATA GGTGCTACGGCTGCA CTA CCA ACG CAG TTC TTG CCT TTA AAG CCC CTA TGG AAA CTG CCC CTT GGT CTA AAT ATT ACT AGT TAT AAG GTT GTT ACA AC- TTT AAA ACC CAC AAA TCA GG- --- --- --- --- --- --C CTT CCA AG- --- --- --- -CT GTT TAC ATA GTG GGC AAT TTA AAA CAT ACA ACT ATG ATG TTG TCT TTT AAT GAA AAT GGC ACT ATG TCC AAT GCT GTT GAT TGT TCA CAG GAC CCA TTG GCT GAG CTA AAG TGC ACA CTC AAG CTG TCT GAT GTA GGT AAA GGC ATT TAC CAA ACG TCA AAC TTC CGA GTC CAA CCT ACT GTT GAC GTT GTG CGC TTT CCC AAT ATT ACT AAC TTG TGT CCT TTT GAT GCG GTT TTT AAT GCC ACC CGA TTT CCC TCT GTT TAT GCT TGG GAG CGA GTT AAG ATT TCT AAT TGT GTT GCA GAC TAT ACG GCT TTT TAC AAC TCA--- ACC TCT TTT TCA ACT TTT AAA TGC TAC GGA GTT TCT CCT TCT AAG TTG ATT GAT CTT TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGG TTT TCT GAG GTT CGC CAA GTA GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATA GCA GAC TAC AAT TAT AAG CTA CCT GAT GAC TTT ACT GGT TGT GTT ATA GCT TGG AAC ACT GCC AAA CAG GAC GTT GG- --- --- --- --- --T AGT TAT TTT TAT AGG TCT CAC CGC TCA AGT AAG CTT AAA CCA TTC GAG CGA GAT CTT TCA TCT GAT GA- --A AAC GGT GTA CGT ACA CTG AGC AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --G TAT GAT TTT AAC CCT AAC GTA CCT CTT GAT TAT CAA GCT ACT AGG GTA GTT GTG CTT TCA TTT GAG CTT CTA AAT GCA CCT GCG ACA GTT TGT GGA CCA AAA CTG TCC ACA CAA CTT GTT AAG AAC CAG TGT GTC AAT TTT AAT TTT AAT GGA CTC AAA GGT ACT GGT GTT TTG ACT GAC TCC TCT AAG AGA TTC CAG TCC TTT CAA CAG TTC GGT CGT GAC ACG TCT GAC TTT ACG GAC TCA GTG CGT GAC CCT CAA ACC TTG GAC ATA CTC GAT ATC ACG CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATA ACA CCT GGA ACA AAT GCT TCA TCT GAG GTG GCT GTT CTT TAT CAA GAT GTC AAT TGC ACT GAT GTG CCT ACC GTC ATC CGT GCT GAC CAA CTC ACA CCT GCT TGG CGT GTT TAC TCG ACC GGA GTA AAT G------TG TTT CAA ACA CAA GCT GGC TGT CTT ATT GGA GCT GAA CAT GTT AAC GCG TCG TAT GAG TGT GAC ATT CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCT TCT ACT C-- --- --- --- -TA CGT GGT GTA GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAC ACT ATG TCT TTG GGT GCA GAA AAT TCT ATT GCT TAT GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACA ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT CAG GAG TGC AGT AAC TTA CTT CTC CAG TAT GGA AGC TTC TGC ACG CAA TTA AAT CGT GCT CTC ACG GGC ATA GCG ATA GAA CAG GAC AAA AAC ACA CAA GAG GTC TTT GCC CAA GTT AAA CAA ATG TAT AAG ACA CCA GCC ATA AAA GAT TTT GGT GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAT TCC TCT AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATT GAG GAT TTG CTC TTC AAC AAG GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGT TTT ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AGT GCT AGA GAC CTC ATT TGT GCC CAA AAG TTC AAT GGA CTT ACA GTC CTA CCA CCA TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATT GCT GCT TAC ACC GCC GCA CTA GTT AGC GGT ACT GCC ACC GCT GGC TGG ACA TTC GGT GCT GGA GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTA ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAG CAG ATT GCC AAC CAA TTT AAC AAG GCA ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACT ACA ACA TCC ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCG TTA AAT ACA CTT GTT AAA CAA CTC AGC TCC AAT TTT GGT GCT ATT TCA AGT GTT TTA AAT GAC ATT TTA TCA CGA CTT GAC AAA GTT GAG GCA GAA GTA CAA ATT GAC AGG TTG ATT ACA GGC AGA TTA CAA AGC CTC CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCC AAC CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGA AAA GGC TAT CAC CTG ATG TCT TTC CCC CAA GCT GCT CCA CAT GGT GTT GTC TTC CTA CAT GTT ACT TAT GTT CCA TCG CAG GAA AGA AAC TTC ACC ACA GCT CCG GCG ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA CAC TTT CCG CGT GAA GGT GTC TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCG TGG TTT ATC ACA CAG AGG AAT TTC TAT TCA CCA CAG ACA ATT ACA ACA GAC AAT ACA TTT GTT GCT GGA AAT TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAT ACT GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAA CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTC GGC GAC ATT TCT GGC ATT AAT GCT TCC GTC GTC AAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCG CTC ATT GAC CTT CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATA AAA TGG CCA TGG TAC GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTC ATT GCC ATC GTC ATG GCC ACC ATA CTG CTT TGT TGC ATG ACC AGT TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GTA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCT GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
KY417145_Bat_SARS_like_CoV_Rf4092 TTG GTT ACA CAG CTT TTC TCA TTG GTT ACA CAG CTG C---AA CAA CAT GTG TCA CGG GGC CTA C-- AAC AGA GAA TAA GTT --G AAC ATC TCC TCA GGT AGT AGG GGT GTT TAT TAC CCT GAT GAT ATT TTT CGT TCC GAT GTT AGT GTG TTA GTG ACA GGA CCC TTT CTC CGT TTT AAC ACT ACT CTC ACG TGG TAT AAC TCA TGG AAC C-- -AA GCT TAT TCT TCA --- --- --- --- --- --- CCT ATC TTG CCC TTT GGG CAT GGT GTT TAC TTT TCA ACC ATT GAC AAA TCC AAT GTT GTC AGG GGT TGG ATC TTT GGA ACC ACG TTA GAT AAC ACT ACT CAA TCT GCA TTG CTT GTG AAT AAT GGT AGT GCT ATT ACA ATA CAA GTC TGT TAC TTC CAA TTC TGT GAC AAC CCT GCT TTT GTA GTT ACA GCC GGT --- --- --- --- GC- --- -A- CAA ACA AGC ACT GCT ATT TAT ACC AAC TTA CGT AAC TGT ACG TAT GTG GAC ACA CTA CGT GAC CTA CCA TTA AGT CTC ACA G---AG GTT GAT GGT GGT TTT AAA CAC TTA CGT GAG TTT GTA TTC AAG ACT AGT GAT GGT TTT CTG CAT ATT TAT GGT GCC TAC CAG CCT TAC GAC CAT GCC ATA GGTGCTACGGCTGCA CTA CCA GCG CAG TTC TTG CCC TTA AAG CCC CTA TGG AAA CTG CCC CTT GGT CTA AAT ATT ACT AGT TAT AAG GTT GTT ACA AC- TTT AAA ACC CAC AAA TCA GG- --- --- --- --- --- --C CTT TCA AG- --- --- --- -CT GTT TAC ATA GTG GGC AAT TTA AAA CAT ACA ACT ATG ATG TTG TCT TTT AAT GAA AAT GGC ACT ATG TCC AAT GCT GTT GAT TGT TCA CAG GAC CCT TTG GCT GAG CTA AAG TGC ACA CTC AAG CTG TCT GAT GTA GGT AAA GGC ATT TAC CAA ACG TCA AAC TTC CGA GTT CAA CCT ACT GTT GAC GTT GTG CGC TTT CCC AAT ATT ACT AAC TTG TGT CCT TTT GAT GCA GTT TTT AAT GCC ACC CGC TTT CCC TCT GTT TAT GCT TGG GAG CGA GTT AAG ATT TCT AAT TGT GTT GCA GAC TAT ACG GCT TTT TAC AAC TCA--- ACC TCT TTT TCA ACT TTC AAA TGC TAC GGA GTT TCT CCT TCT AAG TTG ATT GAT CTT TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGG TTT TCT GAG GTT CGC CAA GTA GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATA GCT GAC TAC AAT TAT AAG CTA CCT GAT GAT TTT ACT GGT TGT GTT ATA GCT TGG AAC ACT GCC AAA CAG GAC GTT GG- --- --- --- --- --T AGT TAT TTT TAT AGG TCT CAC CGC TCA AGT AAG CTT AAA CCA TTC GAG CGA GAT CTT TCA TCT GAT GA- --A AAC GGT GTA CGT ACA CTG AGC AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --G TAT GAT TTT AAC CCT AAC GTA CCT CTT GAT TAT CAA GCT ACT AGG GTA GTT GTG CTT TCA TTT GAG CTT CTA AAT GCA CCT GCA ACA GTT TGT GGA CCA AAA CTG TCC ACA CAA CTT GTT AAG AAC CAG TGT GTC AAT TTT AAC TTT AAT GGA CTC AAA GGT ACT GGT GTT TTG ACT GAT TCC TCT AAG AGA TTC CAG TCC TTT CAA CAG TTC GGT CGT GAC ACA TCT GAC TTT ACG GAC TCA GTG CGT GAC CCT CAA ACC TTG GAC ATA CTT GAT ATC ACG CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATA ACA CCT GGA ACA AAT GCT TCA TCT GAG GTG GCT GTT CTT TAT CAA GAT GTC AAT TGC ACT GAT GTG CCT ACC GTC ATC CGT GCT GAC CAA CTC ACA CCT GCT TGG CGT GTT TAC TCG ACC GGA GTA AAT G------TG TTT CAA ACA CAA GCT GGC TGT CTT ATT GGA GCT GAA CAT GTT AAC GCT TCA TAT GAG TGT GAC ATT CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCT TCT ACT C-- --- --- --- -TA CGT GGT GTA GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAC ACT ATG TCT TTG GGT GCA GAA AAT TCT ATT GCT TAT GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACA ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT CAG GAG TGC AGT AAC TTA CTT CTC CAG TAT GGA AGT TTC TGC ACG CAA TTA AAT CGT GCT CTC ACG GGC GTT GCC TTA GAA CAG GAC AAA AAT ACA CAG GAT GTT TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAG GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAT CCT TCA AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAC TTA CTC TTC AAC AAG GTC ACT CTT GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAA CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGC GAT ATT AGT GCT AGA GAC CTC ATT TGT GCT CAG AAG TTC AAC GGA CTT ACT GTC CTA CCA CCA TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATT GCT GCG TAC ACT GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACA TTC GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAA CAG ATC GCC AAT CAA TTC AAC AAG GCG ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAC GCT CAA GCA TTG AAC ACA CTT GTT AAA CAG CTT AGC TCC AAT TTC GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAC ATT CTT TCA CGA CTA GAC AAA GTC GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGA TTG CAG AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCA GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAC CTC GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGA AGA GGC TAT CAT CTT ATG TCT TTT CCT CAG GCT GCT CCG CAT GGT GTT GTT TTC TTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCG CAT GAG AAA AAC TTC ACC ACA GCT CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCC TAC TTC CCG CGT GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTC ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAC TCA CCA CAA ATA ATC ACA ACA GAT AAT ACA TTT GTT GCT GGA AAC TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAT ACA GTC TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTC GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAC GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCG CTC ATT GAC CTC CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCC TGG TAC GTT TGG CTC GGC TTT ATT GCT GGA CTG ATT GCT ATC GTT ATG GCC ACT ATA CTG CTT TGT TGT ATG ACC AGC TGT TGC AGC TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCC TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
KJ473816_BtRs_BetaCoV_YN2013 TTG TTT TTC TTC CTT TTA TTG CTG --- --- CAG ATA C---GT GTC TCA ATT TTA CTA ATC TTG C-- AGC GCC TGC TTA TAA --C ATA GCC TCC TCG TCC CGA CGT GGT GTG TAT TAT CCT GAT GAC ATT TTT CGG TCT GAC TTC TTA CAT TTG GTA AAT GAT TAT TTT CTG CCA TTT GGT TCC AAT GTA ACT CAA TTT TTT ACT CAG GGT A-- -CT AAT ATT GAT AAC --- --- --- --- --- --- CCC ACT TTG CCA TTT AGA GAT GGT GTG TAT TTT GCT GCC ACA GAG AAG TCT AAT ATA GTT AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCT ACT TTG GAC TCC ACC TCC CAG TCT GCT ATA ATT TTA AAT AAT TCT ACA AAT TTG ATT GTG CGG GTT TGT AAT TTT GAA TTA TGT AAA GTG CCA CTA TTT GTG GTT TTT AAA TCT --- --- --- --- AAT AAT TC- CCA GTT ATC ACA CTT GTT TAG TGA TAG TT- -TT AAT TGT ACC TTT GAG TAT GTT TCT AGA GCT TTC TCT CTT GAT ATA CGC G---AG CAG TCA GGT AAT TTT GTG GAT TTA AGA GAG TTT GTT TTT CGT AAT AGG AAC GGC TTC CTT CAT ATT TAT GAG GGT TAT GAG GCT ATT TCT ATA GTT AGA GG------------A TTG CCT GCC GGG TTC AAC GTC CTC AAA CCA TTA TTA AAG ATA CCA TTT GGC CTT AAT GTT ACG TCT TTT AAG ACT TTT CTT GCA GTT TAC AGG GTG GCA GCA GG- --- --- --- --- --- --T AGT ATC AGT GTA GCG AGC TCT GCT TAT TAT GTA GGT TAT TTA AAA CCA TTA ACT TTC ATG CTT AGT TAT GAT TTA AAT GGT ACT ATT AAG AAT GCT GTT GAT TGT TCT CAG GAT CCG CTC GCT GAG TTA AAG TGT ACT ATT AAG AAT TTT AAT GTT TCT AAA GGC ATT TAC CAG ACT TCA AAC TTC AGA GTG TCT CCA ACT CGG GAG GTT GTT AGA TTT CCT AAT ATT ACA AAT CGC TGT CCT TTT GAC AGC ATC TTT AAT GCT TCC AGA TTT CCT TCT GTG TAT GCG TGG GAA AGG ACT AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCG GAT TAT ACT GTT CTC TAC AAC TCA--- ACC TTA TTT TCA ACT TTT AAG TGT TAT GGA GTT TCT CCC TCT AAG TTG ATT GAT TTA TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGA TTT TCT GAA GTC AGG CAA GTT GCA CCG GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAT AAT TAT AGG CTA CCT GAT GAC TTC ACA GGC TGT GTC ATA GCT TGG AAT ACA GCT AAT CAA GAC GTT GG- --- --- --- --- --T AGT TAT TTT TAT AGA TCT CAT CGC TCC ACC AAA TTA AAG CCA TTT GAG CGT GAT CTT TCT TCG GAC GA- --G AAT GGT GTT CGT ACA CTT AGT AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --A TAT GAC TTC AAC CCT AAT GTA CCT CTT GAT TAT CAA GCC ACC AGA GTG GTA GTG CTT TCA TTT GAA TTG CTG AAT GCA CCT GCT ACA GTT TGT GGA CCT AAG TTG TCC ACG GAA CTA GTT AAG AAC CAG TGT GTC AAT TTC AAT TTT AAT GGA CTC AAA GGT ACT GGT GTC TTG ACT TCG TCT TCA AAA AGA TTC CAG TCG TTT CAG CAA TTC GGT CGT GAC GCT TCT GAC TTT ACG GAT TCA GTG CGC GAC CCA CAG ACA TTA GAA ATA CTT GAC ATT ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATA ACA CCT GGA ACA AAT GCT TCA TCC GAA GTA GCT GTT CTT TAT CAA GAT GTA AAT TGC ACT GAT GTC CCA ACT GCC ATA CGT GCA GAC CAA TTA ACA CCA GCT TGG CGC GTT TAC TCA ACT GGA GTA AAT G------TG TTT CAA ACA CAA GCT GGC TGT CTT ATT GGA GCT GAA CAT GTT AAC GCT TCG TAT GAG TGT GAC ATT CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCT TCT ACT C-- --- --- --- -TA CGT AGT ATA GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAC ACT ATG TCT TTG GGT GCA GAA AAT TCT ATT GCT TAT GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACA ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT CAG GAG TGC AGT AAC TTA CTT CTC CAG TAT GGA AGT TTC TGC ACG CAA TTA AAT CGT GCT CTT ACG GGC GTT GCC TTA GAA CAG GAC AAA AAT ACA CAG GAG GTT TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAG GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAT CCT TCA AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAC TTA CTC TTC AAC AAG GTC ACT CTT GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAA CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGC GAT ATT AGT GCT AGA GAC CTC ATT TGT GCT CAG AAG TTC AAC GGA CTT ACT GTC CTA CCA CCA TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATT GCT GCG TAC ACT GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACA TTC GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAA CAG ATC GCC AAT CAA TTC AAC AAG GCG ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAC GCT CAA GCA TTG AAC ACA CTT GTT AAA CAG CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAC ATT CTT TCA CGA CTA GAC AAA GTC GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGA TTG CAG AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCA GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAC CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGA AGA GGC TAT CAT CTT ATG TCT TTT CCT CAG GCT GCT CCG CAT GGT GTT GTT TTC TTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCG CAT GAG AAA AAC TTC ACC ACA GCT CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCC TAC TTC CCG CGT GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTC ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAC TCA CCA CAA ATA ATC ACA ACA GAT AAT ACA TTT GTT GCT GGA AAC TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAT ACA GTC TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTC GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAC GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCG CTC ATT GAC CTC CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCC TGG TAC GTT TGG CTC GGC TTT ATT GCT GGA CTG ATT GCT ATC GTT ATG GCC ACT ATA CTG CTT TGT TGT ATG ACC AGC TGT TGC AGC TGC CTA AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCC TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
KY770858_Bat_CoV_Anlong_103 TTG TTT TTC TTC CTT TTA TTA CTG --- --- CAG ATA C---GT GTC TCA ATT TTA CTA ATC TTG C-- AGC GCC TGC TTA TAA --C ATA GCC TCC TCG TCT CGA CGT GGT GTG TAT TAT CCT GAT GAC ATT TTT CGG TCT GAC TTT TTA CAT TTG GTA AAT GAT TAT TTT CTG CCA TTT GGT TCC AAT GTA ACT CAA TTT TAT ACT CAG GGT A-- -CT AAT ATT GAT AAC --- --- --- --- --- --- CCC ACT TTG CCA TTT AGA GAT GGT GTG TAT TTT GCT GCC ACA GAG AAG TCT AAT ATA GTT AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCT ACT TTG GAC TCC ACC TCC CAG TCT GCT ATA ATT TTA AAT AAT TCT ACA AAT TTG ATT GTG CGG GTT TGT AAT TTT GAA TTA TGT AAA GTG CCA CTA TTT GTG GTT TTT AAA TCT --- --- --- --- AAT AAT TC- CCA GTT ATC ACA CTT GTT TAG TGA TAG TT- -TT AAT TGT ACC TTT GAG TAT GTT TCT AGG GCT TTC TCT CTT GAT ATA CGC G---AG CAG TCA GGT AAT TTT GTG GAT TTA AGA GAG TTT GTT TTT CGT AAT AGG AAT GGC TTC CTT CAT ATT TAT GAG GGT TAT GAG GCT ATT TCT ATA GTT AGA GG------------A TTG CCT GCC GGG TTC AAC GTC CTC AAG CCA TTA TTA AAG ATA CCA TTT GGC CTT AAT GTT ACG TCT TTT AAG ACT TTT CTT ACA GTT TAT AGG GTG GCA GCA GG- --- --- --- --- --- --T AGT ATT AGT GTA GCG AGC TCT GCT TAT TTT GTA GGT TAT TTA AAA CCA TTA ACT TTC ATG CTT AGT TAT GAT TTA AAT GGT ACT ATT AAT AAT GCT GTT GAT TGT TCT CAG GAT CCG CTC GCT GAG TTA AAG TGT ACT ATT AAG AAT TTT AAT GTT TCT AAA GGC ATT TAT CAG ACT TCA AAC TTC AGA GTG TCT CCA ACT CGG GAG GTT GTT AGA TTT CCT AAT ATT ACA AAT CGC TGT CCT TTT GAC AGC ATC TTT AAT GCT TCC AGA TTT CCT TCT GTG TAT GCG TGG GAA AGG ACT AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCG GAT TAT ACT GTT CTC TAC AAC TCA--- ACC TCA TTT TCA ACT TTT AAG TGT TAT GGA GTT TCT CCC TCT AAG TTG ATT GAT TTA TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGA TTT TCT GAA GTC AGG CAA GTT GCA CCG GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAT AAT TAT AGG CTA CCT GAT GAC TTC ACA GGC TGT GTC ATA GCT TGG AAT ACA GCT AAT CAA GAT GTT GG- --- --- --- --- --T AGT TAT TTT TAT AGA TCT CAT CGC TCC ACC AAA TTA AAG CCA TTT GAG CGT GAT CTT TCT TCT GAC GA- --G AAT GGT GTT CGT ACA CTT AGT AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --A TAT GAC TTC AAC CCT TAT GTA CCT CTT GAT TAT CAA GCT ACC AGA GTG GTA GTG CTT TCA TTT GAA TTG CTG AAT GCA CCT GCT ACA GTT TGT GGA CCT AAG TTG TCC ACG GAA CTA GTT AAG AAC CAA TGT GTC AAT TTC AAT TTT AAT GGA CTC AAA GGT ACT GGT GTC TTG AGT TCG TCT TCA AAA AGA TTC CAG TCG TTT CAG CAA TTC GGT CGT GAC GCT TCT GAC TTT ACG GAT TCA GTG CGC GAC CCA CAG ACA TTA GAA ATA CTT GAC ATT ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATA ACA CCT GGA ACA AAT GCT TCA TCT GAA GTA GCT GTT CTT TAT CAA GAT GTA AAT TGC ACT GAT GTC CCA ACT GCC ATA CGT GCA GAC CAA TTA ACA CCA GCT TGG CGC GTT TAC TCA ACT GGA GTA AAT G------TA TTT CAA ACA CAA GCT GGC TGT CTT ATT GGA GCT GAA CAT GTT AAC GCT TCA TAT GAG TGT GAC ATT CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCT TCT ACT C-- --- --- --- -TA CGT AGT GTA GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAC ACT ATG TCC TTG GGT GCA GAA AAT TCT ATT GCT TAT GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACA ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT CAG GAG TGC AGT AAC TTA CTT CTC CAG TAT GGA AGT TTT TGC ACG CAA TTA AAT CGC GCT CTC ACG GGC GTT GCC TTA GAA CAG GAC AAA AAT ACA CAG GAG GTT TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAG GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAT CCT TCA AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAC CTA CTC TTC AAC AAG GTG ACT CTT GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAA CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGC GAT ATT AGT GCT AGA GAC CTC ATT TGT GCT CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACT GTC CTG CCA CCA TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATT GCT GCA TAC ACT GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACA TTC GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAA CAG ATC GCC AAT CAA TTC AAC AAG GCG ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAC GCT CAA GCA TTG AAC ACA CTT GTT AAA CAG CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAC ATT CTT TCA CGA CTA GAC AAA GTT GAG GCG GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGG TTG CAG AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGA AGA GGC TAT CAT CTT ATG TCT TTT CCT CAG GCC GCT CCG CAT GGT GTT GTT TTC TTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCG CAG GAG AAA AAC TTC ACC ACA GCT CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCG CGT GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTC ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAC TCA CCA CAA ATA ATC ACA ACA GAT AAT ACA TTT GTT GCT GGA AAC TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTC TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCT GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCC GTC GTC AAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCG CTC ATT GAC CTT CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCC TGG TAC GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTG ATT GCT ATC GTC ATG GCC ACT ATA CTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCG TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCT GTG CTC AAG GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
KY417143_Bat_SARS_like_CoV_Rs4081 TTC TTT TAA GCC TCG GCC TTG TTA CTG CTC AAG ATG G---CT GTG GGC ATA TTA GCA CTA AAC C-- TCA ACC ATT AAT GGA --T AAA TTT TCT TCT TCG CGT AGG GGT GTC TAT TAT AAT GAT GAC ATT TTT CGT TCA GAT GTT TTA CAT CTT ACT CAG GAT TAT TTT CTA CCA TTT GAC ACC AAT CTA ACG CGT TAT TTG TCT TTT AAC A-- -TG GAT TCT GCA ACA AAG GTT TAC TTT GAT AAT CCA ACA TTA CCA TTT GGT GAC GGC ATT TAT TTT GCA GCC ACT GAA AAA TCT AAT GTT GTT AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCC ACT ATG GAT AAC ACC ACG CAA TCT GCC ATT ATA GTC AAT AAT TCC ACG CAT ATT ATT ATA CGT GTG TGT TAT TTT AAT TTA TGT AAA GAA CCC ATG TAT GCT ATC TCG AAT GAG --- --- --- --- CA- --- -G- CAT TAC AAA TCA TGG GTG TAT CAA AAT GCA TAT AAT TGC ACA TAT GAT AGA GTG GAG CAG AGC TTT CAA CTC GAC ACT GCC C---CT CAG ACT GGA AAT TTT AAG GAC TTA CGT GAG TAT GTC TTT AAA AAT AAG GAT GGG TTT CTA AGT GTC TAT AAT GCT TAT TCA CCT ATT GAC ATA CCA AGG GG------------T CTT CCT GTT GGT TTT TCG GTG TTG AAA CCA ATT CTT AAA CTC CCT ATA GGT ATA AAT ATT ACC TCT TTT AAG GTA GTT ATG TCC ATG TTT AGC AGA ACA ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTC CTA CCT GAA ATT GCT GCT TAT TTT GTT GGT AAC TTA AAA TAT AGT ACC TTC ATG CTT AAT TTT AAT GAG AAT GGG ACT ATT ACT GAT GCC ATT GAT TGT GCC CAA AAT CCC CTA TCT GAA TTA AAA TGC ACC ATT AAA AAT TTT AAT GTC AGT AAA GGA ATC TAT CAG ACA TCT AAC TTC AGA GTA TCA CCA ACT CAT GAA GTT GTT AGG TTC CCT AAC ATT ACA AAC CGC TGT CCT TTC GAT AAA GTT TTT AAT GCT AGT CGC TTT CCC AAT GTC TAT GCT TGG GAA AGA ACA AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAT TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCA--- ACT TCA TTT TCA ACT TTT AAA TGT TAT GGA GTT TCT CCC TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCA GAA GTA AGG CAA GTT GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAT AAC TAC AAA CTG CCT GAT GAC TTT ACA GGC TGT GTC ATA GCT TGG AAC ACT GCT AAA CAA GAT CAG GG- --- --- --- --- --C CAG TAT TAT TAT AGA TCC TCC CGA AAA ACA AAA CTT AAA CCT TTT GAG AGG GAT CTA ACT TCT GAC GA- --A AAT GGT GTA CGT ACT CTT AGT AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --T TAT GAC TTC TAT CCT AAT GTG CCT ATT GAA TAT CAG GCT ACT AGG GTT GTT GTG CTT TCA TTT GAG CTT CTA AAT GCA CCT GCT ACA GTT TGT GGA CCT AAA TTA TCC ACA GCA CTT GTT AAG AAC CAG TGT GTC AAT TTC AAT TTT AAT GGA CTC AAA GGT ATT GGT GTT CTG ACT GAT TCT TCA AAG AGA TTT CAG TCA TTT CAA CAA TTT GGA AGA GAC ACG TCG GAT TTC ACT GAT TCC GTT CGT GAC CCG CAA ACA TTG CAG ATA CTT GAC ATT ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATA ACA CCT GGA ACA AAT GCT TCA TCT GAA GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAT TGC ACT GAT GTC CCA ACG GCC ATA CGT GCT GAT CAA TTA ACA CCA GCT TGG CGC GTT TAC TCC ACT GGA ATA AAT G------TT TTT CAA ACA CAA GCG GGC TGT CTT ATT GGG GCT GAA CAT GTC AAT GCT TCC TAT GAG TGT GAC ATC CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCC TCT ACT T-- --- --- --- -TA CGT AGT GTA GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAC ACT ATG TCT TTG GGT GCA GAA AAT TCT ATT GCT TAC GCT AAT AAC TCA ATT GCC ATA CCA ACA AAT TTT TCA ATT AGT GTC ACG ACT GAA GTG ATG CCA GTT TCA ATG TCT AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAC TCT CAG GAG TGC AGT AAT TTA CTT CTT CAA TAC GGA AGC TTC TGC ACG CAA TTG AAT CGT GCT CTT ACG GGC ATT GCC ATA GAA CAG GAC AAA AAT ACA CAG GAG GTT TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAG GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAC CCT TCT AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAT TTA CTT TTC AAC AAG GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAG TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAC CTC ATC TGT GCA CAA AAG TTC AAT GGC CTT ACT GTC CTG CCA CCT TTA CTC ACG GAT GAC ATG ATT GCT GCA TAC ACT GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACC TTC GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAG ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAC GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAA CAG ATC GCC AAT CAA TTC AAT AAG GCA ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCG TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTG AAC ACG CTT GTT AAA CAG CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAC ATT CTT TCA CGA CTA GAT AAA GTC GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGA TTG CAG AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGC GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGA AGA GGC TAT CAT CTT ATG TCT TTT CCT CAG GCT GCT CCG CAT GGT GTT GTT TTC TTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCG CAG GAG AAA AAC TTC ACC ACA GCT CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCG CGT GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTC ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAC TCA CCA CAA ATA ATC ACA ACA GAT AAT ACA TTT GTT GCT GGA AAC TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTC TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTC GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAC GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCG CTC ATT GAC CTC CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCC TGG TAC GTT TGG CTC GGC TTT ATT GCT GGA CTG ATT GCT ATC GTT ATG GCC ACT ATA CTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCT GTG CTC AAG GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
KY417149_Bat_SARS_like_CoV_Rs4255 TTC TTT TAT GCC TCG GCC TTG TTA CTG CTC AAG ATG G---CT GTG GGC ATA TTA GCA CTA AAC C-- TCA ACC ATT AAT GGA --T AAA TTT TCT TCT TCG CGT AGG GGT GTC TAT TAT AAT GAT GAC ATT TTT CGA TCA GAT GTT TTA CAT CTT ACT CAG GAT TAT TTT CTA CCA TTT GAC ACC AAT CTA ACG CGT TAT TTG TCT TTT AAC A-- -TG GAT TCT GCA ACA AAG GTT TAC TTT GAT AAT CCA ACA TTA CCA TTT GGT GAC GGC ATT TAT TTT GCA GCC ACT GAA AAA TCT AAT GTT GTT AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCC ACT ATG GAT AAC ACC ACG CAA TCT GCC ATT ATA GTC AAT AAT TCC ACG CAT ATT ATT ATA CGT GTG TGT TAT TTT AAT TTA TGT AAA GAA CCC ATG TAT GCC ATC TCG AAT GAG --- --- --- --- CA- --- -G- CAT TAC AAA TCA TGG GTG TAT CAA AAT GCA TAC AAT TGC ACA TAT GAT AGA GTG GGG CAG AGC TTT CAA CTC GAC ACT GCC C---CT CAG ACT GGA AAT TTT AAG GAC TTA CGT GAG TAT GTC TTT AAA AAT AAG GAT GGG TTT CTA AGT GTT TAT AAT GCT TAT TCA CCT ATT GAC ATA CCA AGG GG------------T CTT CCT GTT GGT TTT TCG GTG TTG AAA CCA ATT CTT AAA CTC CCT ATA GGT ATA AAT ATT ACC TCT TTT AAG GTA GTT ATG TCC ATG TTT AGC AGA ACC ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTC CTA CCT GAA GTT GCT GCT TAT TTT GTT GGT AAC TTA AAA TAT AGT ACC TTC ATG CTT AAT TTT AAT GAG AAT GGG ACT ATT ACT GAT GCC ATT GAT TGT GCC CAA AAT CCC CTA TCT GAA TTA AAA TGC ACC ATT AAA AAT TTT AAT GTC AGT AAA GGA ATC TAT CAG ACA TCT AAC TTC AGA GTG TCA CCA ACT CAT GAA GTT ATT AGG TTC CCT AAC ATT ACA AAC CGC TGT CCT TTT GAC AAA GTT TTT AAT GCT AGT CGC TTT CCC AAT GTT TAT GCT TGG GAA AGA ACA AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAT TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCA--- ACT TCA TTT TCA ACT TTT AAA TGT TAT GGA GTT TCT CCC TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGG TCT TCA GAA GTA AGG CAA GTT GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAT AAC TAC AAA CTG CCT GAT GAC TTT ACA GGC TGT GTC ATA GCT TGG AAC ACT GCT AAA CAA GAT CAG GG- --- --- --- --- --C CAG TAT TAT TAT AGA TCC TCC AGA AAA ACA AAA CTT AAA CCT TTT GAG AGG GAT CTA TCT TCT GAC GA- --A AAT GGT GTA CGT ACT CTT AGT AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --T TAT GAC TTC TAT CCT ACT GTG CCT ATT GAA TAT CAG GCT ACT AGG GTT GTT GTG CTT TCA TTT GAG CTT TTA AAT GCA CCT GCT ACA GTT TGT GGA CCT AAA CTA TCC ACA GGA CTT GTT AAG AAC CAG TGC GTC AAT TTC AAT TTT AAT GGA CTC AAA GGT ACT GGT GTT CTG ACT GAT TCT TCA AAG AGA TTT CAG TCA TTT CAA CAA TTT GGA AGA GAC ACG TCG GAT TTC ACT GAC TCC GTT CGT GAC CCG CAA ACA TTG CAG ATA CTT GAC ATT ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATA ACA CCT GGA ACA AAT GCT TCA TCC GAA GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAC TGC ACT GAT GTC CCA ACG GCC ATA CGT GCT GAT CAA TTA ACA CCA GCG TGG CGC ATT TAC TCC ACT GGA ATA AAT G------TT TTT CAA ACA CAA GCG GGC TGT CTT ATT GGG GCT GAA CAT GTC AAT GCT TCC TAT GAG TGT GAC ATC CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCC TCT ACT T-- --- --- --- -TA CGT AGT GTA GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAC ACT ATG TCT TTG GGT GCA GAA AAT TCT ATT GCT TAC GCT AAT AAC TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATT AGT GTC ACG ACT GAA GTG ATG CCA GTT TCA ATG TCT AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAC TCT CAG GAG TGC AGT AAT TTA CTT CTT CAA TAC GGA AGT TTC TGC ACG CAA TTA AAT CGT GCT CTT ACG GGC ATT GCC ATA GAA CAG GAC AAA AAT ACA CAG GAG GTT TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAG GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAC CCT TCT AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAT TTA CTT TTC AAC AAG GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAG TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAC CTC ATC TGT GCA CAA AAG TTC AAT GGC CTT ACT GTC TTG CCA CCT TTA CTC ACG GAT GAC ATG ATT GCT GCA TAC ACT GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACC TTC GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAG ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAC GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAA CAG ATC GCC AAT CAA TTC AAC AAG GCA ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCG TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTG AAC ACG CTT GTT AAA CAG CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAC ATT CTT TCA CGA CTA GAT AAA GTC GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGA TTG CAG AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGA AGA GGC TAT CAT CTT ATG TCT TTT CCT CAG GCT GCT CCG CAT GGT GTT GTT TTC TTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCG CAG GAG AAA AAC TTC ACC ACA GCT CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAG GCA TAC TTC CCG CGT GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTC ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAC TCA CCA CAA ATA ATC ACA ACA GAT AAT ACA TTT GTT GCT GGA AAC TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTC TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCT GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAA AAG GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAC GAA TCG CTC ATT GAT CTT CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCT TGG TAC GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTG ATT GCT ATC GTC ATG GCC ACT ATA CTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
MK211378_CoV_BtRs_BetaCoV_YN2018D TTC TTT TAT GCC TCG GCC TTG TTA CTG CTC AAG ATG G---CT GTG GGC ATA TTA GCA CTA AAC C-- TCA ACC ATT ATT GGA --T AAA TTT TCT TCT TCG CGT AGG GGT GTC TAT TAT AAT GAT GAC ATT TTT CGT TCA GAT GTT TTA CAT CTT ACT CAG GAT TAT TTT CTA CCA TTT GAC ACC AAT CTA ACG CGT TAT TTG TCT TTT AAC A-- -TG GAT TCT GCA ACA AAG GTT TAC TTT GAT AAT CCA ACA TTA CCA TTT GGT GAC GGC ATT TAT TTT GCA GCC ACT GAA AAA TCT AAT GTT GTT AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCC ACT ATG GAT AAC ACC ACG CAA TCT GCC ATT ATA GTC AAT AAT TCC ACG CAT ATT ATT ATA CGT GTG TGT TAT TTT AAT TTA TGT AAA GAA CCC ATG TAT GCT ATC TCG AAT GAG --- --- --- --- CA- --- -G- CAT TAC AAA TCA TGG GTG TAT CAA AAT GCA TAT AAT TGC ACA TAT GAT AGA GTG GAG CAG AGC TTT CAA CTC GAC ACT GCC C---CT CAG ACT GGA AAT TTT AAG GAC TTA CGT GAG TAT GTC TTT AAA AAT AAG GAT GGG TTT CTA AGT GTT TAT AAT GCT TAT TCA CCT ATT GAC ATA CCA AGG GG------------T CTT CCT GTT GGT TTT TCG GTG TTG AAA CCA ATT CTT AAA CTC CCT ATA GGT ATA AAT ATT ACC TCT TTT AAG GTA GTT ATG TCC ATG TTT AGC AGA ACA ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTC CTA CCT GAA GTT GCT GCT TAT TTT GTT GGT AAC TTA AAA TAT AGT ACC TTC ATG CTT AAT TTT AAT GAG AAT GGG ACT ATT ACT GAT GCC ATT GAT TGT GCC CAA AAT CCC CTA TCT GAA TTA AAA TGC ACC ATT AAA AAT TTT AAT GTC AGT AAA GGA ATC TAT CAG ACA TCT AAC TTC AGA GTA TCA CCA ACT CAT GAA GTT ATT AGG TTC CCT AAC ATT ACA AAC CGT TGT CCT TTC GAC AAA GTT TTT AAT GCT AGT CGC TTT CCC AAT GTT TAT GCT TGG GAA AGA ACA AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAT TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCA--- ACT TCA TTT TCA ACT TTT AAA TGT TAT GGA GTC TCT CCC TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCA GAA GTA AGG CAA GTT GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAT AAC TAC AAA CTG CCT GAT GAC TTT ACA GGC TGC GTC ATA GCT TGG AAC ACT GCT AAA CAA GAT CAG GG- --- --- --- --- --C CAG TAT TAT TAT AGA TCC TCC CGA AAA ACA AAA CTT AAA CCT TTT GAG AGG GAT CTA ACT TCT GAC GA- --A AAT GGT GTA CGT ACT CTT AGT AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --T TAT GAC TTC TAT CCT AAT GTG CCT ATT GAA TAT CAG GCT ACT AGG GTT GTT GTG CTT TCA TTT GAA CTT CTA AAT GCA CCT GCT ACA GTT TGT GGA CCT AAA TTA TCC ACA GGA CTT GTT AAG AAC CAG TGT GTT AAT TTT AAC TTC AAT GGA CTC AGG GGC ACT GGT GTT TTG ACT GAC TCA TCA AAG AGG TTT CAG TCT TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAC ACT TCT GAC TTT ACG GAT TCA GTG CGT GAT CCA CAA ACA CTA GAA ATA CTT GAC ATT ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATA ACA CCT GGA ACA AAT GCT TCA TCT GAA GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAT TGC ACT GAT GTC CCA ACG GCC ATA CGT GCT GAT CAA CTA ACA CCA GCT TGG CGC GTT TAC TCC ACT GGA ATA AAT G------TT TTT CAA ACA CAA GCT GGC TGT CTT ATT GGG GCT GAA CAT GTC AAT GCT TCT TAC GAG TGT GAC ATC CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCC TCT ACT T-- --- --- --- -TA CGT AGT GTA GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAC ACT ATG TCT TTG GGT GCA GAA AAT TCC ATT GCT TAC GCT AAT AAC TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATT AGT GTC ACG ACT GAA GTG ATG CCA GTT TCA ATG TCT AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAC TCT CAG GAG TGC AGT AAT TTA CTT CTT CAA TAC GGA AGT TTC TGC ACG CAA TTG AAT CGT GCT CTT ACG GGC ATT GCC ATA GAA CAG GAC AAA AAT ACA CAG GAG GTT TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAG GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAC CCT TCT AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAT TTA CTT TTC AAC AAG GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAG TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAC CTC ATC TGT GCA CAA AAG TTC AAT GGC CTT ACT GTC CTG CCA CCT TTA CTC ACG GAT GAC ATG ATC GCT GCG TAC ACT GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACA TTC GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAA CAG ATC GCC AAT CAA TTC AAC AAG GCG ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCG TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAC GCT CAA GCA TTG AAC ACA CTT GTT AAA CAG CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAC ATT CTT TCA CGA CTA GAC AAA GTC GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGA TTG CAG AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATT AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGA AGA GGC TAT CAT CTT ATG TCT TTT CCT CAG GCT GCT CCG CAT GGT GTT GTT TTC TTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCG CAG GAG AAA AAC TTC ACC ACA GCT CCG GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCG CGT GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTC ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAC TCA CCA CAA ATA ATC ACA ACA GAT AAT ACA TTT GTT GCT GGA AGC TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTC TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAG GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCT GAT GTT GAT CTC GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAC ATT CAG AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCG CTC ATT GAC CTC CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCC TGG TAC GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTG ATT GCT ATC GTT ATG GCC ACT ATA CTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
FJ588686_Bat_SARS_CoV_Rs672_2006 TTC TTT TAT GCC TCG GCC TTG TTA CTG CTC AAG ATG G---CT GTG GGC ATA TTA GCA CTA AAC C-- TCA ACC ATT AAT GGA --T AAA TTT TCT TCT TCG CGT AGG GGT GTC TAT TAT AAT GAT GAC ATT TTT CGA TCA GAT GTT TTA CAT CTT ACT CAG GAT TAT TTT CTA CCA TTT GAC ACC AAT CTA ACG CGT TAT TTG TCT TTT AAC A-- -TG GAT TCT GCA ACA AAG GTT TAC TTT GAT AAT CCA ACA TTA CCA TTT GGT GAC GGC ATT TAT TTT GCA GCC ACT GAA AAA TCT AAT GTT GTT AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCC ACT ATG GAT AAC ACC ACG CAA TCT GCC ATT ATA GTC AAT AAT TCC ACG CAT ATT ATT ATA CGT GTG TGT TAT TTT AAT TTA TGT AAA GAA CCC ATG TAT GCC ATC TCG AAT GAG --- --- --- --- CA- --- -G- CAT TAC AAA TCA TGG GTG TAT CAA AAT GCA TAT AAT TGC ACA TAT GAT AGA GTG GAG CAG AGC TTT CAA CTC GAC ACT GCC C---CT CAG ACT GGA AAT TTT AAG GAC TTA CGT GAG TAT GTC TTT AAA AAT AAG GAT GGG TTT CTA AGT GTT TAT AAT GCT TAT TCA CCT ATT GAC ATA CCA AGG GG------------T CTT CCT GTT GGT TTT TCG GTG TTG AAA CCA ATT CTT AAA CTC CCT ATA AGT ATA AAT ATT ACC TCT TTT AAG GTA GTT ATG TCC ATG TTT AGC AGA ACC ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTC CTA CCT GAA GTT GCT GCT TAT TTT GTT GGT AAC TTA AAA TAT AGT ACC TTC ATG CTT AAT TTT AAT GAG AAT GGG ACT ATT ACT GAT GCC ATT GAT TGT GCC CAA AAT CCC CTA TCT GAA TTA AAA TGC ACC ATT AAA AAT TTT AAT GTC AGT AAA GGA ATC TAT CAG ACA TCT AAC TTC AGA GTA TCA CCA ACT CAT GAA GTT ATT AGG TTC CCT AAC ATT ACA AAC CGC TGT CCT TTC GAC AAA GTT TTT AAT GCT AGT CGC TTT CCC AAT GTT TAT GCT TGG GAA AGA ACA AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAT TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCA--- ACT TCA TTT TCA ACT TTT AAA TGT TAT GGA GTT TCT CCC TCT AAG TTG ATT GAC TTG TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCA GAA GTA AGG CAA GTT GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAT AAC TAC AAA CTG CCT GAT GAC TTT ACA GGC TGT GTC ATA GCT TGG AAC ACT GCT AAA CAA GAT CAG GG- --- --- --- --- --C CAG TAT TAT TAT AGA TCC TCC AGA AAA ACA AAA CTT AAA CCT TTT GAG AGG GAT CTA ACT TCT GAC GA- --A AAT GGT GTA CGT ACT CTT AGT AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --T TAT GAC TTC TAT CCT AAT GTG CCT ATT GAA TAT CAG GCT ACT AGG GTT GTT GTG CTT TCA TTC GAG CTT CTA AAT GCA CCT GCT ACA GTT TGT GGA CCT AAA TTA TCC ACA GGA CTT GTT AAG AAC CAG TGT GTC AAT TTC AAT TTT AAT GGA CTC AAA GGT ACT GGT GTT CTG ACT GAT TCT TCA AAG AGA TTT CAG TCA TTT CAA CAA TTT GGA AGA GAC ACG TCG GAT TTC ACT GAT TCC GTT CGT GAC CCG CAA ACA TTG CAG ATA CTT GAC ATT ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATA ACA CCT GGA ACA AAT GCT TCA TCT GAA GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAC TGC ACC GAT GTC CCA ACA GCC ATA CGT GCA GAC CAA TTA ACA CCA GCT TGG CGC GTT TAC TCA ACC GGA GTA AAT G------TG TTT CAA ACA CAA GCT GGC TGT CTT ATT GGA GCT GAA CAT GTT AAC GCT TCG TAT GAG TGT GAC ATT CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCT TCT ACT C-- --- --- --- -TA CGT AGT GTA GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAC ACT ATG TCT TTG GGT GCA GAA AAT TCT ATT GCT TAT GCT AAT AAT TCG ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACA ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCG ATG GCT AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT CAG GAG TGC AGT AAC TTA CTT CTC CAG TAT GGA AGT TTC TGC ACG CAA TTA AAT CGT GCT CTC ACG GGC GTT GCC TTA GAA CAG GAC AAA AAT ACA CAG GAG GTT TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAG GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAT CCT TCA AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAT CTA CTC TTC AAC AAG GTG ACT CTT GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAA CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGC GAT ATT AGT GCT AGA GAC CTC ATT TGT GCT CAG AAG TTC AAC GGA CTT ACT GTC CTA CCA CCA TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATT GCT GCG TAC ACT GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACA TTC GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAG CAG ATC GCC AAT CAA TTC AAC AAG GCG ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAC GCT CAA GCA TTG AAC ACA CTT GTT AAA CAG CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAC ATT CTT TCA CGA CTA GAC AAA GTC GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGA TTG CAG AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CCT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGA AGA GGC TAT CAT CTT ATG TCT TTT CCT CAG GCC GCT CCG CAT GGT GTT GTT TTC TTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCG CAG GAG AAA AAC TTC ACC ACA GCT CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCG CGT GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTC ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAC TCA CCA CAA ATA ATC ACA ACA GAT AAT ACA TTT GTT GCT GGA AAC TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTC TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCT GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCG CTC ATT GAC CTT CAA GAA CTT GGT AAG TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCT TGG TAC GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTG ATT GCT ATC GTC ATG GCC ACT ATA CTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCT GTG CTC AAG GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
MK211377_CoV_BtRs_BetaCoV_YN2018C TTG CTT TTC TAG TTA CGC TAG TTA AAG CAC AGG AAG G---AT GCG GCA TTA TCA GCA AAA AAC C-- GCA GCC AAA AAT GGC --A CAA GTT TCC TCT TCC CGC CAA GGT GTA TAC TAT AAT GAT GAC ATT TTT CGT TCT GAT GTA CTA CAC CTC ACT CAG GAT TAC TTC CTG CCC TTT GAT TCA AAT TTA ACA CAG TAC TTT TCT CTT AAC G-- -TT GAT TCA GAT AGG TAC ACC TAT TTT GAC AAT CCC ATT TTA GAC TTC GGT GAC GGC GTT TAT TTC GCT GCT TCT GAA AAG TCT AAT GTA ATC AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCC ACT TTT GAT AAC ACC ACT CAG TCA GCT GTC ATA GTT AAC AAT TCC ACA CAC ATT ATC ATA CGT GTG TGC AAT TTT AAC TTA TGT AAA GAA CCC ATG TAC ACA GTG TCT CGT GGC --- --- --- --- AC- --- -A- CAA CAA TCA TCG TGG GTC TAT CAG AGT GCT TTT AAT TGC ACA TAT GAT AGA GTA GAG AGA AGT TTT CAG CTC GAT ACT GCT C---CT AAA ACT GGA AAT TTT AAA GAC CTA CGC GAG TAT GTC TTT AAG AAT CGT GAT GGT TTT CTT AGT GTT TAC CAA ACT TAT ACG GCT GTT AAT TTA CCT AGA GG------------A TTA CCT ATT GGG TTC TCA GTT TTG AGG CCA ATC CTC AAA CTG CCC TTT GGA ATT AAC ATT ACA TCT TAT AGA GTT GTT ATG GCT ATG TTT AGC CAA ACT ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTC TTA CCA GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTT GGT AAT CTA AAG TAT ACC ACC TTT ATG CTT AGG TTT AAT GAA AAT GGG ACT ATC ACT GAT GCT ATT GAT TGC GCC CAA AAT CCA CTT GCT GAA TTA AAA TGC ACC ATT AAA AAT TTT AAT GTC AGT AAA GGA ATC TAC CAA ACA TCT AAC TTC AGA GTT TCA CCA ACT CAA GAA GTT GTT AGG TTC CCC AAC ATT ACA AAC CGT TGT CCT TTT GAC AAA GTT TTT AAT GCT ACT CGC TTT CCC AGT GTT TAT GCG TGG GAG CGA ACA AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAT TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCC--- ACT TCC TTC TCA ACT TTC AAA TGT TAT GGA GTT TCT CCC TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCA GAA GTA AGG CAA GTT GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAT AAC TAT AAA TTG CCT GAC GAC TTC ACA GGC TGT GTT ATT GCC TGG AAT ACT GCT CAG CAA GAT AAG GG- --- --- --- --- --T CAA TAT TAT TAT AGA TCC TCT AGA AAG ACA AAA CTT AAA CCT TTT GAG AGG GAC CTA TCT TCA GAC GA- --A AAT GGT GTA CGT ACT CTT AGT AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --T TAT GAC TTC TAT CCT ACT GTG CCT ATT GAA TAT CAG GCT ACT AGG GTT GTT GTG CTT TCA TTT GAG CTT TTA AAT GCA CCT GCT ACA GTT TGT GGA CCT AAA CTA TCC ACG GGA CTT GTT AAG AAC CAG TGT GTC AAT TTC AAC TTT AAT GGA CTC AAA GGT ACT GGC GTT CTG ACT GAT TCT TCA AAG AGA TTT CAG TCA TTC CAA CAA TTT GGA AGA GAC ACG TCG GAT TTC ACT GAT TCC GTT CGT GAC CCG CAA ACA TTG CAA GTA CTT GAC ATC ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATA ACG CCG GGA ACA AAT GCT TCA TCC GAA GTA GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAT TGC ACT GAT GTC CCA ACT GCC ATA CGT GCA GAC CAA TTA ACA CCA GCT TGG CGC GTT TAC TCT ACT GGA GTA AAT G------TG TTT CAA ACA CAA GCT GGC TGT CTT ATT GGA GCT GAA CAT GTT AAC GCT TCG TAT GAG TGT GAC ATT CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCT TCT ACT C-- --- --- --- -TA CGT AGT GTG GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAC ACT ATG TCT TTG GGT GCA GAA AAT TCT ATT GCT TAT GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACA ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT CAG GAG TGC AGT AAC TTA CTT CTC CAG TAT GGA AGT TTC TGC ACG CAG TTA AAT CGT GCT CTC ACG GGC GTT GCC TTA GAA CAG GAC AAA AAT ACA CAG GAG GTT TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAG GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAT CCT TCA AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAC TTA CTC TTC AAC AAG GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAC CTC ATC TGT GCA CAA AAG TTC AAT GGC CTT ACT GTC CTT CCA CCT TTA CTC ACA GAC GAC ATG ATT GCT GCA TAC ACT GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACG TTC GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAG ATG GCA TAT AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAA CAG ATC GCC AAC CAA TTC AAC AAG GCA ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTG AAC ACG CTT GTT AAA CAG CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAC ATT CTT TCA CGA CTA GAT AAA GTC GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGA TTG CAG AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGA AGA GGC TAT CAT CTT ATG TCT TTT CCT CAG GCT GCT CCG CAT GGT GTT GTT TTC TTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCG CAG GAG AAA AAC TTC ACC ACA GCT CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAG GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTC ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAC TCA CCA CAA ATA ATC ACA ACA GAT AAT ACA TTT GTT GCT GGA AAC TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTC TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCT GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAG AAG GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAC GAA TCG CTC ATT GAT CTT CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCT TGG TAC GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTG ATT GCT ATC GTC ATG GCC ACT ATA CTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
KY417142_Bat_SARS_like_CoV_As6526 TTG CTT TTC TAG TTA CGC TAG TTA AAG CAC AGG AAG G---AT GCG GCA TTA TCA GCA GAA AAC C-- GCA GCC AAA AAT GGC --A CAA GTT TCC TCT TCC CGT CGA GGT GTA TAC TAT AAT GAT GAC ATT TTT CGT TCT GAT GTA CTA CAC CTC ACT CAG GAT TAC TTC CTG CCC TTT GAT TCA AAT TTA ACA CAG TAC TTT TCT CTT AAT G-- -TT GAT TCA GAT AGG TAC ACC TAT TTT GAC AAT CCC ATT TTA GAC TTC GGT GAC GGC GTT TAT TTC GCT GCT ACT GAA AAG TCT AAT GTA ATC AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCC ACT TTT GAT AAC ACC ACT CAG TCA GCT GTC ATA GTT AAC AAT TCC ACA CAC ATT ATC ATA CGT GTG TGC AAT TTT AAC TTA TGT AAA GAA CCC ATG TAC ACA GTG TCT CGT GGC --- --- --- --- AC- --- -A- CAA CAA TCA TCG TGG GTC TAT CAG AGT GCT TTT AAT TGC ACA TAT GAT AGA GTA GAG AGA AGT TTT CAG CTC GAT ACT GCT C---CT AAA ACT GGA AAT TTT AAA GAC CTA CGC GAG TAT GTC TTT AAG AAT CGT GAT GGT TTT CTT AGT GTT TAC CAA ACT TAT ACG GCT GTT AAT TTA CCT AGA GG------------A TTA CCT ATT GGG TTC TCA GTT TTG AGG CCA ATC CTC AAA CTG CCC TTT GGA ATT AAC ATT ACA TCT TAT AGA GTT GTT ATG GCT ATG TTT AGC CAA ACT ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTC TTA CCA GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTT GGT AAT CTA AAG TAT ACC ACC TTT ATG CTT AGG TTT AAT GAA AAT GGG ACT ATC ACT GAT GCT ATT GAT TGC GCC CAA AAT CCA CTT GCT GAA TTA AAA TGC ACC ATT AAA AAT TTT AAT GTC AGT AAA GGA ATC TAC CAA ACA TCT AAC TTC AGA GTT TCA CCA ACT CAA GAA GTT GTT AGG TTC CCC AAC ATT ACA AAC CGT TGT CCT TTT GAC AAA GTT TTT AAT GCT ACT CGC TTT CCC AGT GTT TAT GCG TGG GAG CGA ACA AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAT TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCC--- ACT TCC TTC TCA ACT TTC AAA TGT TAT GGA GTT TCT CCC TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCA GAA GTA AGG CAA GTT GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAT AAC TAT AAA TTG CCT GAC GAC TTC ACA GGC TGT GTT ATT GCC TGG AAT ACT GCT CAG CAA GAT AAG GG- --- --- --- --- --T CAA TAT TAT TAT AGA TCC TCT AGA AAG ACA AAA CTT AAA CCT TTT GAG AGG GAC CTA TCT TCA GAC GA- --A AAT GGT GTA CGT ACT CTT AGT AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --T TAT GAC TTC TAT CCT ACT GTG CCT ATT GAA TAT CAG GCT ACT AGG GTT GTT GTG CTT TCA TTT GAG CTT TTA AAT GCA CCT GCT ACA GTT TGT GGA CCT AAA CTA TCC ACG GGA CTT GTT AAG AAC CAG TGT GTC AAT TTC AAC TTT AAT GGA CTC AAA GGT ACT GGC GTT CTG ACT GAT TCT TCA AAG AGA TTT CAG TCA TTC CAA CAA TTT GGA AGA GAC ACG TCG GAT TTC ACT GAT TCC GTT CGT GAC CCG CAA ACA TTG CAA GTA CTT GAC ATC ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATA ACG CCG GGA ACA AAT GCT TCA TCC GAA GTA GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAT TGC ACT GAT GTC CCA ACT GCC ATA CGT GCA GAC CAA TTA ACA CCA GCT TGG CGC GTT TAC TCT ACT GGA GTA AAT G------TG TTT CAA ACA CAA GCT GGC TGT CTT ATT GGA GCT GAA CAT GTT AAC GCT TCG TAT GAG TGT GAC ATT CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCT TCT ACT C-- --- --- --- -TA CGT AGT GTG GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAC ACT ATG TCT TTG GGT GCA GAA AAT TCT ATT GCT TAT GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACA ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT CAG GAG TGC AGT AAC TTA CTT CTC CAG TAT GGA AGT TTC TGC ACG CAA TTA AAT CGT GCT CTC ACG GGC GTT GCC TTA GAA CAG GAC AAA AAT ACA CAG GAG GTT TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAG GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAT CCT TCA AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAC TTA CTC TTC AAC AAG GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAC CTC ATC TGT GCA CAA AAG TTC AAT GGC CTT ACT GTC CTT CCA CCT TTA CTC ACA GAC GAC ATG ATT GCT GCA TAC ACT GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGT TGG ACG TTC GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAG ATG GCA TAT AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAA CAG ATT GCC AAC CAA TTC AAC AAG GCA ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACG ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAT CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAT ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAC ATC CTT TCA CGC CTA GAT AAA GTC GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGA TTG CAG AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGA AGA GGC TAT CAT CTT ATG TCT TTT CCT CAG GCT GCT CCG CAT GGT GTT GTT TTC TTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCG CAA GAG AAA AAC TTC ACC ACA GCT CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCG CGT GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTC ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAC TCA CCA CAA ATA ATC ACA ACA GAT AAT ACA TTT GTT GCT GGA AAT TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTC TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTC GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTA AAC GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCG CTC ATT GAC CTT CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCC TGG TAC GTT TGG CTC GGC TTT ATT GCT GGA CTG ATT GCT ATC GTT ATG GCC ACT ATA TTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
KY417147_Bat_SARS_like_CoV_Rs4237 TTG CTT TTC TAG TTA CGC TAG TTA AAG CAC AGG AAG G---AT GCG GCC TTA TCA GCA GAA AAC C-- GCA GCC AAA AAT GGC --A CAA GTT TCC TCT TCC CGT CGA GGT GTA TAC TAT AAT GAT GAC ATT TTT CGT TCT GAT GTA CTA CAC CTC ACT CAG GAT TAC TTC CTT CCC TTT GAT TCA AAT TTA ACA CAG TAC TTT TCT CTT AAT G-- -TT GAT TCA GAT AGG TAT ACC TAT TTT GAT AAC CCT ATT TTA GAC TTT GGT GAT GGC GTT TAT TTC GCC GCT ACT GAA AAG TCT AAT GTA ATC AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCC ACT TTT GAC AAT ACT ACT CAG TCA GCT GTC ATA GTT AAC AAT TCC ACA CAC ATT ATT ATA CGT GTG TGC AAT TTT AAC CTA TGT AAA GAA CCC ATG TAC ACA GTG TCT CGT GGC --- --- --- --- AC- --- -A- CAA CAA TCA TCT TGG GTT TAT CAG AGT GCG TTC AAT TGC ACA TAT GAC AGA GTG GAG AGA AGT TTT CAG CTC GAT ACC GCT C---CT AAA ACT GGA AAT TTT AAA GAC TTA CGT GAG TAT GTC TTT AAG AAT CGG GAT GGT TTT CTT AGT GTT TAC CAA ACT TAT ACA GCT GTT AAT TTA CCT AGG GG------------A TTA CCT ACT GGG TTT TCA GTT TTG AGG CCA ATC CTC AAA CTG CCC TTT GGA ATT AAC ATT ACA TCT TAT AGA GTT GTT ATG GCT ATG TTT AGT CAA ACT ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTC TTA CCA GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTT GGT AAT CTA AAA TAT ACC ACC TTT ATG CTT AGT TTT AAT GAA AAT GGG ACT ATC ACT GAT GCT ATT GAC TGC GCC CAA AAT CCA CTT GCT GAA TTA AAA TGC ACC ATT AAA AAT TTT AAT GTC AGT AAA GGA ATC TAC CAA ACA TCT AAC TTC AGA GTT TCA CCA ACT CAG GAA GTT ATT AGG TTC CCT AAC ATT ACA AAT CGT TGT CCT TTC GAC AAA GTT TTT AAT GCT AGT CGC TTT CCC AAT GTT TAT GCT TGG GAA AGA ACA AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAT TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCA--- ACT TCA TTT TCA ACT TTT AAA TGT TAT GGA GTT TCT CCC TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCA GAA GTA AGG CAA GTT GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAT AAC TAC AAA CTG CCT GAT GAC TTT ACA GGC TGT GTC ATA GCT TGG AAC ACT GCT AAA CAA GAT CAG GG- --- --- --- --- --C CAG TAT TAT TAT AGA TCC TCC AGA AAA ACA AAA CTT AAA CCT TTT GAG AGG GAT CTA TCT TCT GAC GA- --A AAT GGT GTA CGT ACT CTT AGT AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --T TAT GAC TTC TAT CCT ACT GTG CCT ATT GAA TAT CAG GCT ACT AGG GTT GTT GTG CTT TCA TTT GAG CTT TTA AAT GCA CCT GCT ACA GTT TGT GGA CCT AAA CTA TCC ACA GGA CTT GTT AAG AAC CAG TGT GTC AAT TTC AAT TTT AAC GGA CTC AAA GGT ACT GGT GTT CTG ACT GAT TCT TCA AAG AGA TTT CAG TCA TTT CAA CAA TTT GGA AGA GAT ATG TCG GAT TTC ACT GAT TCC GTT CGT GAC CCG CAA ACA TTG CAG ATA CTT GAC ATT ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATA ACA CCT GGA ACA AAT GCT TCA TCC GAA GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAC TGC ACC GAT GTC CCA ACG GCC ATA CGT GCT GAT CAA TTA ACA CCA GCG TGG CGC GTT TAC TCC ACT GGA ATA AAT G------TT TTT CAA ACA CAA GCG GGC TGT CTT ATT GGG GCT GAA CAT GTC AAT GCT TCC TAT GAG TGT GAC ATC CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCC TCT ACT T-- --- --- --- -TA CGT AGT GTA GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAC ACT ATG TCT TTG GGT GCA GAA AAT TCT ATT GCT TAC GCT AAT AAC TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATT AGT GTC ACG ACT GAA GTG ATG CCA GTT TCA ATG TCT AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAC TCT CAG GAG TGC AGT AAT TTA CTT CTT CAA TAC GGA AGT TTC TGC ACG CAA TTA AAT CGT GCT CTT ACG GGC ATT GCC ATA GAA CAG GAC AAA AAT ACA CAG GAG GTT TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAG GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAC CCT TCT AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAT TTA CTT TTC AAC AAG GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAG TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAC CTC ATC TGT GCA CAA AAG TTC AAT GGC CTT ACT GTC TTG CCA CCT TTA CTC ACG GAT GAC ATG ATT GCT GCA TAC ACT GCT GCC CTA GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACC TTC GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAG ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAC GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAA CAG ATC GCC AAT CAA TTC AAC AAG GCG ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAC GCT CAA GCA TTG AAT ACA CTT GTT AAA CAG CTT AGC TCT AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAC ATT CTT TCA CGA CTA GAC AAG GTC GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGA TTG CAA AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAT TTC TGT GGA AGA GGC TAT CAT CTT ATG TCC TTT CCT CAG GCC GCT CCG CAT GGT GTT GTT TTC TTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCG CAG GAG AAA AAC TTC ACC ACA GCT CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCG CGT GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTC ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAT TCA CCA CAA ATA ATC ACA ACA GAT AAT ACA TTT GTT GCC GGA AAT TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAT ACA GTC TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTT AAA AAT CAC ACA TCA CCT GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCG CTC ATT GAC CTT CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCA TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTG ATT GCT ATC GTC ATG GCC ACT ATA CTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCT GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
KY417148_Bat_SARS_like_CoV_Rs4247 TTG CTT TTC TAG TTA CGC TAG TTA AAG CAC AGG AAG G---AT GCG GCA TTA TCA GCA GAA AAC C-- GCA GCC AAA AAT GGC --A CAA GTT TCC TCT TCC CGT CGA GGT GTA TAT TAT AAT GAT GAT ATT TTT CGT TCT GAT GTA CTA CAT CTC ACT CAG GAT TAC TTC CTG CCC TTT GAT TCA AAT TTA ACA CAG TAC TTT TCT CTT AAT G-- -TT GAT TCA GAT AGG TAT ACC TAT TTT GAT AAC CCT ATT TTA GAC TTT GGT GAT GGC GTT TAT TTC GCC GCT ACT GAA AAG TCT AAT GTA ATC AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCC ACT TTT GAC AAT ACT ACT CAG TCA GCT GTC ATA GTT AAC AAT TCC ACA CAC ATT ATT ATA CGT GTG TGC AAT TTT AAC CTA TGT AAA GAA CCC ATG TAC ACA GTG TCT CGT GGC --- --- --- --- AC- --- -A- CAA CAA TCA TCT TGG GTT TAT CAG AGT GCG TTC AAT TGC ACA TAT GAC AGA GTG GAG AGA AGT TTT CAG CTC GAT ACC GCT C---CT AAA ACT GGA AAT TTT AAA GAC TTA CGT GAG TAT GTC TTT AAG AAT CGG GAT GGT TTT CTT AGT GTT TAC CAA ACT TAT ACA GCT GTT AAT TTA CCT AGG GG------------A TTA CCT ACT GGG TTT TCA GTT TTG AGG CCA ATC CTC AAA CTG CCC TTT GGA ATT AAC ATT ACA TCT TAT AGA GTT GTT ATG GCT ATG TTT AGT CAA ACT ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTC TTA CCA GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTT GGT AAT CTA AAA TAT ACC ACC TTT ATG CTT AGT TTT AAT GAA AAT GGG ACT ATC ACT GAT GCT ATT GAC TGC GCC CAA AAT CCA CTT GCT GAA TTA AAA TGC ACC ATT AAA AAT TTT AAT GTC AGT AAA GGA ATC TAC CAA ACA TCT AAC TTC AGA GTT TCA CCA ACT CAG GAA GTT ATT AGG TTC CCT AAC ATT ACA AAT CGT TGT CCT TTT GAC AAA GTT TTT AAT GCT AGT CGC TTT CCC AAT GTT TAC GCT TGG GAA AGA ACA AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAT TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCA--- ACT TCA TTT TCA ACT TTT AAA TGT TAT GGA GTT TCT CCC TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCA GAA GTA AGG CAA GTT GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAC AAT TAC AAG CTG CCT GAT GAT TTC ACT GGC TGT GTA ATA GCC TGG AAT ACT GCT AAG CAG GAC ACT GG- --- --- --- --- --C CAT TAT TAT TAT AGA TCT CAC CGT AAG ACT AAG CTC AAG CCT TTT GAG AGA GAT CTA TCG TCT GAT GAT GGT AAT GGT GTA TAC ACA CTT AGT AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --T TAT GAC TTC AAC CCT AAC GTA CCA GTA GCA TAT CAG GCC ACT AGA GTT GTT GTT CTT TCT TTT GAA CTT CTT AAT GCA CCC GCA ACA GTT TGT GGA CCT AAA TTG TCT ACA CAA CTA GTT AAG AAC CAG TGT GTT AAT TTT AAC TTC AAT GGA CTC AAG GGC ACT GGT GTT TTG ACT GAC TCA TCA AAG AGG TTT CAG TCT TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAC ACT TCT GAC TTT ACG GAT TCA GTG CGT GAC CCA CAA ACA CTA GAA ATA CTT GAC ATT ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATA ACA CCT GGA ACA AAT GCT TCA TCT GAA GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAT TGC ACT GAT GTC CCA ACG GCC ATA CGT GCT GAT CAA TTA ACA CCA GCT TGG CGC GTT TAC TCC ACT GGA ATA AAT G------TT TTT CAA ACA CAA GCG GGC TGT CTT ATT GGG GCT GAA CAT GTC AAT GCT TCT TAC GAG TGT GAC ATC CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCC TCT ACT T-- --- --- --- -TA CGT AGT GTA GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAC ACT ATG TCT TTG GGT GCA GAA AAT TCT ATT GCT TAC GCT AAT AAC TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATT AGT GTC ACG ACT GAA GTG ATG CCA GTT TCA ATG TCT AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAC TCT CAG GAG TGC AGT AAT TTA CTT CTT CAA TAC GGA AGT TTC TGC ACG CAA TTA AAT CGT GCT CTT ACG GGC ATT GCC ATA GAA CAG GAT AAA AAT ACA CAG GAG GTT TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAG GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCC GAT CCT TCA AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAC CTA CTC TTC AAC AAG GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAT CTC ATT TGT GCG CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACA GTG TTG CCA CCT CTA CTC ACA GAT GAC ATG ATT GCT GCA TAC ACT GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGT TGG ACG TTC GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAG ATG GCA TAT AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAA CAG ATC GCC AAT CAA TTC AAC AAG GCG ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAC GCT CAA GCA TTG AAT ACA CTT GTT AAA CAG CTT AGC TCT AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAC ATT CTT TCA CGA CTA GAC AAG GTC GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGA TTG CAA AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAT TTC TGT GGA AGA GGC TAT CAT CTT ATG TCC TTT CCT CAG GCC GCT CCG CAT GGT GTT GTT TTC TTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCG CAG GAG AAA AAC TTC ACC ACA GCT CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCG CGT GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTC ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAT TCA CCA CAA ATA ATC ACA ACA GAT AAT ACA TTT GTT GCC GGA AAT TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTC TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTT AAA AAT CAC ACA TCA CCC GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCG CTC ATT GAC CTT CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCA TGG TAC GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTG ATT GCT ATC GTC ATG GCC ACT ATA CTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCT GTG CTC AAG GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
MK211375_CoV_BtRs_BetaCoV_YN2018A TTG CTT TTC TAG TTA CGC TAG TTG AAG CAC AGG AAG G---AT GCG GCA TTA TCA GTA GAA AAC C-- GCA GCC AAA AAT GGC --A CAA GTC TCC TCT TCC CGT CGA GGT GTA TAC TAT AAT GAT GAC ATT TTT CGT TCT GAT GTA TTA CAC CTC ACT CAG GAT TAC TTC CTG CCC TTT GAT TCA AAT TTA ACA CAG TAC TTT TCT CTT AAT G-- -TT GAT TCA GAT AGG TAC ACC TAT TTT GAC AAT CCC ATT TTA GAC TTC GGT GAC GGC GTT TAT TTC GCC GCT ACT GAA AAG TCT AAT GTA ATC AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCC ACT TTT GAT AAC ACC ACT CAG TCA GCT GTC ATA GTT AAC AAT TCC ACA CAC ATT ATC ATA CGT GTG TGC AAT TTT AAC TTA TGT AAA GAA CCC ATG TAC ACA GTG TCT CGT GGC --- --- --- --- AC- --- -A- CAA CAA TCA TCG TGG GTC TAT CAG AGT GCT TTT AAT TGC ACA TAT GAT AGA GTA GAG AGA AGT TTT CAG CTC GAT ACT GCT C---CT AAA ACT GGA AAT TTT AAA GAC CTA CGC GAG TAT GTC TTT AAG AAT CGT GAT GGT TTT CTT AGT GTT TAC CAA ACT TAT ACG GCT GTT AAT TTA CCT AGA GG------------A TTA CCT ATT GGG TTT TCA GTT TTG AGG CCA ATC CTC AAA CTG CCC TTT GGA ATT AAC ATT ACA TCT TAT AGA GTT GTT ATG GCT ATG TTT AGC CAA ACT ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTC TTA CCA GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTT GGT AAT CTA AAG TAT ACC ACC TTT ATG CTT AGG TTT AAT GAA AAT GGG ACT ATC ACT GAT GCT ATT GAT TGC GCC CAA AAT CCA CTT GCT GAA TTA AAA TGC ACC ATT AAA AAT TTT AAT GTC AGT AAA GGA ATC TAC CAA ACA TCT AAC TTC AGA GTT TCA CCA ACT CAA GAA GTT GTT AGG TTC CCT AAC ATT ACA AAC CGC TGT CCT TTC GAC AAA GTT TTT AAT GCT AGT CGC TTT CCC AAT GTT TAT GCT TGG GAA AGA ACA AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAT TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCA--- ACT TCA TTT TCA ACT TTT AAA TGT TAT GGA GTT TCT CCC TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGT TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCA GAA GTA AGG CAA GTC GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAC AAT TAC AAG CTG CCT GAT GAT TTT ACT GGC TGT GTA ATA GCC TGG AAT ACT GCT AAG CAG GAT ACT GG- --- --- --- --- --T CAT TAT TAT TAT AGA TCT CAC CGT AAG ACT AAG CTC AAG CCT TTT GAG AGA GAT CTA TCG TCT GAT GAT GGT AAT GGT GTA TAT ACA CTT AGT AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --T TAT GAC TTC AAC CCT AAC GTA CCA GTA GCA TAT CAG GCC ACT AGA GTT GTT GTT CTT TCT TTT GAA CTT CTT AAC GCA CCC GCA ACA GTT TGC GGA CCT AAA TTG TCT ACA CAA CTA GTT AAG AAC CAG TGT GTT AAT TTT AAC TTC AAT GGA CTT AAG GGC ACT GGT GTT TTG ACT GAC TCA TCA AAG AGG TTT CAG TCT TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAT ACT TCT GAC TTT ACG GAT TCA GTG CGC GAC CCA CAA ACA CTA GAG ATA CTT GAC ATT ACA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATA ACG CCT GGA ACA AAT GCT TCA TCC GAA GTA GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAT TGC ACT GAT GTC CCA ACT GCC ATA CGT GCA GAC CAA TTA ACA CCA GCT TGG CGC GTT TAC TCT ACT GGA GTA AAT G------TG TTT CAA ACA CAA GCT GGC TGT CTT ATT GGA GCT GAA CAT GTT AAC GCT TCG TAT GAG TGT GAC ATT CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCT TCT ACT C-- --- --- --- -TA CGT AGT GTG GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAC ACT ATG TCT TTG GGT GCA GAA AAT TCT ATT GCT TAT GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACA ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT CAG GAG TGC AGT AAC TTA CTT CTC CAG TAT GGA AGT TTC TGC ACG CAA TTA AAT CGT GCT CTC ACG GGC GTT GCC TTA GAA CAG GAC AAA AAT ACA CAG GAG GTT TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAG GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAC CCT TCA AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAC TTA CTC TTC AAC AAG GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AAT GCT AGA GAC CTC ATC TGT GCA CAA AAG TTC AAT GGC CTT ACT GTC CTT CCA CCT TTA CTC ACA GAT GAC ATG ATT GCT GCA TAC ACT GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGT TGG ACG TTT GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAG ATG GCA TAT AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAA CAG ATT GCC AAC CAA TTC AAC AAG GCA ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACG ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTC GTC AAT CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAT ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAT ATC CTT TCA CGC CTA GAT AAA GTC GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGA TTG CAG AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGA AGA GGC TAT CAT CTT ATG TCT TTT CCT CAG GCT GCT CCG CAT GGT GTT GTT TTC TTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCG CAG GAG AAA AAC TTC ACC ACA GCT CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCG CGT GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TTT TGG TTC ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAC TCA CCA CAA ATA ATC ACA ACA GAT AAT ACA TTT GTT GCT GGA AAT TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTC TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTC GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTA AAC GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCG CTC ATT GAC CTC CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCC TGG TAC GTT TGG CTC GGC TTT ATT GCT GGA CTG ATT GCT ATC GTT ATG GCC ACT ATA CTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
DQ071615_Bat_SARS_CoV_Rp3 TTG CTT TCC TAG CTA GTC TAG CTA AAG CAC AAG AAG G---AT GTG GCA TTA TCA GTC GAA AAC C-- TCA GCC AAA AAT GGC --A CAA GTC TCT TCT TCT CGT AGA GGT GTG TAC TAT AAT GAT GAC ATT TTT CGT TCT AAT GTA CTA CAC CTG ACG CAG GAT TAT TTC CTG CCA TTT GAT TCA AAT TTA ACA CAG TAC TTT TCT CTT AAT G-- -TT GAT TCA GAT AGG TTT ACC TAC TTT GAC AAT CCT ATT TTA GAC TTT GGT GAC GGC GTC TAC TTC GCT GCT ACT GAA AAG TCT AAT GTA ATT AGG GGC TGG ATT TTT GGT TCC ACT TTC GAT AAC ACA ACC CAG TCA GCT GTT ATA GTT AAT AAT TCC ACA CAC ATT ATT ATA CGT GTG TGC AAC TTC AAC TTA TGT AAA GAA CCT ATG TAT ACA GTG TCT CGT GGT --- --- --- --- GC- --- -A- CAA CAA TCA TCT TGG GTT TAT CAG AGT GCA TTC AAT TGC ACA TAT GAT AGA GTG GAA AAA AGC TTT CAG CTC GAC ACT GCT C---CT AAA ACT GGA AAT TTT AAA GAC CTA CGT GAG TAT GTC TTT AAG AAT CGG GAT GGC TTT CTC AGT GTT TAC CAA ACT TAT ACA GCT GTT AAT TTA CCT AGA GG------------A TTA CCT ATT GGC TTT TCA GTT TTG AGG CCA ATT CTC AAA CTG CCC TTT GGA ATT AAC ATT ACA TCT TAT AGA GTT GTT ATG GCT ATG TTT AGC CAA ACT ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTC CTA CCA GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTT GGT AAT TTA AAA TAC ACC ACT TTC ATG CTT AGT TTT AAT GAA AAT GGG ACT ATT ACC AAT GCT ATT GAT TGT GCT CAA AAC CCA CTT GCT GAA CTA AAA TGC ACC ATT AAA AAT TTC AAT GTC AGC AAG GGA ATC TAC CAA ACA TCT AAC TTC AGA GTT TCG CCA ACT CAG GAA GTT ATT AGA TTC CCA AAC ATT ACA AAT CGT TGT CCT TTT GAC AAA GTT TTT AAT GCT ACA CGC TTT CCT AAT GTG TAT GCG TGG GAG AGA ACT AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAC TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCA--- ACT TCT TTC TCA ACT TTT AAG TGC TAT GGA GTT TCT CCT TCT AAG TTG ATT GAT TTA TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAC ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCA GAA GTA AGA CAA GTT GCA CCG GGT GAA ACT GGT GTC ATT GCT GAC TAT AAT TAC AAG CTG CCT GAT GAT TTT ACT GGT TGC GTA ATA GCC TGG AAT ACT GCA AAG CAG GAT CAA GG- --- --- --- --- --T CAG TAT TAC TAC AGG TCT CAC CGG AAG ACT AAA CTT AAA CCT TTT GAG AGA GAC CTT TCT TCT GAT GA- --A AAT GGT GTA CGT ACT CTT AGT AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --T TAC GAC TTC TAC CCT AGT GTG CCG GTT GCT TAT CAG GCT ACT AGG GTG GTT GTA CTG TCA TTT GAA CTA CTA AAC GCA CCT GCA ACA GTT TGT GGA CCT AAA TTA TCC ACA CAA CTT GTT AAG AAC CAG TGT GTC AAT TTT AAT TTT AAT GGA CTC AAA GGT ACT GGT GTT TTG ACT GAA TCA TCA AAG AGA TTT CAG TCA TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAC ACG TCT GAT TTT ACT GAC TCC GTG CGT GAC CCA CAA ACA TTA GAA ATA CTT GAC ATT TCA CCA TGC TCT TTT GGT GGT GTT AGT GTA ATT ACA CCA GGA ACA AAT GCT TCT TCT GAA GTG GCT GTT CTT TAT CAA GAT GTT AAC TGT ACT GAC GTG CCA GCA GCA ATT CAT GCA GAT CAA CTA ACA CCA GCT TGG CGT GTT TAT TCA ACT GGA ACA AAT G------TT TTC CAA ACA CAG GCT GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAA CAT GTT AAT GCT TCG TAT GAG TGT GAC ATC CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCT TCT ACT T-- --- --- --- -TA CGT AGT GTA GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAC ACT ATG TCT TTG GGT GCA GAA AAT TCT ATT GCT TAT GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACT ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAA ACA TCT GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGC GGT GAT TCT TTG GAG TGC AGC AAC CTA CTC TTG CAG TAT GGA AGT TTC TGC ACA CAA CTA AAT CGT GCA CTC TCA GGT ATT GCT ATT GAA CAA GAC AAG AAC ACT CAA GAA GTT TTT GCC CAA GTT AAA CAA ATG TAT AAG ACA CCA GCC ATA AAA GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAG ATA TTG CCT GAC CCT TCA AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATC GAA GAT TTA CTC TTC AAC AAG GTG ACT CTT GCT GAT GCC GGC TTT ATG AAA CAA TAC GGC GAA TGC CTA GGC GAT ATT AGT GCT AGA GAC CTC ATT TGT GCT CAG AAG TTT AAT GGA CTT ACT GTC CTA CCA CCA CTG CTC ACA GAT GAA ATG ATT GCT GCG TAC ACT GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACG TTC GGT GCA GGA TCT GCT CTT CAA ATA CCC TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTT ACC CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAG ATT GCC AAC CAA TTC AAC AAG GCA ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACG ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAT CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAT ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAC ATC CTG TCA CGA CTA GAC AAA GTC GAG GCA GAG GTA CAA ATT GAC AGG TTG ATC ACA GGC AGA TTA CAA AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATA AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGG AAG GGC TAT CAT TTG ATG TCC TTC CCT CAA GCT GCT CCA CAT GGT GTC GTC TTC CTA CAT GTT ACT TAT GTT CCA TCG CAG GAA AGA AAC TTC ACT ACT GCT CCA GCG ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTT CCT CGT GAA GGT GTC TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATC ACA CAG AGG AAC TTC TAT TCA CCA CAG ATA ATT ACA ACA GAC AAT ACA TTT GTC GCT GGA AGT TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATC AAC AAT ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAG GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTT AAA AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTC GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAC ATT CAG AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAC CTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTC CAA GAA CTT GGA AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAG TGG CCT TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTT ATT GCT GGC CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGC GCA TGC TCT TGC GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCT GTG CTC AAA GGA GTA AAA TTA CAC TAC ACA TAA
KP886808_Bat_SARS_like_CoV_YNLF_31C TTG CTT TCC TAG TTA CTC TAG TTA AAG CAC AAG AAG G---TT GTG GTG TAA TTA ACC TCA GGA C-- ACA ACC TAA ATT ATC --A CAA GTC TCC TCT TCT CGT AGA GGT GTT TAT TAT AAT GAT GAC ATA TTT CGT TCT GAT GTT TTA CAT CTC ACA CAG GAT TAT TTT TTA CCA TTC CAT TCT AAC CTA ACA CAG TAC TTT TCT CTC AGT A-- -TT CAG TCA GAT AAA ATT GTT TAT TTT GAC AAT CCC ATA TTG AAA TTT GGG GAT GGT ATT TAT TTC GCA GCC ACT GAA AAG TCT AAT GTA ATA AGA GGC TGG GTG TTT GGT TCC ACC TTT GAT AAC ACC ACT CAG TCT GCT ATT ATA GTT AAT AAT TCC ACA CAC ATT ATT ATA CGT GTG TGT TAT TTT AAT CTT TGT AAA GAT CCC ATG TAT ACC GTG TCT GCT GGC --- --- --- --- AC- --- -C- CAA ATA TCT TCA TGG GTT TAT CAG AAT GCT TTT AAT TGC ACA TAT GAT AGA GTG GAA AAA AGC TTC CAA TTA GAC ACA GCC C---CT AAG AGT GGT AAT TTT ATT GCC TTA CGT GAG TTT GTC TTT AAA AAT CGT GAT GGG TTT TTC ACT GTT TAT CAG GAT TAT ACA CCT GTT AAC CTC CTT CGA GG------------T TTG CCA GCA GGC CTT TCA GTT CTA AAA CCC ATT CTT AAA TTG CCA TTT GGA ATT AAT ATT ACT TCT TTT AGA GTG GTT ATG GCC ATG TTC AGT AAA ACC ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TAT GTG CCA GAA AGT GCT GCC TAT TAT GTA GGT AAC CTT AAG CAG TCC ACC TTT ATG CTT AGT TTT AAT CAG AAT GGA ACT ATT ACA GAT GCT GTG GAT TGT TCT CAA AAT CCA CTT GCA GAG TTA AAG TGT ACT ACA AAG AGT TTT AAT GTC TCT AAA GGC ATT TAT CAA ACT TCC AAT TTC AGA GTA GCA CCT GTT ACT GAG GTT GTT AGA TTT CCA AAT ATT ACA AAC CTC TGT CCT TTT GAC AAG GTT TTT AAT GCT ACA CGC TTT CCT AGT GTG TAT GCA TGG GAA AGA ACA AAG ATT TCT GAC TGT GTT GCA GAT TAC ACT GTT TTC TAC AAT TCA--- ACT TCT TTT TCG ACT TTC AAT TGT TAC GGA GTG TCT CCT TCC AAA TTG ATA GAT TTG TGT TTT ACA AGT GTG TAT GCA GAT ACA TTT TTG ATA AGA TTT TCT GAA GTC AGA CAA GTA GCA CCT GGT CAG ACT GGT GTT ATT GCA GAC TAC AAT TAT AAA TTG CCT GAC GAT TTT ACA GGC TGT GTT ATA GCT TGG AAC ACA GCC AAG TAT GAT GTC GG- --- --- --- --- --T AGT TAT TTT TAT AGG TCT CAT CGT TCG AGT AAA TTA AAA CCG TTT GAG AGA GAC CTG TCA TCA GAA GA- --A AAT GGT GCC CGT ACA CTT AGT AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --T TAT GAT TTT AAC CAA AAT GTA CCC CTT GAA TAT CAA GCC ACT AGA GTT GTT GTT CTC TCA TTT GAA CTC CTT AAT GCA CCT GCT ACA GTG TGC GGA CCA AAA TTA TCC ACT TCA CTA GTC AAG AAC CAG TGC GTT AAC TTC AAC TTT AAT GGA TTT AAA GGT ACT GGT GTT TTG ACT GAC TCG TCT AAA ACG TTT CAG TCA TTT CAA CAA TTT GGT CGG GAT GCA TCT GAT TTT ACT GAC TCA GTG CGT GAC CCG AAA ACT TTA CAG ATA CTT GAC ATT TCA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTA AGT GTC ATA ACA CCT GGA ACT AAC ACT TCA TCC GCA GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAC TGC ACT GAT GTT CCC AAA ACA ATA CAT GCA GAT CAA TTA GCA CCC TCT TGG CGT GTT TAC ACC AGT GGA CCC TTT G------TT TTT CAA ACA CAA GCA GGG TGC CTT ATA GGA GCT GAA CAT GTC AAC TCA TCC TAT GAG TGT GAC ATT CCA ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAT CAT ACA GCT TCA GTT T-- --- --- --- -TA CGA AGT ACA GGT CAA AAA TCT ATT GTG GCC TAT ACT ATG TCA TTA GGT GCT GAA AAT TCT GTG GCA TAT GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACT AAT TTT TCT ATT AGT GTC ACT ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACA TCT GTC GAT TGT ACT ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT GCA GAG TGC AGC AAC TTA CTG CTT CAG TAT GGT AGT TTC TGT ACT CAA CTC AAT CGT GCC CTT TCT GGC ATT GCT GTA GAA CAG GAC AAA AAC ACC CAA GAG GTG TTC GCC CAG GTT AAA CAG ATG TAT AAA ACA CCA ACC CTA AGA GAT TTT GGT GGA TTT AAT TTC TCT CAG ATA TTA CCA GAC CCT TTG AAA CCC ACT AAG CGT TCT TTT ATA GAG GAC TTG CTC TAT AAT AAA GTT ACA CTC GCG GAT GCA GGT TTC ATG AAA CAG TAC GCA GAC TGT TTG GGT GGT ATT AAC GCT AGA GAT CTC ATC TGT GCT CAA AAG TTT AAT GGA CTT ACA GTC CTA CCA CCT TTG CTC ACT GAT GAT ATG ATT GCT GCC TAT ACT GCA GCG CTC ATT AGT GGC ACC GCT ACC GCA GGC TGG ACT TTT GGT GCG GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTT ACC CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAA ATT GCC AAT CAG TTC AAT AAG GCT ATT ACT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACC ACA TCA ACA GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAT ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCT ATT TCA AGT GTT TTA AAT GAC ATC CTC TCA CGA CTT GAC AAA GTT GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATT ACA GGC AGA TTA CAA AGT CTG CAA ACC TAT GTG ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCC AAC CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAT TTC TGT GGA AAG GGC TAC CAC TTG ATG TCC TTC CCT CAA GCC GCT CCT CAT GGT GTT GTC TTC CTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCT CAG GAG AAA AAT TTC ACC ACG GCC CCA GCG ATT TGC CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCT CGC GAA GGT GTT TTT GTG TTT AAT GGC ACT TCT TGG TTC ATT ACA CAG AGG AAC TTC TAT TCA CCA CAA ACA ATT ACA ACA GAT AAT ACA TTT GTT GCT GGA AAT TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTT TAC GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAT AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATC TCG GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCC AAA AAT CTA AAT GAT TCG CTC ATT GAC CTT CAA GAA CTT GGC AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCT TGG TAT GTC TGG CTT GGC TTT ATA GCA GGG TTA GTA GGA TTA TTT ATG GCC ATC ATT CTT CTT TGT TAT TTT ACT AGC TGC TGC AGC TGC TGT AAA GGC ATG TGT TCC TGT GGT TCT TGC TGC AGA TTT GAT GAA GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAT ACA TAA
KJ473815_BtRs_BetaCoV_GX2013 TTG CTT TCT TGG CTA GTT TAG CTA AAG CAC AGG AAG G---AT GCG GCA TTA TCA GCA GAA AAC C-- ACA ACC TAA AAT GGC --A CAA GTA TCT TCT TCT CGT AGG GGT GTG TAC TAT AAC GAT GAT ATT TTT CGT TCT GAT GTA TTA CAC CTC ACA CAG GAT TAC TTC CTG CCA TTT GAC TCA AAT TTA ACA CAG TAC TTT TCT CTT AAT G-- -TT GAT TCA GAT AGG TAC ACC TAT TTT GAC AAC CCT ATA CTG GAC TTT GGT GAT GGC GTT TAT TTT GCG GCA ACT GAA AAG TCT AAT GTT ATA AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCG TCT TTT GAC AAC ACA ACC CAG TCA GCT GTT ATA GTT AAT AAT TCA ACA CAC ATT ATT ATA CGT GTG TGT AAT TTT AAC TTG TGT AAA GAA CCC ATG TAC ACT GTT AGT AGA GGT --- --- --- --- AC- --- -A- CAA CAG AAT TCT TGG GTT TAT CAA AGT GCA TTT AAT TGC ACC TAT GAC AGA GTG GAG AAG AGC TTT CAG CTT GAC ACA GCT C---CT AAA ACT GGA AAT TTT AAG GAC CTA CGT GAG TAC GTC TTT AAG AAT AGG GAT GGT TTC CTT AGT GTT TAT CAA ACC TAT ACT GCT GTT AAT TTA CCT AGA GG------------C TTG CCT CAA GGT TTT TCA GTT TTG AGA CCA ATT CTC AAA CTG CCC TTT GGA ATT AAC ATT ACT TCT TAT AGA GTA GTT ATG GCT ATG TTT AGC CAA TCT ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTT CTA CCA GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTT GGT AAC CTT AAG TAT TCT ACC TTC ATG CTT AGT TTT AAT GAA AAT GGG ACC ATC ACC GAT GCT ATA GAT TGT TCC CAA AAC CCT CTT GCT GAA TTA AAA TGC ACC ATA AAA AAT TTT AAT GTT AAT AAA GGA ATC TAC CAA ACA TCT AAT TTT AGA GTT TCA CCC ACT CAG GAG GTT GTT AGA TTC CCT AAC ATT ACA AAT CGC TGT CCT TTT GAC AAG GTT TTT AAT GCT ACT CGC TTT CCT AAT GTT TAT GCT TGG GAA AGA ACA AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAC TAT ACT GTC CTC TAC AAT TCA--- ACT TCT TTC TCA ACT TTT AAG TGT TAT GGA GTG TCT CCC TCT AAG TTG ATT GAT TTA TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCC GAT ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCT GAA GTA AGG CAA GTT GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAC AAT TAC AAA CTG CCT GAT GAC TTC ACT GGC TGT GTA ATC GCT TGG AAT ACT GCT AAG CAG GAC ACT GG- --- --- --- --- --C AAT TAT TAT TAC AGA TCG CAT CGC AAG ACT AAA TTA AAG CCT TTT GAG AGA GAT CTG TCT TCC GAT GAT GGT AAT GGT GTA TAC ACA CTT TCA AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --T TAT GAC TTC AAC CCT AAT GTT CCA GTG GCA TAT CAG GCT ACT AGG GTT GTT GTA CTT TCT TTT GAA CTT CTT AAT GCA CCT GCT ACA GTT TGT GGA CCT AAA TTA TCC ACA CAA CTA GTT AAG AAC CAG TGT GTT AAT TTC AAC TTC AAT GGA CTT AAA GGT ACT GGT GTT TTG ACT CCT TCT TTA AAA AGA TTC CAG TCA TTT CAA CAA TTT GGC CGT GAC ACG TCT GAC TTC ACA GAT TCT GTA CGC GAC CCA CAG ACC TTA GAA ATA CTT GAC ATT TCA CCT TGC TCT TTT GGT GGT GTT AGT GTT ATC ACA CCT GGA ACA AAC GCC TCA TCA GAG GTA GCT GTT CTC TAT CAA GAT GTG AAT TGC ACC GAT GTT CCC ACG GCC ATT CGT GCA GAT CAG TTA ACA CCA GCT TGG CGC GTT TAT TCC ACT GGA TTA AAT G------TG TTT CAG ACG CAA GCC GGC TGT CTT ATT GGA GCT GAG CAT GTC AAT GCC TCT TAT GAG TGT GAC ATT CCT ATT GGT GCA GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAT ACA GCT TCT GTT C-- --- --- --- -TA CGT AGT ACA GGC CAA AAG TCA ATT GTT GCC TAT ACT ATG TCA TTG GGT GCT GAA AAT TCC ATT GCA TAT GCT AAC AAC TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACT ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAA ACA TCT GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGC GGT GAT TCC TTG GAG TGC AGC AAC CTA CTC TTG CAG TAT GGA AGT TTC TGC ACA CAA CTA AAT CGT GCC CTT ACT GGC ATT GCT ATT GAA CAA GAC AAG AAC ACT CAA GAA GTT TTT GCC CAA GTT AAA CAA ATG TAT AAG ACA CCA GCC ATA AAG GAT TTT GGT GGT TTC AAT TTC TCA CAA ATA TTG CCT GAT CCT TCA AAG CCA ACG AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAC TTG CTT TTC AAT AAA GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAA CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGC GAT ATT AGT GCT AGA GAC CTC ATT TGT GCT CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACT GTC CTA CCA CCA TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATT GCT GCG TAC ACT GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACA TTC GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAA CAG ATC GCC AAT CAA TTT AAT AAA GCG ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAT GCC CAA GCA TTA AAC ACA CTT GTA AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCT ATC TCA AGT GTA TTA AAT GAC ATT CTA TCC AGA CTT GAC AAA GTC GAA GCA GAA GTA CAA ATT GAT AGG TTG ATT ACA GGC AGA TTA CAA AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACT CAA CAA CTA ATC AGG GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAC CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAG TCA AAA AGA GTC GAC TTC TGT GGA AAA GGC TAT CAT CTA ATG TCT TTC CCT CAA GCC GCC CCG CAT GGT GTT GTA TTC CTA CAT GTC ACT TAT GTG CCA TCA CAG GAA AGA AAT TTT ACT ACA GCT CCA GCT ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCC TAT TTC CCT CGT GAA GGT GTC TTT GTG TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATT ACG CAG AGG AAT TTT TAC TCT CCA CAA TTA ATT ACA ACA GAT AAC ACT TTT GTT TCT GGT AAT TGT GAT GTC GTA ATC GGC ATC ATT AAT AAC ACT GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA GAC GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAC CTA AAT GAA TCG CTC ATT GAC CTC CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCC TGG TAC GTT TGG CTT GGC TTC ATT GCT GGA CTA ATT GCT ATC GTC ATG GCC ACT ATA CTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCC GAG CCA GTG CTT AAA GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
KF569996_Rhinolophus_affinis_CoV_LYRa11 TTA GTC TTT TCT GTG TGT CTG GTG ATT CTA TTG ACA C---CT GTG AAA CTT TTG ATG ATG TCT C-- TCC CCC ACA ACA AAA --T TTA GTT TCA TCG TCT AAA CGT GGT GTT TAT TAC CCT GAT GAT ATA TAC CGT TCA GAT GTT CAC CAC TTG GTA CAA GAT CTT TTT CTT CCA TTC AAC TCT AAC GTT GTT GGA CTC ATG TCC TTC AAC T-- -AT AGA TTT GAT AAT --- --- --- --- --- --- CCC ATT ATT CCT TTC AAA GAT GGT GTC TAT TTC GCA GCC ACT GAA AAG TCT AAT GTA GTG AGA GGT TGG GTC TTT GGT TCT ACA ATG AAC AAC AAA TCC CAG TCC GTT ATA ATT ATG AAC AAC TCC ACC AAT GTT GTT ATA AGA GCA TGT AAT TTT CAA TTA TGT GAC AAC CCA TTT TTT GCT GTC ATT AGA CCC --- --- --- --- ACT TCG CAG CAG ATA GAA ACG ATA TTA TTT GAA AAT GCC TTC AAT TGC ACT TTC GAG TAT GTG TCG GAT TCT TTT CTT ATG GAT GTT GGT G---AA AAA CCT GGC AAT TTT AAG CAC TTG CGT GAA TTT ATA TTT AAG AAT AAG GAT GGT TTT CTC AAC ATC TAT TCT GGT TTT CAG AAT ATA GAT GTA GCA AAT GG------------C TTA CCT AGT GGA TTT AGT CTT TTG AAG CCT TTA TTA AAA TTA CCT TTA GGC CTC AAT ATT ACT AAT TTC AGA GTA CTT CTT ACT GCT TTT ATA CCT AAC ATA GG- --- --- --- --- --- --A ACA TGG GGA ACT TCA CCT GTA GCA TAT TTT GTA GGT TAT CTT AAA CCT ACT ACT TTT ATG CTT AAG TAT GAT TAT AAT GGC ACA ATT GTT GAT GCT GTC GAT TGC TCT CAA CAT CCA CTA GCT GAA CTC AAG TGC TCG GTT AAA AGT TTT GAA ATC GAC AAA GGT ATT TAT CAA ACC TCC AAC TTT AGA GTT TCA CCC TCA AAA GAA GTT GTG AGG TTC CCT AAT ATT ACA AAT CTA TGT CCT TTT GGA GAG GTT TTT AAT GCT ACT ACA TTC CCA TCC GTC TAT GCA TGG GAA AGG AAG AGA ATT TCC AAT TGT GTT GCT GAT TAC TCT GTG CTC TAC AAC TCA--- ACA TCT TTC TCA ACT TTC AAG TGT TAT GGC GTT TCT GCC ATT AAG TTG AAT GAC CTT TGC TTC TCC AAT GTT TAC GCA GAT TCT TTT GTA GTC AAG GGA GAT GAT GTA CGA CAA ATA GCA CCA GGG CAA ACT GGT GTT ATT GCT GAT TAT AAT TAT AAA TTG CCT GAT GAT TTC ATG GGT TGT GTC CTT GCT TGG AAC ACC AGG AAT ATT GAT GCT ACT TCA AGT GGT AAT TTT AAT TAT AAA TAT AGA TCT CTC AGA CAT GGT AAG CTT AGA CCA TTT GAG AGA GAC ATT TCT AAT GTG CCT TTT TCC CCT GAT GGT AAA CCT TGC ACC CCA CCT GC- --T TTC AAT TGT TAT TGG CCA TTA AAT GAT TAC GGT TTT TAT ACC ACT AAT GGC ATA GGT TAC CAA CCT TAT AGA GTT GTA GTC TTG TCT TTT GAA CTT CTA AAC GCA CCT GCT ACA GTC TGT GGA CCA AAA TTG TCC ACT GAC CTT ATT ACA AAC CAG TGT GTC AAT TTT AAT TTT AAT GGA CTC ACT GGT ACT GGT GTT TTA ACT CCT TCT TTA AAG AGA TTT CAA CCA TTT CAG CAA TTT GGT CGT GAT TTT TCA GAT TTT ACT GAT TCA GTT CGA GAT CCG AAG ACA CTT GAA GTA TTG GAC ATC TCA CCC TGT TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATT ACA CCT GGA ACC AAT ATT TCA TCT GAA GTG GCT GTT CTC TAT CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAC GTG CCT ACA GCT ATT CAT GCA GAC CAA CTC ACC CCT GCT TGG CGT ATT TAC TCT GCA GGA GTA AAT G------TG TTT CAA ACC CAA GCT GGC TGT CTA ATA GGA GCT GAA CAT GTT AAC GCC TCT TAT GAG TGT GAC ATC CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAT ACA GCT TCT CTC T-- --- --- --- -TA CGT AAT ACA GAC CAG AAA TCA ATT GTG GCC TAT ACT ATG TCA CTT GGT GCA GAA AAT TCA ATT GCT TAT GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCT ATA AGC ATC ACC ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAG ACA TCC GTG GAT TGT ACA ATG TAC ATT TGC GGT GAC TCT CAG GAG TGC AGT AAC CTA CTA CTT CAG TAT GGT AGC TTT TGC ACA CAA TTA AAT CGT GCA CTT TCA GGC ATT GCT GTT GAA CAA GAC AAA AAC ACT CAA GAG GTT TTT GCC CAA GTT AAA CAA ATT TAT AAG ACA CCA GCT ATA AAA GAT TTT GGT GGC TTT AAC TTC TCA CAA ATA TTG CCT GAC CCT TCT AAG CCA ACA AAA AGA TCA TTT ATT GAG GAT TTA CTC TTC AAT AAA GTG ACT CTT GCT GAT GCT GGC TTC ATG AAG CAA TAT GGA GAA TGC CTA GGC GAT ATT AGT GCT AGA GAC CTC ATT TGT GCG CAA AAG TTT AAT GGA CTT ACT GTC CTT CCA CCT TTG CTC ACT GAC GAA ATG ATT GCT GCC TAC ACA GCT GCA CTA GTC AGC GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACA TTT GGT GCG GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCC TTT GCT ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTT ACC CAA AAC GTT CTC TAT GAG AAT CAG AAG CAG ATC GCT AAT CAA TTT AAT AAG GCG ATC AGC CAA ATT CAA GAA TCT CTT ACC ACA ACA TCA ACT GCT TTG GGC AAG CTG CAG GAC GTT GTC AAT CAG AAT GCT CAA GCA TTG AAT ACA CTT GTT AAA CAA CTA AGC TCC AAC TTT GGT GCG ATT TCA AGT GTT TTA AAT GAC ATT CTG TCA CGA CTT GAC AAA GTT GAG GCA GAA GTG CAA ATT GAT AGG TTG ATT ACT GGC AGA TTA CAA AGC CTT CAG ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAC CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTT TGT GGA AAA GGA TAC CAT CTC ATG TCT TTC CCT CAA GCA GCC CCG CAT GGT GTC GTC TTC CTA CAT GTT ACA TAT GTG CCA TCT CAG GAG AGG AAC TTC ACC ACT GCA CCT GCC ATT TGT CAT GAA GGC AAG GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTC TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATC ACA CAG AGG AAT TTC TTT TCA CCA CAA TTA ATT ACA ACA GAC AAT ACA TTT GTC TCG GGA AAT TGT GAT GTC GTC ATT GGC ATC ATC AAC AAT ACT GTT TAC GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCG TTT AAA GAA GAG CTG GAT AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCT GAT GTG GAT CTT GGC GAC ATT TCA CGC ATT AAT GCT TCA GTC GTC AAC ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAG TCG CTC ATT GAT CTC CAG GAA CTT GGA AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCT TGG TAC GTT TGG CTT GGC TTT ATT GCT GGA CTG ATT GCT ATC GTT ATG GCC ACT ATT CTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCT TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTC GAT GAA GAC GAC TCT GAG CCT GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
JX993988_Bat_CoV_Cp_Yunnan2011 TTA GTC TGC TTT TTA GTG CTG CTT TAG CCC AGG AAG G---TT GTG GCT TAT TGA GTT TCA AAC C-- ACA ACC TAA GCT GGC --A CAA TTT TCA TCT TCC AAG AGA GGT GTT TAT TAT AAT GAT GAT ATT TTT CGT TCT GAT GTA TTG CAC CTC ACT CAG GAT TAT TTC TTA CCA TTT CAC TCT AAT TTA ACG CAG TAC TTT TCA TTA AAT G-- -TC GAT TCG GAT CGT CAA GTC TAT TTT GAC AAT CCA ACC TTA AAT TTT GGT GAT GGT GTG TAT TTC GCT GCA ACT GAA AAG TCT AAT GTT ATT AGA GGT TGG ATT TTT GGC TCT ACT ATG GAC AAT AGT ACG CAG TCA GCT ATC ATT GTT AAC AAT TCC ACA CAC ATT ATA ATA CGT GTG TGT AAT TTT AAC CTT TGT AAA GAA CCC ATG TTT ACA GTC TCT CGA GGC --- --- --- --- GT- --- -C- CAT TTT AGT TCT TGG GTT TAT CAA AGT GCA TTC AAT TGC ACA TAT GAC AGA GTC GAG AAA AGC TTT CAG CTT GAC ACG GCT C---CT AAA ACT GGA AAT TTT AAG GAC CTA CGT GAG TAT GTC TTT AAA AAT CGT GAT GGT TTT CTT AGT GTC TAC CAT TCT TAT ACT CCT GTT GAT ATT ATT AGA GG------------T ATA CCT GTG GGT TTC TCA GTT TTG AAG CCT ATT CTT AAG CTT CCT ATT GGT ATC AAC ATT ACT TCT TTT AAG GTT GTT ATG ACC ATG TAT AGT CAA ACC ACA TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTT CTT TCC GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTT GGT AAT CTT AAA TAC GTT ACC TTC ATG TTT CAG TTT AAT GAG AAT GGC ACT ATT GCA GAT GCA GTA GAT TGT TCT CAA AAT CCT CTC GCT GAG TTA AAA TGC ACC CTT AAA AAT TTT AAT GTG TCC AAA GGC ATT TAT CAG ACT TCT AAC TTC AGG GTT TCA CCA TCC ACA GAG GTT ATT AGA TTT CCT AAC ATT ACA AAC CGC TGC CCT TTC GAC AGA GTT TTT AAT GCG TCT CGT TTC CCT AGC GTT TAC GCT TGG GAG AGG ACT AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAT TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCA--- ACT TCA TTT TCA ACT TTC AAA TGT TAT GGA GTT TCC CCA TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGT TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC CTG ATA AGA TTT TCA GAA GTT AGG CAA ATA GCG CCT GGT GAA ACT GGC GTT ATT GCA GAC TAT AAT TAT AAG CTG CCT GAT GAG TTT ACA GGT TGC GTA ATT GCT TGG AAT ACG GCT AAC CAA GAC CGG GG- --- --- --- --- --T CAG TAT TAT TAC AGA TCA TCT AGA AAG ACT AAG CTT AAA CCT TTT GAG AGA GAC CTG TCT TCT GAT GA- --A AAT GGT GTA CGT ACT TTA AGT AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --C TAT GAT TTT TAT CCT TCA GTA CCA CTT GAA TAC CAA GCT ACT AGA GTA GTG GTA CTT TCA TTT GAG CTT CTA AAT GCA CCT GCC ACA GTG TGT GGA CCA AAA TTG TCC ACA TCA CTA ATT AAG AAC CAG TGT GTC AAT TTT AAT TTC AAT GGA CTC AAG GGT ACT GGT GTG TTG ACT GAC TCG TCC AAA AAG TTT CAG TCT TTT CAA CAA TTT GGA AGG GAT GCA TCT GAT TTT ACT GAC TCA GTA CGC GAC CCT CAG ACA CTT CAA ATA CTT GAC ATT TCA CCA TGC TCA TTT GGT GGT GTG AGT GTA ATA ACA CCA GGA ACA AAT GCT TCA TCT GAA GTA GCC GTT CTA TAC CAA GAT GTA AAC TGC ACT GAT GTT CCC ACG GCC ATA CGT GCT GAC CAA CTC ACA CCT GCT TGG CGT GTT TAC TCT GCT GGA GTA AAT G------TG TTT CAA ACT CAG GCT GGC TGT TTA ATA GGA GCG GAA CAT GTC AAT GCT TCA TAT GAG TGT GAC ATT CCC ATT GGT GCA GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAT ACA GCT TCC CTT T-- --- --- --- -TA CGT AAT ACA GGC CAG AAA TCA ATT GTG GCC TAT ACT ATG TCA CTT GGT GCT GAA AAC TCA ATT GCT TAT GCT AAT AAC TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACA ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAG ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAC TCC CAG GAG TGC AGC AAC TTA CTA CTT CAG TAT GGT AGC TTT TGC ACA CAA TTA AAT CGT GCC CTT TCA GGC ATT GCT GTT GAA CAG GAC AAA AAC ACT CAA GAG GTT TTT GCC CAA GTT AAA CAA ATG TAT AAG ACA CCA GCC ATA AAA GAT TTT GGT GGC TTT AAT TTC TCA CAA ATA TTG CCT GAC CCT TCT AAG CCA ACA AAA AGA TCA TTT ATT GAG GAT TTA CTC TTC AAC AAA GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAA TAC GGC GAA TGC CTA GGC GAT ATT AGT GCT AGA GAT CTC ATT TGT GCG CAG AAG TTC AAT GGA CTC ACT GTC CTT CCA CCT CTA CTC ACG GAT GAA ATG ATT GCT GCT TAC ACC GCC GCT CTT GTC AGC GGT ACT GCT ACT GCT GGT TGG ACA TTT GGT GCA GGT GCT GCT CTA CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAG AAG CAG ATC GCT AAC CAA TTT AAC AAG GCG ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACT ACT ACT TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTC GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTG AAC ACA CTT GTT AAA CAA CTA AGT TCT AAC TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTT TTA AAT GAC ATT CTG TCT CGA CTT GAC AAA GTT GAG GCT GAA GTG CAA ATT GAT AGG TTG ATT ACT GGC AGA TTA CAA AGC CTT CAG ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCC AAT CTT GCT GCC ACT AAG ATG TCC GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTT TGT GGA AAA GGC TAT CAT CTT ATG TCT TTC CCT CAA GCA GCC CCA CAT GGT GTC GTC TTC TTA CAT GTC ACA TAC GTG CCA TCG CAA GAA AGA AAC TTC ACC ACT GCC CCA GCA ATC TGT CAT CAA GGC AAG GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATC ACA CAG AGG AAT TTC TTT TCA CCA CAA ATA ATT ACA ACA GAC AAT ACA TTT GTC TCT GGA AAT TGT GAT GTC GTT ATA GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTC TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTA GAC TCA TTT AAA GAA GAA CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAC CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATC AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATC CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCG CTC ATT GAC CTT CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCT TGG TAC GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTG ATT GCT ATC GTC ATG GCC ACC ATA CTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGC GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCC GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
MK211374_CoV_BtRl_BetaCoV_SC2018 --- --- TTT TTC TTT CCT CAG CTA CTG CGC AGG AAG G---TT GTG GTG TGA TAT CCA ACA AAC C-- ACA GCG CAC GTT TGA --C CAA TAC TCT TCT ACT CGT AGA GGT GTT TAT TAT AAT GAT GAT ATC TTT AGG TCA GAT GTG CTA CAT CTC ACC CAG GAT TAT TTC TTA CCT TTT AAC AGT AAC GTT ACT AGG TAC TTA TCT CTG AAT G-- -CA GAT CAA AAC CGG CTC GTC TAC TTT GAT AAC CAA GTA GTG CCA TTT TTA GAT GGT ATT TAC TAC GCT GCC ACG GAA CGC TCC AAC GTT ATC CGT GGC TGG ATT TTT GGT TCG ACT TTT GAC AAT AGG TCT CAA TCT GCT ATT ATA GTA AAT AAC TCT ACA CAC ATT CTT GTG AAG GTG TGT AAC TTT ATT ATT TGT AAG GAG CCT ATG TTT ACT GTG TCT CAA AAT --- --- --- --- AG- --- -A- CAC TTT AAG TCT TGG GTT TAT CAG GAT GCT AGG AAT TGC ACG TAT GAT GTA GCA TAT CCT AGC TTT CAG TTG GAT GTC TCT CTCAAT AAC AAT GTT AAT TTC AAA CAT TTG CGA GAG TTC GTC TTT AAA AAC GTT GAT GGC TTC TTG AAG GTT TAT TCT TCT TAT GAA CCG ATC AAC GTT CTC AAT GG------------C ATA CCT AGT GGT TTT TCC GTA CTT AAA CCA GTA ATG AGT TTA CCA TTA GGT ATC AAC ATT ACG GGA GTT CGT GTT GTT ATG ACT ATG TTT AGT AGT ACA CAG CA- --- --- --- --- --- --G AAC TTC CTC ACT GAA AAT GCC GCT TAT TAT ATT GGT TAT CTC AAA CCA AGA ACT TTT ATG TTA CAA TTC AAC ACT AAT GGC ACT ATT GTC AAT GCT GTG GAT TGT TCT CAG GAT CCA CTT TCT GAG TTA AAG TGC ACA CTT AAA AAT TTT AAT GTT ACC AAA GGA ATC TAC CAA ACA TCA AAC TTC AGA GTT TCA CCA ACT CAA GAA GTT GTT AGA TTT CCA AAC ATT ACA AAC CGC TGT CCA TTT GAC AAA GTT TTT AAT GCT TCT AGG TTT CCC TCT GTG TAT GCA TGG GAG AGA ATT AAG ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAT TAC ACC GTC CTC TAC AAC TCA--- ACC TCT TTC TCA ACT TTT AAG TGT TAT GGA GTT TCT CCC TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCA GAT ACA TTC TTG ATA AGG TCT TCA GAA GTA AGA CAA GTA GCG CCA GGT GAA ACA GGT GTC ATT GCT GAC TAT AAT TAT AAG CTG CCA GAT GAT TTT ACT GGC TGT GTA ATA GCC TGG AAT ACT GCT AAG CAG GAT ACT GG- --- --- --- --- --C TCT TAT TAT TAT AGG TCT CAC CGT AAG ACT AAG CTT AAA CCT TTT GAG AGA GAT CTG TCT TCT GAT GAT GGT AAT GGT GTA TAT ACA CTT TCA AC- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --T TAT GAC TTC AAC CCT AAT GTA CCG GTG GCA TAT CAG GCT ACT AGA GTT GTT GTT CTT TCA TTT GAA CTC TTA AAT GCG CCT GCT ACA GTT TGT GGA CCT AAA CTA TCC ACA CAA CTT GTT AAG AAT CAG TGT GTC AAT TTC AAT TTT AAT GGA CTC ACT GGT ACT GGT GTG TTA ACT CCT TCT TCA AAG AGA TTT CAA CCA TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAT GTT TCG GAT TTC ACT GAT TCA GTT CGA GAT CCT AAA ACG TCT GAA ATA TTA GAC ATT TCA CCT TGC TCT TTT GGC GGT GTA AGT GTA ATT ACA CCC GGA ACA AAT ACT TCA TCA GAG GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTG AAC TGC ACC GAT GTC CCC ACG GCC ATT CGT GCA GAT CAA TTA ACA CCA GCG TGG CGC ATT TAC TCC ACT GGA TTA AAT G------TG TTT CAA ACA CAA GCC GGC TGT CTT ATT GGA GCT GAA CAT GTC AAT GCC TCT TAT GAG TGT GAC ATC CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCT TCT ACT C-- --- --- --- -TA CGT AGT ACA GGT CAA AAG TCC ATT GTT GCT TAT ACT ATG TCT TTG GGT GCT GAA AAT TCT ATT GCA TAT GCT AAT AAC TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATT AGT GTC ACT ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG TCT AAA ACA TCA GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGC GGT GAT TCT CAG GAG TGC AGT AAC CTA CTT CTT CAG TAC GGA AGT TTC TGC ACG CAA CTA AAT CGT GCC CTT ACG GGC ATT GCT ATA GAA CAG GAC AAA AAC ACT CAG GAG GTT TTT GCC CAA GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAG GAT TTT GGT GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAT CCT TCT AAG CCA ACG AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAC TTA CTT TTC AAC AAA GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGT GAT ATT AGT GCT AGA GAC CTC ATC TGT GCA CAA AAG TTC AAT GGA CTT ACT GTC CTA CCA CCT TTA CTC ACG GAT GAC ATG ATT GCT GCG TAC ACT GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACC TTC GGT GCT GGT GCT GCT CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAC GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAA CAG ATC GCC AAT CAA TTC AAC AAA GCG ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA CTT AAC ACA CTT GTC AAA CAA CTT AGT TCC AAC TTT GGT GCT ATT TCA AGT GTT TTA AAT GAT ATT CTT TCA CGA CTT GAT AAA GTC GAA GCA GAG GTG CAA ATT GAT AGG TTG ATA ACA GGC AGA TTA CAG AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCA GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGA AGA GGC TAT CAT CTT ATG TCT TTC CCT CAA GCT GCT CCA CAT GGT GTT GTC TTC CTG CAT GTT ACT TAT GTT CCG TCG CAG GAA AGA AAC TTC ACC ACA GCC CCA GCG ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTT CCT CGT GAA GGT GTC TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCG TGG TTT ATC ACA CAG AGG AAT TTT TAC TCA CCA CAA ATA ATC ACA ACA GAT AAT ACA TTT GTT GCT GGA AAC TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAC ACA GTC TAC GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAC ACA TCA CCT GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCG CTC ATT GAC CTT CAA GAA CTT GGT AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCC TGG TAC GTT TGG CTT GGC TTC ATT GCC GGA CTG ATT GCT ATC GTC ATG GCC ACT ATA CTG CTT TGT TGC ATG ACC AGT TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAT GAC TCT GAG CCT GTG CTT AAG GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
KJ473814_BtRs_BetaCoV_HuB2013 TTC TTT TTC TTT CTT CTG CCG CT- --G CAC AAG AAG G---TT GTG GTG TTA TCT CCA ATA AAC C-- ACA GCG CAC GTT TGA --T CAG TAC TCC TCT ACT CGT AGG GGT GTT TAC TAT AAT GAT GAC ATC TTT AGA TCA GAC GTG CTG CAT CTC ACC CAA GAC TAC TTT CTT CCT TTT AAC ACT AAT GTT ACT AGG TAT CTG TCT TTG AAT G-- -CA GCG CAA AAC ACC ATT GTC TAC TTT GAC AAT CAT GTA ATA CCT TTC TAT GAC GGC ATT TAT TTT GCC GCC ACA GAG CGG TCT AAT GTT ATT CGT GGC TGG ATC TTT GGT TCA ACT TTT GAC AAC CGC TCG CAG TCT GCT ATT ATA GTG AAC AAT TCT ACA CAC ATT TTA GTT AAG GTG TGT AAT TTT GTT TTA TGC ACT GAA CCC ATG TTT ACG GTG TCG CGT --- --- --- --- --- --- AAC CAA CAC TAT AAA TCT TGG GTC TAT CAG CAT GCT AGA AAT TGT ACA TAT GAT GTT GCA TAT CCT AGC TTT CAA TTA GAT GTC TCC TTAAAG AAT AAT GTC AAT TTT CGA CAT CTT CGT GAG TTC ATT TTT AAG AAT GTT GAT GGT TTC CTT AAG ATA TAT TCT TCA TAT GAA CCT ATC AAT GTT GTT AGT GG------------C ATA CCT AGT GGT TTT TCA GTG TTA AAG CCA ATT ATG AGC CTC CCA CTA GGT ATT AAC ATT ACT GGC ATG CGC GTT GTT ATG ACA ATG TTT AGC AAC ACC CAG GC- --- --- --- --- --- --C AAC TTT CTC ACT GAA AAT GCT GCA TAT TAT GTA GGC TAT CTT AAG CCT AGA ACA TTT ATG TTA CAA TTT AAT AGC AAT GGC ACA ATT GTT AAT GCT GTT GAT TGT TCT CAG GAT CCT CTT TCT GAG TTA AAG TGC ACA CTT AAA AAT TTT AAT GTT ACT AAA GGA ATC TAC CAA ACG TCT AAC TTC AGA GTT ACA CCA ACG CAG GAG GTT GTT AGA TTC CCA AAT ATT ACA AAC CGC TGC CCA TTT GAC AGG GTT TTT AAT GCT TCC AGG TTT CCC TCT GTG TAT GCA TGG GAA AGA ACA AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAC TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCA--- ACC TCT TTC TCA ACT TTC AAA TGT TAT GGA GTT TCT CCC TCT AAG TTG ATT GAT CTA TGC TTC ACA AGC GTG TAT GCA GAT ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCA GAA GTG AGA CAA GTA GCG CCA GGT GAG ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAC AAT TAT AAG CTG CCT GAT GAT TTC ACA GGT TGT GTG ATT GCT TGG AAC A-- --- --- --- --- -CT GCT AAA CAG GAT ACA GGC TAT TAT TAT TAC AGG TCC CAC CGC AAG ACT AAG CTT AAG CCT TTT GAG AGA GAT TTG TCG TCT G-- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- -AT GA- --T GGT AAT GGT GTA TAC ACT CTT AGT ACT TAT GAC TTC AAT CCT AAT GTA CCT GTT GCT TAC CAA GCT ACC AGG GTT GTT GTA CTT TCA TTT GAA CTT CTT AAT GCA CCT GCC ACA GTT TGT GGA CCT AAA TTA TCC ACA GAA CTT GTT AAA AAC CAG TGT GTA AAC TTC AAC TTC AAT GGA CTT AAG GGC ACT GGT GTT TTG ACT AAG TCT TCT AAA AGA TTT CAG TCA TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAC ACG TCT GAC TTC ACT GAT TCA GTA CGT GAT CCA CAA ACA TTA GAA ATA CTT GAC ATT TCA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTT AGT GTG ATT ACA CCA GGA ACA AAT GCT TCT TCT GAA GTT GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTT AAC TGC ACT GAT GTT CCA ACA GCA ATT CAT GCA GAC CAA CTA ACA CCA GCT TGG CGT GTT TAT TCC ACT GGA GTA AAT G------TG TTT CAA ACT CAA GCT GGC TGT CTC ATA GGA GCT GAA CAT GTT AAC GCT TCA TAT GAG TGT GAC ATC CCA ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAT ACA GCT TCA GTC T-- --- --- --- -TA CGC AGT ACA GGC CAG AAA TCA ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCT TTG GGT GCT GAG AAC TCA ATT GCT TAT GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACT ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG ACT AAA ACA TCC GTG GAT TGT ACG ATG TAC ATC TGC GGT GAT TCA TTG GAG TGC AGT AAT CTA CTC TTG CAG TAT GGA AGC TTC TGC ACA CAA TTA AAT CGT GCC CTT ACA GGC ATA GCA ATA GAA CAG GAC AAA AAC ACA CAA GAG GTC TTT GCC CAA GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAA GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAT CCT TCA AAG CCA ACA AAG AGG TCA TTC ATT GAG GAC CTG CTC TTC AAC AAA GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAA CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGC GAT ATT AGT GCT AGA GAC CTC ATT TGT GCT CAA AAA TTC AAT GGA TTG ACT GTT CTA CCA CCA TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATT GCT GCC TAC ACG GCT GCA CTA GTT AGC GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACA TTT GGT GCA GGT GCT GCC CTT CAA ATC CCC TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACC CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAG ATC GCC AAC CAA TTC AAT AAG GCG ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTC ACA ACA ACA TCA ACA GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTG AAT ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCT ATT TCG AGT GTT CTA AAC GAC ATT CTT TCA CGA CTC GAC AAA GTC GAG GCA GAA GTA CAA ATT GAT AGG TTG ATT ACA GGC AGA TTA CAG AGC CTC CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGG GCC TCT GCT AAC CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGA AAA GGC TAT CAT TTA ATG TCT TTC CCC CAA GCG GCT CCG CAT GGT GTT GTC TTC CTA CAT GTC ACT TAT GTG CCA TCA CAG GAA AGA AAC TTC ACT ACT GCC CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCT CGC GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTC ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAC TCA CCA CAG ATA ATT ACA ACA GAC AAT ACA TTT GTC GCA GGA AAT TGT GAC GTC GTA ATT GGC ATC ATC AAT AAC ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTC GGC GAC ATT TCA GGT ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAC ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTC CAA GAA CTT GGA AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCT TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATC GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AGG GGT GCA TGC TCT TGC GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
DQ412043_Bat_SARS_CoV_Rm1 TTG CTC TGC TCT TCA GTC TAG CTA AAG CAC AGG AAG G---AT GTG GCA TTA TTA GTA GAA AGC C-- ACA GCC AAA GAT GGA --A AAA GTC TCA TCC TCT CGG CGA GGT GTG TAT TAT AAT GAT GAC ATT TTT CGT TCT GAT GTT TTA CAC CTC ACT CAA GAC TAT TTT TTG CCC TTT GAC TCA AAT TTA ACA CAG TAC TTT TCT TTG AAT A-- -TT GAT TCA AAT AAG TAT ACT TAT TTT GAC AAT CCT ATA TTG GAC TTT GGT GAT GGT GTC TAT TTT GCC GCC ACG GAA AAG TCT AAT GTT ATA AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCA TCG TTT GAC AAC ACA ACC CAG TCC GCT ATT ATA GTT AAT AAT TCC ACA CAC ATT ATC ATA CGT GTG TGT AAC TTT AAC TTA TGT AAA GAA CCC ATG TAC ACT GTG TCA AAA --- --- --- --- --- --- GGC ACA CAA CAA TCA TCT TGG GTT TAT CAG AGT GCA TTT AAT TGC ACA TAT GAT AGA GTA GAG AAA AGT TTT CAA CT- --T GAC ACT GCTCCT AAA ACT GGA AAC TTT AAA GAC CTA CGT GAG TAT GTC TTT AAG AAT AAG GGA GGC TTT CTT AGA GTT TAC CAA ACC TAT ACT GCT GTT AAT TTA CCT AGG GG------------C TTT CCA GCA GGT TTT TCA GTT TTG AGA CCA ATT CTC AAA CTC CCT TTT GGA ATT AAC ATT ACT TCT TAT AGA GTG GTT ATG ACT ATG TTT AGC CAA TTC AAC TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTC TTA CCA GAG AGT GCT GCT TAT TAT GTT GGT AAT TTA AAA TAT ACT ACA TTC ATG CTT AGT TTC AAT GAG AAT GGG ACT ATC ACA GAT GCT GTT GAT TGT TCC CAA AAT CCG CTT GCC GAA TTA AAA TGC ACC ATC AAA AAT TTT AAT GTC AGT AAA GGA ATC TAT CAA ACA TCT AAC TTC AGA GTC ACA CCG ACT CAA GAG GTT GTT AGG TTT CCA AAC ATT ACT AAC CGA TGT CCA TTT GAC AAG GTT TTT AAT GCA TCT CGC TTT CCC AAC GTT TAT GCA TGG GAA AGA ACA AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAT TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCG--- ACC TCT TTC TCA ACT TTT AAA TGT TAT GGA GTT TCT CCT TCT AAG TTG ATT GAT CTA TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCA GAT ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCA GAA GTG AGA CAA GTA GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAT TAC AAC TAC AAA TTA CCT GAT GAT TTT ACA GGC TGT GTA ATA GCT TGG AAT A-- --- --- --- --- -CT GCA CAA CAG GAC CAA GGT CAA TAT TAC TAC AGA TCT TAC AGA AAG GAA AAA CTC AAA CCT TTT GAG AGG GAT TTG TCA TCT G-- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- -AT GA- --- --A AAT GGT GTG TAC ACT CTT AGT ACT TAT GAC TTC TAC CCT AGT ATC CCA GTT GAA TAC CAG GCA ACT AGG GTT GTT GTA CTC TCC TTT GAA CTT TTA AAT GCA CCT GCA ACA GTT TGT GGA CCT AAA TTG TCC ACT CAA CTT GTT AAG AAT CAA TGT GTC AAT TTT AAC TTT AAT GGA CTC AGG GGT ACT GGT GTG CTG ACC ACT TCA TCT AAG AGG TTC CAG TCA TTC CAG CAA TTT GGC AGA GAC ACG TCT GAC TTC ACT GAC TCA GTA CGT GAT CCA CAA ACA TTA GAA ATA CTT GAC ATT TCA CCA TGT TCT TTT GGT GGT GTT AGT GTA ATT ACA CCA GGA ACA AAT GCT TCT TCT GAA GTT GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTT AAC TGT ACT GAT GTG CCA ACA TCA ATT CAT GCA GAT CAA CTA ACA CCT GCT TGG CGT GTT TAT TCA ACT GGA GTA AAT G------TG TTT CAA ACA CAA GCT GGC TGT CTT ATT GGA GCT GAA CAT GTC AAT GCT TCA TAT GAG TGT GAC ATT CCT ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCT TCA GTG T-- --- --- --- -TA CGT AGT ACA GGT CAG AAA TCC ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCT TTG GGT GCT GAA AAC TCA ATC GCT TAT GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTC TCA ATA AGC GTC ACA ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATA GCT AAA ACA TCT GTA GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT TTG GAG TGC AGC AAC CTA CTC TTG CAG TAT GGA AGC TTC TGC ACA CAA CTA AAC CGT GCC TTG ACT GGC ATT GCT ATT GAA CAG GAC AAG AAC ACG CAG GAA GTT TTT GCC CAA GTT AAA CAA ATG TAT AAG ACA CCT GCC ATA AAA GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTC TCA CAA ATA TTG CCT GAC CCT TCA AAG CCA ACA AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAT TTA CTC TTC AAC AAA GTG ACT CTT GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAA CAA TAT GGC GAA TGC CTA GGC GAT ATT AGT GCT AGA GAC CTC ATT TGT GCT CAA AAG TTT AAT GGA CTT ACT GTC CTA CCA CCA TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATT GCT GCG TAC ACC GCT GCC CTT GTC AGT GGT ACT GCT ACT GCT GGC TGG ACG TTC GGT GCA GGA TCT GCT CTT CAA ATA CCC TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTT ACC CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAG ATT GCC AAC CAA TTT AAC AAG GCA ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACG ACA ACA TCA ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTT GTC AAT CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAT ACA CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCA ATT TCA AGT GTG CTA AAT GAC ATC CTT TCA CGA CTA GAC AAA GTC GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATT ACA GGC AGA TTA CAA AGC CTC CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA TTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCC AAC CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTC TGT GGA AAA GGC TAT CAC CTG ATG TCT TTC CCC CAA GCT GCT CCA CAT GGT GTG GTC TTC CTA CAT GTC ACT TAT GTG CCA TCG CAG GAA AGA AAC TTC ACT ACT GCC CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTT TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTC ATC ACA CAG AGG AAT TTT TAC TCA CCA CAG ATA ATT ACA ACA GAC AAT ACA TTT GTC GCT GGA AAT TGT GAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAC AAT ACT GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTC GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTC CAA GAA CTT GGA AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAA TGG CCT TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATC GCC GGA CTA ATT GCC ATT GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGC GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAG GGA GTC AAA CTA CAC TAC ACA TAA
KY938558_Bat_CoV_strain_16BO133 CTC ATT AGT TAC ACA ACT TTT CTC ATT CCT TAC ACA G---CT ACA ACA ACA TGT TTC TCA GGG CCT ACA ACA GAG AAT AAG TTG AAC ATA TCC TCA GGT AGT AGG GGT GTT TAT TAC CCT GAT GAC ATT TTT CGT TCC AAT GTT AGT GTG TTG GTG ACA GGA CGT TTC CTT CGC TTT AAC ACC ACT CTT ACG TGG TAC AAT TCA TGG AAC C-- -AG GCT TAT TCT TCA --- --- --- --- --- --- CCT GTC TTG CCT TTT GGG CAT GGT GTT TAC TTT TCA ACC ATT GAC AAA TCT AAT GTT GTC AGA GGT TGG ATT TTT GGA ACC ACG TTA GAT AAC ACC ACT CAA TCC GCA TTG CTT GTG AAC AAT GGT AGT GCT ATT ACA ATA GAA GTC TGT TAC TTC CAA TTT TGT GAC AAC CCT GCC TTT ATA ATT AGT GGC --- --- --- --- --- --- GGT GCA CAA ACA AAC ACT GCT ATC TAT ATC AAC TTA CGT AAT TGT ACA TAT GTG GAC ACA CTA CGT GAC TTA CCA TTA AGT TTT GCG G---AG GTT GAT GGT GGT TTT AAA CAC TTA CGT GAG TTT GTA TTC AAG AAT AGT GAT GGG TTT TTG CAC ATT TAT GGT GCT TAC CAG CCT CAC GAC TTA GAC ATA GGTGCTCCGGCTGCA CTA CCA GCT CAA TTC CTG CCT TTA AAG CCC CTA TGG AAA CTG CCC CTC GGT TTA AAT ATT ACC AAT TAT AAG GTT GTG ACA ACT TTA --- --- AAA CCC ACA AA- --- --- --- --- --- --T CAG GCC TTC CAA --- --- GCT GCT TAT ATA GTG GGT AAC TTA AAA CAT ACA ACT ATG ATG TTG TCT TTT AAT GAA AAT GGC ACT ATG TCC AAT GCT ATT GAT TGC TCT CAG GAC CCA TTG GCT GAG CTA AAG TGC ACA CTC AAG CAG TTT GAT GTA GGT AAA GGT ATT TAC CAA ACG TCA AAC TTC CGA GTT CAA CCT ACT GTT GAT GTT GCG CGC TTT CCA AAT ATT ACT AAC GTG TGT CCT TTT GAC AAG GTT TTT AAT GCT ACA CGC TTT CCT AGT GTC TAT GCG TGG GAA AGA ACA AAG ATT TCT GAT TGT GTT GCA GAT TAC ACT GTT TTC TAC AAC TCA--- ACT TCT TTT TCG ACT TTC AAC TGT TAT GGA GTG TCT CCT TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGT TTT ACA AGT GTG TAT GCA GAT ACA TTT TTG ATA AGA TTT TCC GAA GTC AGA CAA GTA GCA CCT GGT CAG ACT GGT GTT ATT GCA GAC TAC AAT TAT AAA CTA CCT GAC GAC TTT ATA GGT TGT GTT ATA GCT TGG AAC A-- --- --- --- --- -CA GCC AAG CAA GAC GTC GGT AGC TAT TTT TAT AGG TCC CAT CGT TCT AGC AAA TTA AAA CCC TTT GAA AGA GAC CTT TCA TCA G-- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- -AA GA- --- --A AAT GGT GTC CTT ACA CTT AGT ACC TAT GAC TTT AAT CAA AAT GTA CCT CTT GAG TAC CAA GCC ACT AGA GTC GTT GTT CTT TCC TTT GAA CTT CTT AAT GCA CCT GCT ACA GTG TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACT CCA TTG GTT AAG AAC CAG TGC GTC AAC TTC AAC TTT AAT GGA CTT AAA GGT ACT GGT GTG TTG ACT GAC TCG TCT AAA ACG TTT CAA TCT TTC CAG CAG TTT GGT CGG GAC GCA TCT GAT TTT ACT GAT TCT GTG CGT GAC CCG CAA ACT TTA CAG ATA CTT GAC ATT TCA CCG TGC TCT TTT GGT GGT GTA AGT GTC ATA ACA CCA GGA ACT AAC ACT TCA TCT GCA GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAC TGC ACT GAT GTT CCC ACA ACA ATA CAT GCA GAT CAC TTA ACA CAC TCT TGG CGT GTT TAT ACC ACT GGA CCC CAT G------TT TTC CAA ACA CAA GCA GGG TGC CTT ATA GGA GCT GAA CAT GTC AAC GTA TCC TAT CAG TGT GAC ATT CCA ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAT CAT ACA GCC TCA CTT T-- --- --- --- -TA CGG AGT ACA GGT CAA AAA TCT ATT GTG GCC TAT ACT ATG TCA TTA GGT GCT GAA AAT TCT GTG GCA TAT GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACT AAT TTT TCT ATT AGT GTC ACT ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACA TCT GTC GAT TGT ACT ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT TTA GAG TGC AGT AAC CTA CTG CTT CAG TAT GGT AGC TTC TGT ACC CAA CTC AAT CGT GCC CTT TCT GGC ATT GCT GTT GAA CAG GAC AAA AAT ACC CAA GAG GTG TTT GCC CAG GTT AAA CAG ATG TAT AAA ACA CCA ACC ATA AGA GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTC TCT CAG ATA TTA CCA GAC CCT TTG AAG CCT ACT AAG CGT TCT TTT ATA GAG GAT TTG CTC TAT AAC AAA GTA ACA CTC GCG GAT GCT GGT TTC ATG AAA CAG TAC GCA GAC TGT TTG GGT GGT ATT AAC GCA AGA GAT CTC ATC TGT GCT CAA AAG TTT AAT GGG CTG ACA GTC TTA CCA CCT TTG CTC ACT GAT GAC ATG ATT GCT GCC TAT ACT GCA GCG CTC ATT AGT GGC ACT GCC ACT GCA GGC TGG ACT TTC GGT GCA GGT GCA GCC CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAA ATT GCC AAT CAG TTC AAT AAG GCT ATT ACT CAA ATT CAA GAA TCA CTC ACA ACT ACA GCG ACA GCG CTG GGC AAG CTG CAA GAC GTA GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAT ACA CTT GTC AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCT ATT TCA AGT GCT TTG AAT GAT ATC CTC TCA CGA CTT GAC AAA GTT GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATT ACA GGC AGA TTA CAA AGC CTC CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGG GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACC AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCG AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAA GGC TAT CAC CTT ATG TCT TTC CCT CAA TCC GCT CCA CAT GGT GTT GTG TTC TTA CAT GTC ACT TAT GTG CCA GCA CAA GAA AAG AAC TTC ACT ACT GCC CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAG GCG TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTG TTT GTA TCT AAT GGC AGT TCT TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAT TCG CCA CAG ATA ATC ACA ACA GAC AAT ACA TTT GTA GCC GGA AGT TGT GAC GTC GTC ATT GGA ATT ATT AAC AAT ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA CAA GAG CTA GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCT GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATC AAT GCT TCT GTC GTC GAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA CTT GGC AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCT TGG TAT GTC TGG CTT GGC TTT ATA GCA GGG TTA GTA GGA TTA TTT ATG GCC ATC ATT CTT CTT TGT TAC TTT ACT AGC TGC TGC AGC TGC TGT AAA GGC ATG TGC TCC TGT GGT TCT TGC TGC AGA TTT GAT GAA GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAT ACA TAA
DQ412042_Bat_SARS_CoV_Rf1 TTG CTT TCC TAG TTA CCC TAG TTA AAG CAC AAG AAG G---TT GTG GCG TGA TCA ACC TCA GGA C-- ACA ACC TAA ATT AAC --A CAA GTC TCC TCC TCG CGT AGA GGT GTT TAT TAT AAT GAT GAT ATA TTC CGT TCT GAT GTT TTA CAT CTC ACG CAG GAT TAT TTC TTA CCA TTC CAT TCT AAC CTA ACA CAG TAC TTT TCT CTT AAT A-- -TT GAG TCA GAT AAA ATT GTT TAT TTT GAC AAT CCC ATA TTG AAA TTT GGT GAC GGT GTT TAC TTC GCA GCC ACC GAA AAG TCT AAT GTA ATA AGA GGC TGG GTG TTT GGT TCC ACT TTT GAC AAC ACC ACT CAG TCT GCT ATT ATA GTC AAT AAT TCC ACA CAC ATT ATT ATA CGT GTG TGC TAT TTT AAC CTC TGT AAA GAC CCC ATG TAT ACT GTG TCT GCT --- --- --- --- --- --- GGC ACC CAA AAG TCC TCA TGG GTT TAT CAG AGT GCT TTC AAT TGC ACA TAC GAT AGA GTG GAA AAA AGC TTC CAA CTA GAC ACA TCC C---CT AAG ACT GGT AAT TTT ACT GAC TTA CGT GAG TTT GTC TTT AAA AAT CGT GAT GGG TTT TTC ACT GCT TAC CAG ACT TAT ACC CCA GTT AAC CTC CTT AGA GGTTTGCCATCAGGT CTT TCA G-- --- --- --- -TT TTA AAA CCC ATT CTT AAA TTA CCA TTT GGA ATT AAT ATT ACT TCT TTT AGA GTG GTT ATG GCT ATG TTC AGT AAA ACC ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TAT GTG CCA GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTG GGT AAT CTT AAA CAG TCC ACC TTT ATG CTC AGT TTT AAT CAG AAT GGA ACT ATT GTA GAT GCT GTG GAT TGT TCT CAA GAT CCA CTT GCA GAG TTA AAG TGT ACT ACA AAA AGT TTT AAT GTC TCC AAA GGC ATT TAT CAA ACT TCC AAT TTC AGA GTA TCA CCA GTT ACT GAG GTT GTT AGA TTT CCA AAT ATT ACA AAT CTC TGT CCT TTT GAC AAG GTT TTT AAT GCC ACA CGC TTT CCT AGT GTC TAT GCC TGG GAA AGA ACA AAG ATT TCT GAT TGT GTT GCA GAT TAC ACT GTT TTC TAC AAC TCA--- ACT TCT TTT TCG ACT TTC AAC TGT TAC GGA GTC TCT CCT TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGT TTT ACA AGT GTG TAT GCA GAC ACA TTT TTG ATA AGA TTT TCC GAA GTC AGA CAA GTA GCA CCT GGT CAG ACT GGT GTT ATT GCA GAC TAC AAT TAT AAA CTA CCT GAC GAC TTT ACA GGC TGT GTT ATA GCT TGG AAC A-- --- --- --- --- -CT GCT AAG CAA GAC GTC GGT AGC TAT TTT TAT AGG TCT CAT CGC TCT AGC AAA TTA AAA CCC TTT GAA AGA GAC CTT TCA TCA G-- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- -AA GA- --- --A AAT GGT GTC CGT ACA CTC AGT ACG TAT GAT TTT AAC CAA AAT GTA CCT CTT GAG TAC CAA GCC ACT AGA GTT GTT GTT CTT TCA TTT GAA CTC CTT AAT GCA CCT GCT ACA GTG TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACT TCA TTG GTT AAG AAC CAG TGC GTC AAC TTC AAC TTT AAT GGA TTT AAA GGT ACT GGT GTG TTG ACC GAC TCG TCT AAA ACG TTT CAG TCT TTT CAG CAG TTT GGT CGG GAT GCA TCT GAT TTT ACT GAT TCA GTG CGT GAC CCG CAA ACT TTA CGG ATA CTT GAC ATT TCA CCG TGC TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTC ATA ACA CCA GGA ACT AAC ACT TCA TCT GCA GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAC TGC ACT GAT GTT CCC AGA ACA ATA CAA GCA GAT CAA TTA GCA CCC TCT TGG CGT GTT TAT ACC ACT GGA CCC TAT G------TT TTC CAA ACA CAA GCA GGG TGC CTT ATA GGA GCT GAA CAT GTC AAC GCA TCC TAT CAG TGT GAC ATT CCA ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAT CAT ACA GCC TCA CAC T-- --- --- --- -TA CGG AGT ACA GGT CAA AAA TCC ATT GTG GCC TAT ACT ATG TCA TTA GGT GCT GAA AAT TCT GTG GCA TAT GCT AAT AAT TCC ATT GCC ATA CCT ACT AAT TTT TCT ATT AGT GTC ACT ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACA TCT GTC GAT TGT ACT ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT TTA GAG TGC AGT AAC CTA CTG CTT CAG TAT GGT AGC TTC TGT ACC CAA CTT AAT CGT GCC CTT TCT GGC ATT GCT GTA GAA CAG GAT AAA AAC ACC CAA GAG GTG TTT GCC CAG GTT AAA CAG ATG TAT AAA ACA CCA ACC ATA AGA GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTC TCT CAG ATA TTA CCA GAC CCT TTG AAG CCT ACT AAG CGT TCT TTT ATA GAG GAT TTG CTC TAC AAC AAA GTA ACA CTC GCG GAT GCA GGT TTC ATG AAA CAG TAT GCA GAC TGT CTG GGT GGT ATT AAC GCA AGA GAT CTC ATC TGT GCT CAA AAG TTT AAT GGA CTG ACA GTC TTA CCA CCT TTG CTC ACT GAT GAC ATG ATT GCT GCC TAT ACT GCA GCG CTC ATT AGT GGC ACT GCC ACT GCA GGC TGG ACT TTC GGT GCA GGT GCA GCC CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAC GAG AAC CAA AAA CAA ATT GCC AAT CAG TTC AAT AAG GCT ATT ACT CAA ATT CAA GAA TCA CTC ACA ACT ACA TCG ACA GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTA GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAT ACA CTT GTC AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCT ATT TCA AGT GCT TTG AAT GAC ATC CTC TCA CGA CTT GAC AAA GTT GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATT ACA GGC AGA TTA CAA AGC CTC CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGG GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACC AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCG AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAA GGC TAC CAC CTT ATG TCT TTC CCT CAA TCC GCT CCA CAC GGT GTT GTG TTC TTA CAT GTC ACT TAT GTG CCA TCA CAA GAA AAG AAC TTC ACC ACT GCC CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGT AAG GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTG TTT GTA TCC AAT GGC AGT TCT TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAT TCA CCA CAG ATA ATC ACA ACA GAC AAT ACA TTT GTC GCC GGA AGT TGT GAT GTC GTC ATT GGA ATC ATT AAC AAT ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA CAA GAG CTA GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCT GAT GTT GAT CTT GGC GAT ATT TCA GGC ATT AAC GCT TCT GTC GTC GAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA CTT GGC AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCT TGG TAT GTC TGG CTT GGC TTT ATA GCA GGG TTA GTA GGA TTA TTC ATG GCC ATC ATT CTT CTT TGT TAC TTT ACT AGC TGC TGC AGC TGC TGT AAA GGC ATG TGC TCC TGT GGT TCT TGC TGC AGA TTT GAT GAA GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
DQ648856_Bat_CoV_BtCoV_273_2005 TTG CTT TCC TAG TTA CCC TAG TTA AAG CAC AAG AAG G---TT GTG GCG TGA TCA ACC TCA GGA C-- ACA ACC TAA ATT AAC --A CAA GTC TCC TCC TCG CGT AGA GGT GTT TAT TAT AAT GAT GAT ATA TTC CGT TCT GAT GTT TTA CAT CTC ACG CAG GAT TAT TTC TTA CCA TTC CAT TCT AAC CTA ACA CAG TAC TTT TCT CTT AAT A-- -TT GAG TCA GAT AAA ATT GTT TAT TTT GAC AAT CCC ATA TTG AAA TTT GGT GAC GGT GTT TAC TTC GCA GCC ACC GAA AAG TCT AAT GTA ATA AGA GGC TGG GTG TTT GGT TCC ACT TTT GAC AAC ACC ACT CAG TCT GCT ATT ATA GTC AAT AAT TCC ACA CAC ATT ATT ATA CGT GTG TGC TAT TTT AAC CTC TGT AAA GAC CCC ATG TAT ACT GTG TCT GCT --- --- --- --- --- --- GGC ACC CAA AAG TCC TCA TGG GTT TAT CAG AGT GCT TTC AAT TGC ACA TAC GAT AGA GTG GAA AAA AGC TTC CAA CTA GAC ACA TCC C---CT AAG ACT GGT AAT TTT ACT GAC TTA CGT GAG TTT GTC TTT AAA AAT CGT GAT GGG TTT TTC ACT GCT TAC CAG ACT TAT ACC CCA GTT AAC CTC CTT AGA GGTTTGCCATCAGGT CTT TCA G-- --- --- --- -TT TTA AAA CCC ATT CTT AAA TTA CCA TTT GGA ATT AAT ATT ACT TCT TTT AGA GTG GTT ATG GCT ATG TTC AGT AAA ACC ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TAT GTG CCA GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTG GGT AAT CTT AAA CAG TCC ACC TTT ATG CTC AGT TTT AAT CAG AAT GGA ACT ATT GTA GAT GCT GTG GAT TGT TCT CAA GAT CCA CTT GCA GAG TTA AAG TGT ACT ACA AAA AGT TTT AAT GTC TCC AAA GGC ATT TAT CAA ACT TCC AAT TTC AGA GTA TCA CCA GTT ACT GAG GTT GTT AGA TTT CCA AAT ATT ACA AAT CTC TGT CCT TTT GAC AAG GTT TTT AAT GCC ACA CGC TTT CCT AGT GTC TAT GCC TGG GAA AGA ACA AAG ATT TCT GAT TGT GTT GCA GAT TAC ACT GTT TTC TAC AAC TCA--- ACT TCT TTT TCG ACT TTC AAC TGT TAC GGA GTC TCT CCT TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGT TTT ACA AGT GTG TAT GCA GAC ACA TTT TTG ATA AGA TTT TCC GAA GTC AGA CAA GTA GCA CCT GGT CAG ACT GGT GTT ATT GCA GAC TAC AAT TAT AAA CTA CCT GAC GAC TTT ACA GGC TGT GTT ATA GCT TGG AAC A-- --- --- --- --- -CT GCT AAG CAA GAC GTC GGT AGC TAT TTT TAT AGG TCT CAT CGC TCT AGC AAA TTA AAA CCC TTT GAA AGA GAC CTT TCA TCA G-- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- -TT GA- --- --A GAA AAT GGC CGT ACA CTC AGT ACG TAT GAT TTT AAC CAA AAT GTA CCT CTT GAG TAC CAA GCC ACT AGA GTT GTT GTT CTT TCT TTT GAA CTT CTT AAT GCA CCT GCT ACA GTG TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACT TCA TTG GTT AAG AAC CAG TGC GTC AAC TTC AAC TTT AAT GGA TTT AAA GGT ACT GGT GTG TTG ACC GAC TCG TCT AAA ACG TTT CAG TCT TTT CAG CAG TTT GGT CGG GAT GCA TCT GAT TTT ACT GAT TCA GTG CGT GAC CCG CAA ACT TTA CGG ATA CTT GAC ATT TCA CCG TGC TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTC ATA ACA CCA GGA ACT AAC ACT TCA TCT GCA GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAC TGC ACT GAT GTT CCC AGA ACA ATA CAA GCA GAT CAA TTA GCA CCC TCT TGG CGT GTT TAT ACC ACT GGA CCC TAT G------TT TTC CAA ACA CAA GCA GGG TGC CTT ATA GGA GCT GAA CAT GTC AAC GCA TCC TAT CAG TGT GAC ATT CCA ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAT CAT ACA GCC TCA CAC T-- --- --- --- -TA CGG AGT ACA GGT CAA AAA TCC ATT GTG GCC TAT ACT ATG TCA TTA GGT GCT GAA AAT TCT GTG GCA TAT GCT AAT AAT TCC ATT GCC ATA CCT ACT AAT TTT TCT ATT AGT GTC ACT ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACA TCT GTC GAT TGT ACT ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT TTA GAG TGC AGT AAC CTA CTG CTT CAG TAT GGT AGC TTC TGT ACC CAA CTT AAT CGT GCC CTT TCT GGC ATT GCT GTA GAA CAG GAT AAA AAC ACC CAA GAG GTG TTT GCC CAG GTT AAA CAG ATG TAT AAA ACA CCA ACC ATA AGA GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTC TCT CAG ATA TTA CCA GAC CCT TTG AAG CCT ACT AAG CGT TCT TTT ATA GAG GAT TTG CTC TAC AAC AAA GTA ACA CTC GCG GAT GCA GGT TTC ATG AAA CAG TAT GCA GAC TGT CTG GGT GGT ATT AAC GCA AGA GAT CTC ATC TGT GCT CAA AAG TTT AAT GGA CTG ACA GTC TTA CCA CCT TTG CTC ACT GAT GAC ATG ATT GCT GCC TAT ACT GCA GCG CTC ATT AGT GGC ACT GCC ACT GCA GGC TGG ACT TTC GGT GCA GGT GCA GCC CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAC GAG AAC CAA AAA CAA ATT GCC AAT CAG TTC AAT AAG GCT ATT ACT CAA ATT CAA GAA TCA CTC ACA ACT ACA TCG ACA GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTA GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAT ACA CTT GTC AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCT ATT TCA AGT GCT TTG AAT GAC ATC CTC TCA CGA CTT GAC AAA GTT GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATT ACA GGC AGA TTA CAA AGC CTC CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGG GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACC AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCG AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAA GGC TAC CAC CTT ATG TCT TTC CCT CAA TCC GCT CCA CAT GGT GTT GTG TTC TTA CAT GTC ACT TAT GTG CCA TCA CAA GAA AAG AAC TTC ACC ACT GCC CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGT AAG GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTG TTT GTA TCT AAT GGC AGT TCT TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAT TCA CCA CAG ATA ATC ACA ACA GAC AAT ACA TTT GTC GCC GGA AGT TGT GAT GTC GTC ATT GGA ATC ATT AAC AAT ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA CAA GAG CTA GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCT GAT GTT GAT CTT GGC GAT ATT TCA GGC ATT AAC GCT TCT GTC GTC GAT ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCC AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA CTT GGC AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCT TGG TAT GTC TGG CTT GGC TTT ATA GCA GGG TTA GTA GGA TTA TTC ATG GCC ATC ATT CTT CTT TGT TAC TTT ACT AGC TGC TGC AGC TGC TGT AAA GGC ATG TGC TCC TGT GGT TCT TGC TGC AGA TTT GAT GAA GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
KJ473812_BtRf_BetaCoV_HeB2013 TTG CTT TCC TAG TTA CCC TAG TTA AAG CAC AAG AAG G---TT GTG GCG TGA TCA ACC TCA AGA C-- ACA ACC TAT ATT AAC --A CAA GTC TCC TCC TCG CGT AGA GGT GTT TAT TAT AAT GAT GAT ATA TTC CGT TCT GAT GTT TTA CAT CTC ACG CAG GAT TAT TTC TTA CCA TTC CAT TCT AAC CTA ACA CAG TAC TTT TCT CTT AAT A-- -TT GAG TCA GAT AAA ATT GTT TAT TTT GAC AAT CCC ATA TTG AAA TTT GGT GAC GGT GTT TAC TTC GCA GCC ACC GAA AAG TCT AAT GTA ATA AGA GGC TGG GTG TTT GGT TCC ACT TTT GAC AAC ACC ACT CAG TCT GCT ATT ATA GTC AAT AAT TCC ACA CAC ATT ATT ATA CGT GTG TGC TAT TTT AAC CTC TGT AAA GAT CCC ATG TAT ACC GTG TCT GCT --- --- --- --- --- --- GGC ACC CAA GTG TCC TCA TGG GTT TAC CAG AGT GCT TTC AAT TGC ACA TAC GAT AGA GTG GAA AAA AGC TTC CAA CTA GAC ACA TCC C---CT AAG ACT GGT AAT TTT ACT GAC TTA CGT GAG TTT GTC TTT AAA AAT CGT GAT GGG TTT TTC ACT GTT TAC CAG ACT TAT ACC CCA GTT AAC CTC CTT AGA GGTTTGCCATCAGGT CTT TCA G-- --- --- --- -TT TTA AAA CCC ATT CTT AAA TTA CCG TTT GGA ATT AAT ATT ACT TCT TTT AGA GTG GTT ATG GCA ATG TTC AGT AAA ACC ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TAT GTG CCA GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTG GGC AAT CTT AAA CAG TCC ACT TTT ATG CTC AGC TTT AAT CAG AAT GGA ACT ATT GTA GAT GCT GTG GAT TGT TCT CAA GAT CCA CTT GCA GAG TTA AAG TGT ACT ACA AAA AGT TTT AAT GTC TCC AAA GGC ATT TAT CAA ACT TCC AAT TTC AGA GTA TCA CCA GTT ACT GAG GTT GTT AGA TTT CCA AAT ATT ACA AAT CTC TGT CCT TTT GAC AAG GTT TTT AAT GCC ACA CGC TTT CCT AGT GTC TAT GCC TGG GAA AGA ACT AAG ATT TCT GAT TGT GTT GCA GAT TAC ACT GTT TTC TAC AAC TCA--- ACT TCT TTT TCG ACT TTC AAC TGT TAC GGA GTC TCT CCT TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGT TTT ACA AGT GTG TAT GCA GAC ACA TTT TTG ATA AGA TTT TCA GAA GTC AGA CAA GTG GCA CCT GGT CAG ACT GGT GTT ATT GCA GAC TAC AAT TAT AAA CTA CCT GAC GAC TTT ACA GGC TGT GTT ATA GCT TGG AAC A-- --- --- --- --- -CT GCT AAG CAA GAC GTC GGT AGC TAT TTT TAT AGG TCT CAT CGC TCT AGC AAA TTA AAA CCC TTT GAA AGA GAC CTT TCA TCA G-- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- -AA GA- --- --A AAT GGT GTC CGT ACA CTC AGT ACG TAT GAT TTT AAT CAA TAT GTA CCT CTT GAG TAC CAA GCC ACT AGA GTT GTT GTT CTT TCA TTT GAA CTC CTC AAT GCA CCT GCT ACA GTG TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACT TCA TTG GTT AAG AAC CAG TGC GTC AAC TTC AAC TTT AAT GGA TTT AAA GGT ACT GGT GTG TTG ACC GAC TCG TCT AAA ACG TTT CAG TCT TTT CAG CAG TTT GGT CGG GAT GCA TCT GAT TTT ACT GAT TCA GTG CGT GAC CCG CAA ACT TTA CGG ATA CTT GAC ATT TCA CCG TGC TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTC ATA ACA CCA GGA ACT AAC ACT TCA TCT GCA GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAC TGC ACT GAT GTT CCC ACA ACA TTA CAT GCA GAT CAA TTA GCA CCC TCT TGG CGT GTT TAT ACC ACT GGA CCC TAT G------TT TTC CAA ACA CAA GCA GGG TGC CTT ATA GGA GCT GAA CAT GTC AAC GCA TCC TAT CAG TGT GAC ATT CCA ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAT CAT ACA GCC TCA CTT T-- --- --- --- -TA CGG AGT ACA GGT CAA AAA TCT ATT GTG GCC TAT ACT ATG TCA TTA GGT GCT GAA AAT TCT GTG GCA TAT GCT AAT AAT TCC ATT GCC ATA CCC ACT AAT TTT TCT ATT AGT GTC ACT ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACA TCT GTC GAT TGT ACT ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT TTA GAG TGC AGT AAC CTA CTG CTT CAG TAT GGT AGC TTC TGT ACC CAA CTT AAC CGT GCC CTT TCT GGC ATT GCT GTA GAA CAG GAC AAA AAC ACC CAA GAG GTG TTT GCC CAG GTT AAA CAG ATG TAT AAA ACA CCA ACT ATA AGA GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTC TCT CAG ATA TTA CCA GAC CCT TTG AAA CCT ACT AAG CGT TCT TTT ATA GAG GAT TTG CTC TAC AAC AAA GTA ACA CTC GCG GAT GCA GGC TTC ATG AAA CAG TAT GCA GAC TGT TTG GGT GGT ATT AAC GCA AGA GAT CTC ATC TGT GCT CAA AAG TTT AAT GGA CTC ACA GTC TTA CCA CCT TTG CTC ACT GAT GAC ATG ATT GCA GCC TAC ACT GCT GCG CTC ATT AGT GGC ACT GCC ACT GCA GGC TGG ACT TTC GGT GCA GGT GCA GCC CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAC GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAC GAG AAC CAA AAA CAA ATT GCC AAT CAG TTC AAT AAG GCT ATT ACT CAA ATT CAA GAA TCA CTC ACA ACT ACA TCG ACA GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTA GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAT ACA CTT GTC AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCT ATT TCA AGT GCT TTG AAT GAT ATC CTC TCA CGA CTT GAC AAA GTT GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATT ACA GGC AGA TTA CAA AGC CTC CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA TTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGG ACT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCG AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAA GGT TAT CAC CTT ATG TCT TTC CCT CAA TCC GCT CCA CAT GGT GTT GTG TTC TTA CAT GTC ACT TAT GTG CCA TCA CAA GAA AGG AAC TTC ACC ACC GCC CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTG TTT GTA TCT AAT GGC AGT TTT TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAT TCA CCA CAG ATA ATC ACA ACA GAC AAT ACA TTT GTC GCC GGA AGT TGT GAT GTC GTC ATT GGA ATC ATT AAT AAT ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA CAA GAG CTA GAT AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCT GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATC AAT GCT TCT GTC GTC GAT ATT CAG AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA CTT GGC AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCT TGG TAT GTC TGG CTT GGC TTT ATA GCA GGG TTA GTA GGA TTA TTT ATG GCC ATC ATT CTT CTT TGT TAC TTT ACT AGC TGC TGT AGC TGC TGT AAA GGC ATG TGC TCC TGT GGT TCT TGC TGC AGA TTT GAT GAA GAT GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
KY770860_Bat_CoV_Jiyuan_84 TTG CTT TCC TAG TTA CCC TAG TTA AAG CAC AAG AAG G---TT GTG GCG TGA TCA ACC TCA AGA C-- ACA ACC TAC ATT AAC --A CAA GTC TCC TCC TCG CGT AGA GGT GTT TAT TAT AAT GAT GAT ATA TTC CGT TCT GAT GTT TTA CAT CTC ACG CAG GAT TAT TTC TTA CCA TTC CAT TCT AAC CTA ACA CAG TAC TTT TCT CTT AAT A-- -TT GAG TCA GAT AAA ATT GTT TAT TTT GAC AAT CCC ATA TTG AAA TTT GGT GAC GGT GTT TAC TTC GCA GCC ACC GAA AAG TCT AAT GTA ATA AGA GGC TGG GTG TTT GGT TCC ACT TTT GAC AAC ACC ACT CAG TCT GCT ATT ATA GTC AAT AAT TCC ACA CAC ATT ATT ATA CGT GTG TGC TAT TTT AAC CTC TGT AAA GAT CCC ATG TAT ACC GTG TCT GCT --- --- --- --- --- --- GGC ACC CAA GTG TCC TCA TGG GTT TAC CAG AGT GCT TTC AAT TGC ACA TAC GAT AGA GTG AAA AAA AGC TTC CAA CTA GAC ACA TCC C---CT AAG ACT GGT AAT TTT ACT GAC TTA CGT GAG TTT GTC TTT AAA AAT CGT GAT GGG TTT TTC ACT GTT TAC CAG ACT TAT ACC CCA GTT AAC CTC CTT AGA GGTTTGCCATCAGGT CTT TCA G-- --- --- --- -TT TTA AAA CCC ATT CTT AAA TTA CCG TTT GGA ATT AAT ATT ACT TCT TTT AGA GTG GTT ATG GCA ATG TTC AGC AAA ACC ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TAT GTG CCA GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTG GGC AAT CTT AAA CAG TCC ACT TTT ATG CTC AGC TTT AAT CAG AAT GGA ACT ATT GTA GAT GCT GTG GAT TGT TCT CAA GAT CCA CTT GCA GAG TTA AAG TGT ACT ACA AAA AGT TTT AAT GTC TCC AAA GGC ATT TAT CAA ACT TCC AAT TTC AGA GTA TCA CCA GTT ACT GAG GTT GTT AGA TTT CCA AAT ATT ACA AAT CTC TGT CCT TTT GAC AAG GTT TTT AAT GCC ACA CGC TTT CCT AGT GTC TAT GCC TGG GAA AGA ACT AAG ATT TCT GAT TGT GTT GCA GAT TAC ACT GTT TTC TAC AAC TCA--- ACT TCT TTT TCG ACT TTC AAC TGT TAC GGA GTC TCT CCT TCT AAG TTG ATT GAT TTG TGT TTT ACA AGT GTG TAT GCA GAC ACA TTT TTG ATA AGA TTT TCA GAA GTC AGA CAA GTG GCA CCT GGT CAG ACT GGT GTT ATT GCA GAC TAC AAT TAT AAA CTA CCT GAC GAC TTT ACA GGC TGT GTT ATA GCT TGG AAC A-- --- --- --- --- -CT GCT AAG CAA GAC GTC GGT AGC TAT TTT TAT AGG TCT CAT CGC TCT AGC AAA TTA AAA CCC TTT GAA AGA GAC CTT TCA TCA G-- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- -AA GA- --- --A AAT GGT GTC CGT ACA CTC AGT ACG TAT GAT TTT AAT CAA TAT GTA CCT CTT GAG TAC CAA GCC ACT AGA GTT GTT GTT CTT TCA TTT GAA CTC CTC AAT GCA CCT GCT ACA GTG TGT GGA CCA AAA TTA TCC ACT TCA TTG GTT AAG AAC CAG TGC GTC AAC TTC AAC TTT AAT GGA TTT AAA GGT ACT GGT GTG TTG ACC GAC TCG TCT AAA ACG TTT CAG TCT TTT CAG CAG TTT GGT CGG GAT GCA TCT GAT TTT ACT GAT TCA GTG CGT GAC CCG CAA ACT TTA CGG ATA CTT GAC ATT TCA CCG TGC TCT TTT GGT GGT GTG AGT GTC ATA ACA CCA GGA ACT AAC ACT TCA TCT GCA GTG GCT GTT CTT TAC CAA GAT GTA AAC TGC ACT GAT GTT CCC ACA ACA TTA CAT GCA GAT CAA TTA GCA CCC TCT TGG CGT GTT TAT ACC ACT GGA CCC TAT G------TT TTC CAA ACA CAA GCA GGG TGC CTT ATA GGA GCT GAA CAT GTC AAC GCA TCC TAT CAG TGT GAC ATT CCA ATT GGT GCT GGC ATT TGT GCT AGC TAT CAT ACA GCC TCA CTT T-- --- --- --- -TA TGG AGT ACA GGT CAA AAA TCT ATT GTG GCC TAT ACT ATG TCA TTA GGT GCT GAA AAT TCT GTG GCA TAT GCT AAT AAT TCC ATT GCC ATA CCC ACT AAT TTT TCT ATT AGT GTC ACT ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCT ATG GCT AAA ACA TCT GTC GAT TGT ACT ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT TTA GAG TGC AGT AAC CTA CTG CTT CAG TAT GGT AGC TTC TGT ACC CAA CTT AAC CGT GCC CTT TCT GGC ATT GCT GTA GAA CAG GAC AAA AAC ACC CAA GAG GTG TTT GCC CAG GTT AAA CAG ATG TAT AAA ACA CCA ACT ATA AGA GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTC TCT CAG ATA TTA CCA GAC CCT TTG AAA CCT ACT AAG CGT TCT TTT ATA GAG GAT TTG CTC TAC AAC AAA GTA ACA CTC GCG GAT GCA GGC TTC ATG AAA CAG TAT GCA GAC TGT TTG GGT GGT ATT AAC GCA AGA GAT CTC ATC TGT GCT CAA AAG TTT AAT GGA CTC ACA GTC TTA CCA CCT TTG CTC ACT GAT GAC ATG ATT GCA GCC TAC ACT GCT GCG CTC ATT AGT GGC ACT GCC ACT GCA GGC TGG ACT TTC GGT GCA GGT GCA GCC CTT CAA ATA CCT TTT GCT ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAC GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAC GAG AAC CAA AAA CAA ATT GCC AAT CAG TTC AAT AAG GCT ATT ACT CAA ATT CAA GAA TCA CTC ACA ACT ACA TCG ACA GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTA GTC AAC CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAT ACA CTT GTC AAA CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCT ATT TCA AGT GCT TTG AAT GAT ATC CTC TCA CGA CTT GAC AAA GTT GAG GCA GAG GTG CAA ATT GAC AGG TTG ATT ACA GGC AGA TTA CAA AGC CTC CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA TTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGG ACT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTT CTT GGA CAA TCG AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAA GGT TAT CAC CTT ATG TCT TTC CCT CAA TCC GCT CCA CAT GGT GTT GTG TTC TTA CAT GTC ACT TAT GTG CCA TCA CAA GAA AGG AAC TTC ACC ACT GCC CCA GCA ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTG TTT GTA TCT AAT GGC AGT TCT TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAT TTT TAT TCA CCA CAG ATA ATC ACA ACA GAC AAT ACA TTT GTC GCC GGA AGT TGT GAT GTC GTC ATT GGA ATC ATT AAT AAT ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA CAA GAG CTA GAT AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCT GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATC AAT GCT TCT GTC GTC GAT ATT CAG AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAT TTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTT CAA GAA CTT GGC AAA TAT GAG CAA TAT ATT AAA TGG CCT TGG TAT GTC TGG CTT GGC TTT ATA GCA GGG TTA GTA GGA TTA TTT ATG GCC ATC ATT CTT CTT TGT TAC TTT ACT AGC TGC TGT AGC TGC TGT AAA GGC ATG TGC TCC TGT GGT TCT TGC TGC AGA TTT GAT GAA GAT GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
JX993987_Bat_CoV_Rp_Shaanxi2011 TTC TTT TCC TTT --- CTT CCG CTA AAG CTC AGG AAG G---TT GTG GTG TTA TCT CCA ATA AGC C-- ACA ACG CAC ATT TGA --C CAG TAC TCC TCC ACT TTT AGA GGG GTT TAC TAT AAT GAT GAC ATT TTT AGG TCA GAC GTG CTA CAT TTG ACT CAG GAT TAC TTT TTG CCT TTT AAC ACT AAT GTT ACT AGG TAT TTG TCT CTG AAT G-- -CG GCA CAA AAT ACT ATA GTC TAC TTT GAC AAT CAT GTA ATA CCT TTC TAC GAC GGT ATT TAC TTT GCT GCC ACA GAG CGG TCC AAT GTC ATT CGC GGC TGG ATT TTC GGT TCA ACT TTT GAC AAC CGA TCA CAG TCT GCC ATT ATA GTG AAC AAT TCT ACA CAC ATT TTA GTT AAG GTG TGT AAT TTT GTT TTA TGT ACT GAG CCC ATG TTT ACG GTG TCT CGT --- --- --- --- --- --- AAT CAG CAT TAC AAA TCA TGG GTT TAT CAA CAT GCT AGA AAT TGC ACC TAT GAT GTT GCT TAT CCT AGT TTT CAA TTA GAT GTC TCT CTAAAG AAT AAT GTT AAT TTT CAA CAT TTG AGG GAG TTC ATT TTT AAA AAT GTG GAT GGC TTC CTA AAG ATT TAT TCT TCT TAT GAG CCC ATC AAT GTT GTT AGT GG------------C ATA CCT AGT GGC TTT TCA GTA CTT AAG CCA GTT ATG AGC TTG CCG TTG GGT ATT AAT ATT ACT GGC ATG CGT GTT GTT ATG ACT ATG TTT AGC AAC ACG CAA GC- --- --- --- --- --- --T AAT TTT CTT ACA GAA AAT GCT GCA TAC TAT GTA GGC TAT CTC AAG CCT AGA ACT TTC ATG CTA CAA TTT AAT ACC AAT GGC ACC ATC GTT AAT GCC GTT GAT TGT TCT CAA GAT CCA CTT TCG GAG TTA AAA TGC ACA CTC AAA AAT TTT AAC ATC ACT AAA GGA ATC TAT CAA ACA TCT AAC TTC AGA GTT TCA CCA ACG CAA GAA GTT GTT AGA TTC CCA AAC ATT ACA AAC CGT TGT CCA TTT GAC AAG GTT TTT AAT GCT ACG CGC TTT CCT TCT GTG TAT GCG TGG GAG AGA ACT AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCG GAT TAC ACC GTT CTC TAC AAC TCT--- ACG TCT TTC TCA ACT TTC AAG TGT TAT GGA GTT TCT CCT TCT AAG TTG ATT GAT CTT TGC TTC ACA AGT GTG TAT GCC GAT ACA TTC TTG ATA AGG TCC TCA GAA GTG AGA CAA GTT GCA CCG GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAT AAT TAT AAA CTG CCT GAT GAT TTT ACA GGC TGT GTA ATA GCT TGG AAC A-- --- --- --- --- -CT GCA AAT CAA GAC CAA GGT CAA TAT TAT TAT AGG TCT TCT AGA AAG GAA AAA CTC AAA CCT TTT GAG AGG GAT TTG TCA TCA G-- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- -AT GA- --- --A AAT GGT GTG TAT ACT CTT AGT ACT TAT GAC TTT TAC CCT AGT GTG CCA CTT GAC TAT CAG GCT ACT AGG GTA GTT GTC CTT TCA TTT GAG CTT CTT AAT GCA CCT GCA ACA GTG TGT GGA CCT AAA CTA TCC ACA ACA CTA GTA AAG AAT CAG TGT GTT AAT TTC AAC TTC AAT GGA CTT AAA GGT ACT GGT GTG TTG ACT GCC TCT TCT AAG AAG TTT CAG TCT TTT CAA CAA TTT GGC AGA GAT GCG TCT GAC TTC ACT GAT TCA GTA CGC GAC CCT CAA ACA CTT GAA ATA CTT GAC ATT TCA CCT TGT TCA TTC GGT GGT GTG AGT GTA ATT ACA CCT GGA ACA AAT GCT TCT ACA GAA GTG GCT GTT CTA TAC CAA GAT GTA AAC TGC ACT GAT GTT CCA ACA GCA ATT AAT GCA GAC CAA TTA ACA CCA GCC TGG CGC GTT TAT TCC ACT GGA ATA AAT G------TG TTT CAA ACC CAA GCT GGC TGT CTC ATA GGA GCT GAA CAT GTC AAT GCT TCT TAT GAG TGT GAC ATT CCA ATT GGT GCT GGT ATT TGT GCT AGC TAC CAT ACA GCT TCA GTT T-- --- --- --- -TG CGC AGT ACA GGC CAG AAA TCA ATT GTG GCT TAT ACT ATG TCA CTA GGT GCA GAA AAT TCA ATT GCT TAT GCT AAT AAC TCA ATT GCC ATA CCT ACG AAT TTT TCA ATC AGC GTC ACG ACT GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAA ACA TCA GTA GAC TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAT TCT TTG GAG TGC AGT AAC CTA CTC TTG CAG TAT GGA AGC TTC TGC ACA CAA TTA AAT CGT GCC CTT ACT GGC ATT GCT ATT GAA CAG GAC AAG AAC ACT CAA GAA GTT TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCA GCC ATA AAA GAT TTT GGT GGT TTC AAT TTC TCA CAA ATA TTG CCT GAT CCT TCA AAG CCA ACA AAG AGA TCG TTT ATT GAG GAC TTG CTC TTC AAC AAA GTG ACA CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAG CAA TAC GGT GAA TGC CTA GGC GAT ATT AGT GCT AGA GAT CTC ATT TGT GCA CAA AAA TTC AAC GGA CTG ACT GTC TTA CCA CCA TTG CTC ACA GAT GAA ATG ATT GCT GCC TAC ACT GCT GCG CTA GTT AGT GGT ACT GCC ACT GCT GGC TGG ACG TTT GGT GCT GGA GCT GCC CTT CAA ATT CCC TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAC AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTA ACC CAA AAC GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAA CAG ATT GCC AAC CAA TTC AAC AAG GCA ATC AGT CAA ATT CAA GAA TCA CTT ACA ACA ACA TCG ACT GCA TTG GGC AAG CTG CAA GAC GTA GTC AAT CAG AAT GCT CAA GCA TTA AAT ACA CTT GTC AAA CAG CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCT ATT TCA AGT GTT TTG AAT GAC ATT CTT TCA CGA CTT GAT AAA GTT GAG GCA GAA GTA CAA ATT GAT AGG TTG ATA ACA GGC AGG TTA CAG AGC CTA CAA ACA TAT GTA ACA CAA CAA CTA ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAC CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGC GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAC TTT TGT GGA AAA GGC TAC CAT CTA ATG TCT TTC CCT CAA GCT GCT CCG CAT GGT GTT GTA TTC TTA CAT GTC ACG TAT GTG CCA TCT CAA GAA AGA AAC TTC ACC ACA GCC CCA GCG ATT TGT CAT GAA GGC AAG GCA TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTC TTT GTA TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATT ACA CAG AGG AAC TTC TAT TCA CCA CAG ATA ATT ACA ACA GAC AAT ACA TTT GTT GCT GGA AGT TGT AAT GTC GTA ATT GGC ATC ATT AAT AAT ACA GTT TAT GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTC AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTT AAA AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCT GTC GTC AAC ATT CAA AAA GAA ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTC GCC AAA AAT CTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTC CAG GAA CTT GGA AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAG TGG CCT TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTC ATT GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGC CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGC GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAC TAC ACA TAA
GQ153542_Bat_SARS_CoV_HKU3_7 TTG CTT TCC TAG CTA GTC TAG CTA AAG CAC AAG AAG G---AT GTG GCA TTA TCA GTC GAA AGC C-- GCA GCC AAA AAT GGC --A CAA GTC TCT TCT TCT CGT CGA GGT GTG TAC TAT AAT GAT GAT ATT TTT CGC TCT GAT GTG CTA CAC CTC ACA CAG GAT TAT TTC CTG CCA TTC GAT TCC AAT CTA ACA CAG TAC TTT TCT CTT AAT G-- -TT GAC TCA GAT AGG TAT ACC TAT TTT GAC AAC CCT ATA CTA GAC TTT GGT GAT GGC GTT TAT TTT GCT GCC ACC GAA AAG TCT AAT GTA GTA AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCG TCT TTT GAT AAT ACC ACC CAG TCA GCT GTC ATA GTT AAT AAT TCA ACA CAC ATT ATT ATA CGT GTG TGT AAT TTC AAC TTG TGT AAA GAA CCC ATG TAC ACT GTT AGT AGG --- --- --- --- --- --- GGT ACA CAA CAG AAT TCT TGG GTT TAT CAA AGT GCA TTT AAT TGC ACC TAT GAC AGA GTG GAG AAG AGC TTT CAG CT- --C GAT ACA GTTCCT AAA ACT GGA AAT TTT AAG GAC TTA CGT GAG TAC GTC TTC AAG AAT AGG GAT GGT TTC CTT AGT GTT TAT CAA ACC TAT ACT GCT GTT AAT TTA CCC AGA GG------------T TTG CCT GAA GGT TTT TCA GTT TTA AGA CCA ATT CTC AAA TTA CCT TTT GGA ATT AAT ATC ACT TCT TAT AGA GTA GTT ATG GCA ATG TTT AGC CAA ACT ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTT CTA CCA GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTT GGT AAT CTT AAA TAT TCT ACC TTC ATG CTG CGA TTT AAT GAA AAT GGG ACC ATC ACG GAT GCT GTG GAT TGT TCC CAA AAC CCA CTT GCT GAA TTA AAA TGC ACC ATT AAA AAT TTT AAT GTT GAC AAA GGA ATC TAC CAA ACA TCC AAC TTT AGA GTT TCA CCC ACC CAA GAG GTT ATT AGA TTC CCT AAC ATT ACA AAC CGC TGT CCT TTT GAC AGG GTT TTT AAT GCA AGC CGC TTT CCT AGT GTT TAT GCA TGG GAG CGG ACG AAA ATT TCT GAG TGT GTT GCA GAC TAC ACA GTT CTC TAC AAC TCA--- ACC TCT TTC TCA ACT TTT AAA TGT TAT GGA GTG TCT CCA TCT AAG TTG ATT GAC TTA TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCT GAA GTA AGA CAA GTT GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAC AAT TAC AAG TTG CCT GAT GAT TTC ACT GGC TGT GTA ATT GCT TGG AAT A-- --- --- --- --- -CT GCT AAA CAG GAT ACT GGC AAT TAT TAC TAC AGA TCT CAT CGC AAG ACT AAG TTA AAG CCT TTT GAG AGA GAT CTG TCT TCT G-- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- -AC GA- --C GGT AAT GGT GTG TAC ACA CTT TCA ACA TAT GAT TTT AAC CCT AAT GTT CCA GTA GCA TAT CAG GCT ACT AGG GTT GTT GTA CTC TCT TTT GAA CTT CTT AAT GCA CCT GCT ACA GTT TGT GGA CCT AAA TTA TCC ACA CAA CTA GTT AAG AAC CAG TGT GTT AAT TTC AAT TTC AAT GGA CTT AAA GGT ACT GGT GTT TTG ACT CCT TCT TCA AAA AGA TTC CAG TCA TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAC ACA TCT GAC TTT ACG GAT TCA GTA CGT GAC CCA CAG ACT TTA GAA ATA CTT GAC ATT TCA CCT TGT TCC TTT GGT GGT GTT AGT GTT ATC ACA CCT GGA ACG AAT GCC TCA TCA GAG GTG GCT GTT CTC TAT CAA GAT GTA AAT TGC ACT GAT GTC CCT ACA GCG ATT CGT GCA GAC CAA TTA ACA CCT GCT TGG CGC GTT TAT TCC ACT GGA GTA AAT G------TG TTT CAA ACA CAA GCT GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAG CAT GTC AAC GCC TCT TAT GAG TGT GAC ATT CCT ATT GGT GCA GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAT ACA GCT TCC GTT C-- --- --- --- -TA CGT AGT ACC GGC CAG AAA TCA ATT GTT GCC TAT ACT ATG TCA CTG GGT GCT GAA AAT TCC ATT GCA TAC GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACT ATA GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAA ACA TCC GTG GAT TGT ACA ATG TAC ATC TGT GGT GAC TCT TTG GAG TGC AGC AAC CTA CTA TTG CAG TAT GGA AGC TTT TGC ACA CAG CTC AAT CGC GCC CTT ACT GGC ATT GCT ATA GAA CAG GAC AAA AAC ACT CAG GAA GTC TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCT GCC ATA AAA GAT TTT GGC GGT TTC AAT TTC TCA CAA ATA TTG CCT GAC CCT TCA AAG CCA ACG AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAC CTG CTC TTC AAC AAA GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAA CAA TAT GGT GAA TGC CTA GGT GAT GTT AGT GCT AGA GAC CTT ATC TGT GCC CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACT GTG CTA CCA CCA CTG CTC ACA GAT GAG ATG ATT GCT GCA TAT ACA GCT GCG CTA GTT AGT GGT ACT GCT ACG GCA GGC TGG ACA TTC GGT GCA GGG GCA GCT CTC CAA ATA CCG TTC GCT ATG CAA ATG GCC TAT AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAC GTT CTC TAT GAG AAC CAG AAG CTG ATA GCT AAT CAG TTT AAT AGT GCT ATA GGC AAA ATT CAA GAC TCA TTA TCA TCT ACT GCG AGT GCA CTT GGA AAA CTT CAG GAT GTT GTT AAC CAA AAT GCA CAA GCT CTT AAC ACG CTT GTT AAA CAG CTT AGC TCT AAT TTT GGA GCT ATT TCG AGT GTG TTA AAT GAT ATT CTT TCT CGA CTT GAT AAA GTT GAG GCG GAG GTT CAA ATC GAT AGG TTG ATC ACA GGC AGA TTG CAA AGT CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAG CAA CTT ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGT GTC CTC GGA CAA TCG AAA AGA GTT GAT TTT TGT GGA AAA GGC TAC CAT CTT ATG TCT TTT CCT CAA TCA GCA CCA CAC GGT GTC GTT TTT CTA CAC GTT ACA TAC GTG CCT TCA CAA GAG AGA AAC TTC ACC ACA GCT CCA GCC ATT TGT CAT GAA GGC AAA GCT TAC TTC CCT CGT GAA GGT GTT TTC GTT TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATT ACG CAG AGG AAT TTT TAC TCT CCA CAA TTA ATT ACA ACA GAC AAT ACT TTT GTT TCT GGT AAT TGT GAT GTC GTA ATC GGC ATC ATT AAT AAC ACT GTT TAC GAT CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCA TTT AAA GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCA GTC GTC AAT ATT CAA AAG GAG ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAC CTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTC CAA GAA CTT GGG AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAG TGG CCG TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTT ATT GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGT CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCT TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAG GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
DQ022305_Bat_SARS_CoV_HKU3_1 TTG CTT TCT TAG CTA ATT TAG CTA AAG CAC AGG AAG G---AT GCG GTA TCA TCA GTA GAA AAC C-- GCA ACC TAA AAT GGC --A CAA GTC TCA TCT TCT CGT CGG GGC GTT TAT TAT AAT GAT GAC ATT TTC CGT TCT GAT GTG TTA CAC CTC ACA CAG GAT TAC TTC CTG CCA TTT GAC TCA AAT TTA ACT CAG TAC TTT TCG CTT AAT G-- -TG GAT TCA GAT AGG TAT ACC TAT TTT GAC AAC CCC ATA CTA GAC TTT GGT GAT GGC GTT TAT TTC GCT GCC ACT GAA AAG TCT AAC GTA ATA AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCA TCT TTT GAT AAC ACC ACC CAG TCA GCT GTT ATA GTT AAT AAT TCA ACA CAC ATT ATT ATA CGT GTG TGT AAT TTT AAC TTA TGT AAA GAA CCC ATG TAT ACT GTT AGT AGA --- --- --- --- --- --- GGT ACA CAG CAA AAT GCC TGG GTT TAT CAG AGT GCA TTT AAT TGT ACA TAT GAC CGA GTG GAA AAG AGT TTT CAA CT- --T GAC ACT ACTCCT AAA ACT GGA AAT TTT AAA GAC CTA CGT GAG TAT GTC TTT AAA AAT AGG GAT GGC TTT CTG TCT GTC TAC CAA ACT TAT ACT GCT GTT AAT TTA CCC AGA GG------------A CTA CCC ACG GGT TTC TCA GTC TTG AAA CCA ATT TTA AAA TTG CCC TTT GGA ATT AAT ATC ACT TCT TAT AGA GTA GTT ATG GCA ATG TTT AGC CAA ACT ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTT TTA CCA GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTT GGT AAT CTT AAA TAT TCT ACC TTC ATG CTC CGA TTT AAT GAA AAT GGG ACG ATC ACG GAT GCT GTA GAT TGT TCC CAA AAT CCT CTT GCT GAA TTA AAA TGC ACC ATT AAA AAT TTC AAT GTT GAC AAA GGA ATC TAC CAA ACA TCC AAC TTC AGA GTT TCA CCC ACT CAA GAG GTT ATT AGA TTT CCT AAC ATT ACA AAT CGC TGT CCT TTT GAC AAG GTT TTT AAT GCT ACT CGC TTT CCT AAT GTT TAT GCA TGG GAG AGA ACA AAA ATC TCT GAT TGT GTT GCT GAC TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCA--- ACC TCT TTC TCG ACT TTT AAA TGT TAT GGA GTG TCT CCA TCT AAG TTG ATT GAC CTA TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCT GAA GTA AGA CAA GTT GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAC AAT TAC AAG TTG CCT GAT GAT TTC ACT GGC TGT GTA ATT GCT TGG AAT A-- --- --- --- --- -CT GCT AAA CAT GAT ACT GGC AAT TAT TAC TAC AGA TCT CAT CGC AAG ACT AAG TTA AAG CCT TTT GAG AGA GAC CTG TCT TCT G-- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- -AC GA- --T GGT AAT GGT GTG TAT ACA CTC TCA ACA TAT GAC TTT AAC CCT AAC GTT CCA GTA GCA TAT CAG GCT ACT AGG GTT GTT GTA CTC TCT TTT GAA CTT CTT AAT GCA CCT GCT ACA GTT TGT GGA CCT AAA TTA TCC ACA GAA CTA GTT AAG AAC CAG TGT GTT AAT TTC AAT TTC AAT GGA CTT AAA GGT ACT GGT GTT TTG ACT TCT TCT TCA AAA AGA TTC CAG TCA TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAC ACA TCT GAC TTT ACG GAT TCA GTA CGT GAC CCA CAG ACT TTA GAA ATA CTT GAC ATT TCA CCT TGT TCC TTT GGT GGT GTT AGT GTT ATC ACA CCT GGA ACG AAC GCC TCA TCA GAG GTA GCT GTT CTC TAT CAA GAT GTA AAT TGC ACT GAT GTC CCT ACA GCA ATA CGT GCA GAT CAA TTA ACA CCT GCT TGG CGC GTT TAT TCC ACT GGA GTA AAT G------TG TTT CAA ACA CAA GCT GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAG CAT GTC AAC GCC TCT TAT GAG TGT GAC ATT CCT ATT GGT GCA GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAT ACA GCT TCT GTT C-- --- --- --- -TA CGT AGT ACC GGC CAG AAA TCA ATT GTT GCC TAT ACT ATG TCA CTG GGT GCT GAA AAT TCC ATT GCA TAC GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACT ACA GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAA ACA GCC GTG GAT TGT ACT ATG TAC ATC TGC GGT GAT TCT TTA GAG TGC AGC AAC TTA CTA TTG CAG TAT GGA AGC TTT TGC ACA CAA CTC AAT CGT GCC CTC ACT GGC ATT GCT ATA GAA CAG GAC AAA AAC ACT CAG GAG GTC TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCT GCC ATA AAG GAC TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAC CCT TCA AAG CCA ACG AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAC TTG CTC TTC AAT AAA GTG ACT CTC GCT GAT GCT GGC TTT ATG AAA CAA TAT GGT GAC TGC CTA GGT GAT GTT AGT GCT AGA GAC CTT ATC TGT GCC CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACT GTG CTA CCG CCA CTG CTC ACA GAT GAG ATG GTT GCT GCA TAC ACA GCT GCG CTA GTT AGT GGT ACT GCT ACG GCG GGC TGG ACG TTT GGT GCA GGT GCA GCT CTT CAA ATA CCA TTT GCT ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTT AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAT GTT CTC TAT GAG AAC CAA AAG CTG ATA GCC AAT CAG TTT AAT AGT GCT ATA GGC AAA ATT CAA GAA TCA TTA TCA TCT ACT GCA AGT GCA CTA GGA AAA CTG CAG GAT GTG GTT AAC CAA AAT GCA CAA GCT CTT AAC ACG CTT GTT AAA CAA CTC AGC TCT AAT TTT GGA GCT ATC TCA AGT GTG TTA AAT GAT ATT CTC TCT CGC CTT GAT AAA GTT GAG GCA GAA GTT CAA ATT GAC AGG TTG ATT ACA GGC AGA TTG CAA AGC CTT CAA ACC TAC GTA ACA CAA CAA CTT ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGC GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAT TTC TGT GGA AAA GGC TAC CAC CTT ATG TCC TTC CCT CAA TCA GCA CCT CAC GGT GTC GTT TTT CTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCA CAA GAG AAA AAC TTC ACA ACA GCT CCA GCT ATT TGT CAC GAA GGC AAA GCT TAT TTC CCT CGT GAA GGT GTC TTT GTG TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATT ACG CAG AGG AAT TTT TAC TCT CCA CAA TTA ATT ACA ACA GAT AAT ACT TTT GTT TCT GGT AAT TGT GAT GTC GTG ATC GGC ATC ATT AAT AAT ACT GTT TAT GAT CCT CTG CAG CCT GAA CTT GAC TCG TTT AAG GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCA GTC GTC AAC ATT CAA AAG GAG ATT GAC CGA CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAC CTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTC CAA GAA CTT GGG AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAG TGG CCT TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTT ATT GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGT CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCG TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
GQ153547_Bat_SARS_CoV_HKU3_12 TTG CTT TCT TAG CTA ATT TAG CTA AAG CAC AGG AAG G---AT GCG GTA TCA TCA GCA GAA AAC C-- GCA ACC TAA AAT GGC --A CAA GTC TCA TCT TCT CGT CGG GGC GTT TAT TAT AAT GAT GAC ATT TTC CGT TCT GAT GTG TTA CAC CTC ACA CAG GAT TAC TTC CTG CCA TTT GAC TCA AAT TTA ACT CAG TAC TTT TCG CTT AAT G-- -TG GAT TCA GAT AGG TAT ACC TAT TTT GAC AAC CCC ATA CTA GAC TTT GGT GAT GGC GTT TAT TTC GCT GCC ACT GAA AAG TCT AAC GTA ATA AGA GGC TGG ATT TTT GGT TCA TCT TTT GAT AAC ACC ACC CAG TCA GCT GTT ATA GTT AAT AAT TCA ACA CAC ATT ATT ATA CGT GTG TGT AAT TTT AAC TTA TGT AAA GAA CCC ATG TAT ACT GTT AGT AGA --- --- --- --- --- --- GGT ACA CAG CAA AAT GCC TGG GTT TAT CAG AGT GCA TTT AAT TGT ACA TAT GAC CGA GTG GAA AAG AGT TTT CAA CT- --T GAC ACT ACTCCT AAA ACT GGA AAT TTT AAA GAC CTA CGT GAG TAT GTC TTT AAA AAT AGG GAT GGC TTT CTG TCT GTC TAC CAA ACT TAT ACT GCT GTT AAT TTA CCC AGA GG------------A CTA CCC ACG GGT TTC TCA GTC TTG AAA CCA ATT TTA AAA TTG CCC TTT GGA ATT AAT ATC ACT TCT TAT AGA GTA GTT ATG GCA ATG TTT AGC CAA ACT ACT TC- --- --- --- --- --- --T AAT TTT TTA CCA GAA AGT GCT GCT TAT TAT GTT GGT AAT CTT AAA TAT TCT ACC TTC ATG CTC CGA TTT AAT GAA AAT GGG ACG ATC ACG GAT GCT GTA GAT TGT TCC CAA AAT CCT CTT GCT GAA TTA AAA TGC ACC ATT AAA AAT TTC AAT GTT GAC AAA GGA ATC TAC CAA ACA TCC AAC TTC AGA GTT TCA CCC ACT CAA GAG GTT ATT AGA TTT CCT AAC ATT ACA AAT CGC TGT CCT TTT GAC AAG GTT TTT AAT GCT ACT CGC TTT CCT AAT GTT TAT GCA TGG GAG AGA ACA AAA ATT TCT GAT TGT GTT GCT GAC TAC ACT GTT CTC TAC AAC TCA--- ACC TCT TTC TCG ACT TTT AAA TGT TAT GGA GTG TCT CCA TCT AAG TTG ATT GAC CTA TGC TTT ACA AGT GTG TAT GCT GAT ACA TTC TTG ATA AGA TCT TCT GAA GTA AGA CAA GTT GCA CCA GGT GAA ACT GGT GTT ATT GCT GAC TAC AAT TAC AAG TTG CCT GAT GAT TTC ACT GGC TGT GTA ATT GCT TGG AAT A-- --- --- --- --- -CT GCT AAA CAT GAT ACT GGC AAT TAT TAC TAC AGA TCT CAT CGC AAG ACT AAG TTA AAG CCT TTT GAG AGA GAC CTG TCT TCT G-- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- -AC GA- --T GGT AAT GGT GTG TAT ACA CTC TCA ACA TAT GAC TTT AAC CCT AAC GTT CCA GTA GCA TAT CAG GCT ACT AGG GTT GTT GTA CTC TCT TTT GAA CTT CTT AAT GCA CCT GCT ACA GTT TGT GGA CCT AAA TTA TCC ACA GAA CTA GTT AAG AAC CAG TGT GTT AAT TTC AAT TTT AAT GGA CTT AAA GGT ACT GGT GTT TTG ACT TCT TCT TCA AAA AGA TTC CAG TCA TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAC ACA TCT GAC TTT ACG GAT TCA GTA CGT GAC CCA CAG ACT TTA GAA ATA CTT GAC ATT TCA CCT TGT TCC TTT GGT GGT GTT AGT GTT ATC ACA CCT GGA ACG AAC GCC TCA TCA GAG GTA GCT GTT CTC TAT CAA GAT GTA AAT TGC ACT GAT GTC CCT ACA GCA ATA CGT GCA GAT CAA TTA ACA CCT GCT TGG CGC GTT TAT TCC ACT GGA GTA AAT G------TG TTT CAA ACA CAA GCT GGC TGT CTT ATA GGA GCT GAG CAT GTC AAC GCC TCT TAT GAG TGT GAC ATT CCT ATT GGT GCA GGC ATT TGT GCT AGT TAC CAT ACA GCT TCT GTT C-- --- --- --- -TA CGT AGT ACC GGC CAG AAA TCA ATT GTT GCC TAT ACT ATG TCA CTG GGT GCT GAA AAT TCC ATT GCA TAC GCT AAT AAT TCA ATT GCC ATA CCT ACA AAT TTT TCA ATC AGT GTC ACT ACA GAA GTG ATG CCT GTT TCA ATG GCT AAA ACA TCC GTG GAT TGT ACT ATG TAC ATC TGC GGT GAT TCT TTA GAG TGC AGC AAC TTA CTA TTG CAG TAT GGA AGC TTC TGC ACA CAA CTC AAT CGT GCC CTC ACT GGC ATT GCT ATA GAA CAG GAC AAA AAC ACT CAG GAA GTC TTT GCC CAG GTT AAA CAA ATG TAC AAG ACA CCT GCC ATA AAG GAC TTT GGC GGT TTC AAT TTT TCA CAA ATA TTG CCT GAC CCT TCA AAG CCA ACG AAG AGA TCA TTT ATT GAA GAC CTG CTC TTC AAT AAA GTG ACT CTC GCG GAT GCT GGC TTT ATG AAA CAA TAT GGT GAA TGC CTA GGT GAT GTT AGT GCT AGA GAC CTT ATC TGT GCC CAG AAG TTC AAT GGA CTT ACT GTG CTA CCA CCA CTG CTT ACA GAT GAG ATG ATT GCT GCA TAC ACA GCT GCG CTA GTT AGT GGT ACT GCT ACG GCA GGC TGG ACG TTT GGT GCA GGT GCA GCT CTT CAA ATA CCA TTT GCT ATG CAA ATG GCT TAT AGG TTC AAT GGC ATT GGA GTT ACT CAA AAC GTT CTC TAT GAG AAT CAA AAG CTG ATA GCC AAT CAG TTT AAT AGT GCT ATA GGC AAA ATT CAA GAA TCA TTA TCA TCT ACT GCA AGT GCA CTA GGA AAA TTG CAG GAT GTG GTT AAC CAA AAT GCA CAA GCT CTT AAC ACG CTT GTT AAA CAA CTT AGC TCT AAT TTT GGA GCT ATC TCA AGT GTG TTA AAT GAC ATT CTC TCT CGC CTT GAT AAA GTT GAG GCA GAA GTT CAA ATT GAT AGG TTG ATT ACA GGC AGA TTG CAA AGC CTT CAA ACC TAT GTA ACA CAA CAA CTT ATC AGA GCT GCT GAA ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCT GAG TGC GTT CTT GGA CAA TCA AAA AGA GTT GAT TTC TGT GGA AAA GGC TAC CAC CTT ATG TCC TTC CCT CAA TCA GCA CCT CAT GGT GTC GTT TTT CTA CAT GTC ACA TAT GTG CCA TCA CAA GAG AAA AAC TTC ACA ACA GCC CCA GCT ATT TGT CAC GAA GGC AAA GCT TAT TTC CCT CGT GAA GGT GTC TTT GTG TCT AAT GGC ACT TCT TGG TTT ATT ACG CAG AGG AAT TTT TAC TCT CCA CAA TTA ATT ACA ACA GAT AAC ACT TTT GTT TCT GGT AAT TGT GAT GTC GTA ATC GGC ATC ATT AAT AAT ACT GTT TAT GAC CCT CTG CAA CCT GAG CTT GAC TCG TTT AAG GAA GAG CTG GAC AAG TAC TTC AAA AAT CAT ACA TCA CCA GAT GTT GAT CTT GGC GAC ATT TCA GGC ATT AAT GCT TCA GTC GTC AAC ATT CAA AAG GAG ATT GAC CGC CTC AAT GAG GTT GCC AAA AAC CTA AAT GAA TCA CTC ATT GAC CTC CAA GAA CTT GGG AAA TAT GAG CAA TAC ATC AAG TGG CCT TGG TAT GTT TGG CTC GGC TTT ATT GCT GGA CTA ATT GCC ATC GTC ATG GTT ACA ATC TTG CTT TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGC AGT TGT CTC AAG GGT GCA TGC TCT TGT GGT TCG TGC TGC AAA TTT GAT GAG GAC GAC TCT GAG CCA GTG CTC AAA GGA GTC AAA TTA CAT TAC ACA TAA
KY352407_SARS_related_CoV_strain_BtKY72 TAC TCA GTC TCT TGT CAT TCA CCA CTG CCC AAG AAG G---CT GTG GCA TAT TGA GTA ATA AGA G-- CAA TCC AGC TCT TAC --T CAA TAT TTT TCA TCT AGG AGA GGT TTT TAT TAT TTT GAT GAC ACA TTT AGA TCT TCT GTT CGT GTG TTG ACT ACA GGT TAT TTC TTG CCT TTC AAT AGT AAT CTT ACT GGT TAT AGT TCA AGA AAT T-- -CA GTT ACT GGA CGG CTG ATA CAG TTT GAT AAT CCA AAC ATA CCA TTT AAG GAT GGT TTG TAT TTT GCG GCA ACA GAA AGG TCC AAC GTT ATA CGC GGT TGG ATT TTT GGC TCT ACA CTA GAC AAC ACA ACT CAA TCC GCT GTG CTT TTT AAT AAT GGT ACA CAC ATT GTT ATT AAT GTG TGT AAC TTT TAT TTT TGC CAA GAT CCC ATG TTG GCA GTG GCT AAT --- --- --- --- --- --- GGT TCT CAT TTT AAA TCT TGG GTT TTT CTT AAT GCC ACC AAT TGT ACA TAT AAT CGT GTA --- CAT GGT TTT GAG ATT GAC CCT AGT C---CA AAT ACA GGT TCC TTT ATA CAT TTA AGA GAA CAT GTA TTT AGA AAT GTG GAT GGT TTT CTT TAT GTT TAC CAT AAT TAT GAA AGA GTA GAT GTT TAT GAC AA------------C TTC CCT CAG GGA TTT TCT GTC CTA AAA CCT ATA TTC AAA TTA CCT TTT GGC CTG AAT ATA ACA CAG TTT AAA GTC ATC ATG ACT TTG TTT TCA CCT ACT ACA AG- --- --- --- --- --- --T TCC TTT AAT GCA GAT GCT TCT GTT TAT TTT GTA GGC CAT TTA AAA CCT CTC ACT ATG CTT GCT GAA TTT GAT GAA AAC GGC ACT ATT ACA GAT GCC GTT GAT TGT TCT CAG GAT CCT CTT TCT GAG CTA AAA TGT ACC ACT AAA AGC CTT ACT GTT GAA AAA GGA ATT TAC CAA ACT TCA AAC TTC CGT GTT TCA CCT AGT ACT GAA GTA GTA AGA TTT CCT AAC ATA ACA AAC CTT TGT CCT TTT GGC CAA GTG TTC AAT GCT TCA AAT TTC CCT TCA GTT TAT GCT TGG GAA AGA CTA CGT ATT AGT GAC TGC GTT GCA GAT TAC GCA GTG CTT TAT AAT TCATCT TCT TCT TTT TCG ACA TTT AAG TGC TAT GGT GTT TCT CCT ACT AAA CTC AAT GAC TTG TGT TTT AGT AGT GTG TAC GCA GAT TAC TTC GTC GTG AAA GGT GAT GAT GTT AGA CAA ATA GCT CCT GCG CAG ACA GGT GTT ATT GCT GAT TAT AAT TAT AAA TTG CCA GAC GAT TTT ACT GGC TGT GTT TTA GCC TGG AAT ACC AAT TCT GTG GAT TCA AAA TCA GGA AAC AAT TTT TAT TA- --- --T AGG CTT TTT AGA CAT GGG AAG ATC AAA CCT TAT GAA CGC GAT ATT TCC AAT GTC CTT TAT AAT TCA GCT GGT GGT ACG TGT TCT TCT ATT TCT CAA CTA GGT TGT TAT GAA CCA CTT AAA TCC TAT GGT TTT ACA CCC ACT GTT GGT GTT GGT TAC CAA CCA TAT AGA GTG GTT GTT CTT TCT TTT GAA TTA CTA AAT GCA CCT GCA ACC GTA TGT GGC CCT AAA AAG TCC ACA GAA CTT GTT AAG AAC AAG TGT GTG AAC TTT AAT TTT AAT GGA CTA ACA GGC ACT GGT GTG CTC ACT AGT TCA ACT AAG AAG TTT CAG CCC TTT CAA CAA TTT GGT CGT GAT GTC TCA GAC TTC ACT GAC TCT GTT AGG GAT CCT AAA ACT TTT GAA ATT TTA GAC ATT TCA CCT TGC TCC TAT GGC GGT GTT AGT GTT ATA ACT CCT GGA ACA AAC ACA TCC AAA GCA GTT GCT GTT TTA TAC CAA GAC GTT AAT TGT ACC GAT GTT CCA ACT ATG ATA CAT GTG GAA CAG GTG TCT TCA GAC TGG CGC GTA TAC GCT TTT AAT TCA TAT GGTAACATG TTC CAA ACA CAA GCT GGT TGT CTT GTA GGA GCC ATT TAT GAG AAC ACC ACC TAT GAG TGT GAT ATA CCT ATC GGA GCT GGA ATC TGT GCT AAG TTC GGC TCA GAT AAA ATT A-- --- --- --- --- --- -GA ATG GGA CAG GAA TCT ATA GTA GCT TAC ACC ATG TCA ATT GGT GAA GAT CAA TCT ATT GCT TAT TCT AAT AAT ATT ATA GCT ATA CCA ACT AAT TTT AGT ATT AGT GTG ACC ACC GAA GTT TTA CCT GTC TCT ATG ACT AAG ACT TCT GTT GAT TGC AAC ATG TAT ATT TGT GGT GAT TCT ACA GAG TGT AGC AAT TTA TTG CTA CAG TAT GGT AGT TTC TGT ACA CAA CTT AAT AGA GCA CTT TCT GGT ATT GCT GTC GAA CAA GAC AGA AAC ACT AGA GAT GTG TTT GCA CAG ACT AAA TCC ATC TAT AAA ACT CCT AAT ATT AAG GAC TTT GGT GGA TTT AAT TTT TCT CAA ATT CTG CCA GAC CCT AAA AAA CTT TCC TAC AGG TCT TTC ATT GAG GAC CTT CTT TAT AAC AAG GTC ACA TTA TCT GAT CCT GGT TTT ATG AAG CAG TAT GGC GAC TGT TTA GGT GGT ATA AAT GCT AGA GAC CTT ATT TGT GCT CAA AAG TTC AAT GGT CTC ACC GTT TTG CCA CCT TTA CTT ACA GAC GAC ATG ATT GCT GCT TAC ACA GCC GCA CTC ATT AGT GGT ACA GCT ACG GCT GGT TAC ACT TTC GGC GCT GGT GCA GCA CTT CAA ATT CCA TTT GCT ATG CAA ATG GCA TAT AGA TTT AAT GGC ATA GGT GTA ACT CAA AAC GTG CTT TAT GAG AAC CAG AAA CAA ATT GCC AAT CAG TTT AAT AAT GCT ATA TCC AAA ATT CAG GAT TCG CTT ACT ACT ACA AGT GCA GCA TTG GGT AAA TTA CAA GAT GTG ATA AAT CAG AAT GCT GTA GCT TTA AAT ACT CTT GTA AAG CAA CTT AGC TCC AAT TTT GGC GCT ATT TCA AGT GTG TTA AAT GAC ATT CTT TCT AGA CTT GAT AAA GTT GAG GCT GAA GTC CAG ATA GAT CGG CTT ATT ACT GGT AGA CTT CAG AGC TTA CAG ACT TAT GTT ACA CAG CAA CTT ATC AGA GCT GCT GAG ATC AGA GCT TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACT AAA ATG TCA GAG TGT GTA CTT GGG CAG TCT AAA AGA GTT GAC TTT TGT GGA AAA GGT TAC CAC TTA ATG TCT TTC CCA CAA GCC GCA CCA CAT GGT GTT GTT TTC TTG CAT GTC ACT TAT GTG CCT TCG CAA CAG CAA AAC TTC ACC ACA GCA CCA GCC ATT TGT CAC AAT GGT AAA GCA TAC TTC CCT AGA GAA GGT GTT TTT GTT ATG AAT GGC ACA CAC TGG TTC ATT ACA CAA AGA AAT TTT TAC TCA CCA CAG GTT ATC ACT ACA GAT AAC ACT TTT GAA TCA GGT AGT TGT GAT GTC GTC ATA GGC ATC ATT AAT AAT ACA GTT TAT GAC CCG CTC CAA CCA GAG CTC GAG TCT TTT AAG CAG GAA CTT GAT AAA TAT TTT AAA AAT CAT ACG TCA CCT GAT GTA GAT TTT GGA GAC ATC TCA GGC ATT AAT GCC TCT GTT GTC GAT ATT AAA AAG GAA ATT GCT CAT CTA AAT GAA ATT GCT AAA AAT TTA AAT GAG TCT CTT ATA GAC CTA CAG GAA TTA GGT AAA TAT GAA CAG TAC GTT AAA TGG CCT TGG TAC GTT TGG CTT GGC TTT GTA GCC GGC ATC GTT GCC ATT CTT ATG TCT GTT ATT ATG CTT TGC TGC ATG ACC AAT TGT TGC AGT TGC TTC AAG GGC ATG TGT TCT TGT GGT TCC TGT TGT AAA TTT GAT GAA GAC CAT TCA GAG CCT G-- -TA AGT GGT GTC AAA TTA CAT TAT ACC TAA
NC_014470_Bat_CoV_BM48_31_BGR_2008 TTC TCT GTC TTC TTG GCT TTG CTA ACG CTC AAG ATG GCAAGT GTG GTA CAC TAT CTA ATA AAA G-- TCC ATC TAA GCT TAC --T CAG ACT CCT TCT TCT AGG AGG GGT TTT TAT TAT TTT GAT GAC ATT TTT AGG TCT TCA ATT CGT GTG CTT ACC ACT GGC CAT TTT CTT CCT TTT AAT ACT AAC CTT ACT TGG TAT TTG ACT TTA AAG T-- -CT AAT GGT AAG CAG AGG ATT TAT TAT GAT AAT CCC AAC ATT AAC TTT GGT GAT GGT GTT TAT TTT GGT CTA ACC GAG AAA TCT AAT GTT TTT CGA GGT TGG ATT TTT GGT TCG ACA TTA GAC AAC ACA ACT CAG TCT GCT GTT CTC TTT AAT AAT GGT ACA CAC ATT GTT ATA GAT GTG TGT AAC TTT AAT TTT TGT GCT GAT CCA ATG TTT GCT GTC AAT AGT --- --- --- --- --- --- GGA CAG CCT TAT AAA ACC TGG ATT TAT ACT AGT GCG GCT AAT TGC ACT TAC CAC AGA GCA --- CAT GCA TTT AAT ATT AGC ACT AAT A---TG AAT CCA GGT AAG TTT AAA CAT TTT AGG GAG CAC CTG TTT AAG AAT GTA GAC GGC TTC CTA TAT GTC TAT CAT AAC TAT GAA CCC ATT GAT CTT AAC AGT GG------------T TTT CCT TCT GGC TTT TCT GTT TTA AAA CCA ATA CTT AAG CTG CCT TTT GGT CTC AAC ATT ACA TAT GTT AAG GCC ATA ATG ACA TTG TTT TCT TCC ACT CAA AG- --- --- --- --- --- --T AAT TTT GAT GCT GAC GCT TCT GCT TAC TTT GTG GGC CAT CTA AAA CCT CTC ACC ATG CTT GTT GAC TTT GAC GAG AAT GGC ACC ATT ATT GAT GCT ATA GAT TGC TCT CAA GAT CCA CTC TCA GAG CTT AAG TGT ACC ACT AAG AGT TTT ACA GTT GAA AAA GGA ATT TAT CAA ACC TCT AAC TTC CGT GTT ACA CCA ACC ACT GAA GTT GTT AGG TTT CCT AAC ATT ACA CAG CTT TGT CCT TTT AAC GAA GTT TTC AAT ATA ACC TCT TTC CCA TCC GTT TAC GCG TGG GAG AGA ATG CGC ATT ACT AAT TGT GTT GCG GAC TAC TCA GTG CTT TAC AAT TCTTCT GCC TCC TTC TCA ACA TTT CAG TGT TAT GGC GTT TCA CCT ACA AAG CTC AAC GAT TTA TGC TTT AGC AGT GTT TAC GCA GAC TAC TTT GTT GTG AAG GGT GAT GAT GTA CGC CAA ATT GCA CCT GCT CAG ACA GGT GTG ATT GCT GAT TAC AAT TAC AAA TTG CCT GAT GAT TTT ACA GGT TGT GTA ATA GCC TGG AAT ACA AAT TCT TTG GAC AGT TCC AAC G-- --- --- --- -AA TTC TTT TAC AGG AGA TTC AGA CAT GGA AAG ATT AAA CCT TAT GGG CGT GAC CTT TCC AAT GTT CTT TTT AAC CCT TCA GGT GGT ACA TGT TCA GCT GAA GG- --T CTT AAT TGT TAC AAA CCA CTT GCC TCC TAT GGA TTT ACA CAG TCC TCT GGA ATT GGC TTT CAA CCA TAC AGA GTG GTT GTG CTT TCT TTT GAG TTG TTA AAC GCA CCT GCT ACA GTT TGT GGG CCT AAA CAG TCT ACT GAG CTA GTT AAG AAC AAG TGT GTT AAC TTC AAT TTC AAC GGA CTT ACA GGC ACT GGT GTG CTT ACT AAT TCT ACT AAA AAG TTC CAA CCT TTT CAA CAG TTT GGG CGT GAC GTT TCA GAT TTT ACG GAC TCC GTC AGA GAC CCT AAA ACC CTT GAG ATT CTT GAC ATT GCA CCT TGT TCA TAC GGC GGT GTC AGT GTT ATA ACT CCT GGT ACA AAT GCT TCT AGT TCA GTG GCT GTT TTG TAT CAG GAT GTT AAT TGT ACA GAT GTG CCT ACT ATG TTA CAT GCT GAT CAA ATT TCT CAT GAT TGG CGT GTG TAT GCC TTC CGT AAT GAT GGCAACATA TTC CAA ACA CAG GCT GGT TGT TTG ATT GGT GCT GCT TAT GAC AAC TCA TCT TAT GAG TGT GAT ATT CCT ATA GGA GCT GGC ATT TGT GCT AAG TAT ACG AAT GTT TCT AGC ACA CTT GTG C-- --- --- -GC TCC GGT GGA CAC TCC ATA CTA GCT TAC ACC ATG TCT CTT GGT GAC AAT CAA GAC ATT GTT TAT TCT AAC AAC ACC ATT GCT ATT CCA ATG AAT TTT AGT ATT AGT GTC ACT ACT GAG GTC TTG CCT GTT TCA ATG ACT AAG ACT TCA GTA GAT TGT AAC ATG TAT ATT TGC GGT GAC TCC ACT GAA TGC AGT AAT TTG CTG CTA CAG TAT GGT AGT TTC TGC ACG CAG TTA AAC AGA GCT CTT GCC GGT ATA GCT GTG GAA CAA GAC AGA AAT ACT CGA GAT GTC TTT GCA CAA ACT AAG GCC ATG TAC AAG ACT CCT TCT TTG AAG GAT TTT GGT GGT TTT AAT TTT TCA CAG ATT TTG CCA GAC CCC GCT AAA CCG TCT AGT AGA TCT TTT ATT GAG GAC TTG CTT TAC AAC AAA GTC ACA CTT GCT GAC CCA GGT TTT ATG AAG CAG TAT GGT GAT TGT TTA GGT GGT GTT AAT GCT CGT GAC CTC ATT TGT GCA CAA AAG TTC AAT GGG CTC ACA GTA CTC CCA CCC CTA CTC ACT GAT GAA ATG ATT GCG GCA TAC ACG GCA GCA CTA ATA AGT GGA ACG GCT ACG GCA GGT TTT ACT TTT GGT GCA GGT GCT GCG CTT CAG ATA CCT TTT GCG ATG CAA ATG GCT TAC AGA TTT AAT GGC ATT GGT GTC ACT CAA AAT GTT TTG TAT GAG AAC CAG AAA CAA ATT GCT AAT CAG TTC AAT AAG GCT ATC TCA CAA ATT CAG GAT TCC TTA AGT ACT ACT ACT ACA GCA CTT GGC AAA TTA CAG GAT GTG ATT AAC CAA AAT GCC ATA GCC CTT AAC ACA CTA GTT AAA CAG CTT AGC TCC AAT TTT GGT GCT ATT TCT AGT GTA CTG AAT GAT ATT CTG TCT CGA CTT GAC AAA GTA GAG GCC GAA GTT CAA ATT GAC AGG CTT ATA ACA GGA CGT TTA CAG AGC TTG CAG ACT TAT GTT ACA CAG CAA CTT ATC AGA GCC GCA GAA ATT AGA GCC TCT GCT AAT CTT GCT GCT ACA AAA ATG TCC GAG TGT GTA CTT GGC CAG TCT AAG AGA GTA GAC TTT TGT GGA AAA GGA TAT CAT TTG ATG TCC TTC CCT CAG GCT GCT CCT CAT GGT GTA GTT TTC TTA CAT GTT ACT TAT GTA CCA TCG CAG GAA CAA AAC TTC ACT ACT GCA CCT GCT ATT TGT CAT GAA GGT AAA GCA CAC TTT CCT CGT GAA GGC GTC TTC GTC ACA AAT GGC ACA CAC TGG TTT ATC ACT CAG CGA AAT TTT TAT TCG CCT CAG CCT ATT ACT ACA GAC AAT ACA TTT GTG TCA GGC AAT TGT GAT GTT GTC ATT GGC ATT GTT AAT AAC ACT GTC TAC GAC CCA CTA CAG CCT GAA CTA GAC TCA TTT AAA GAA GAA CTT GAC AAG TAT TTT AAA AAC CAT ACT TCA CAG AAT GTT AGT CTT GAT GGT CTT AAC AAC ATA AAT GCT TCA GTT GTG GAC ATT AAA AAG GAA ATT GAA CAT CTC AAT GAG ATT GCC AAA AGC CTA AAT GAA TCA CTC ATC GAC CTA CAA GAA CTA GGC AAG TAT GAG CAG TAC ATT AAA TGG CCG TGG TAT GTG TGG CTT GGC TTT ATT GCC GGT CTC ATT GCC ATC GTC ATG GCT ACA ATT ATG TTG TGT TGC ATG ACC AGC TGT TGT AGT TGT CTT AAA GGT GTT TGC TCA TGT GCT TCA TGT TGC AAA TTC GAT GAA GAC CAC TCC GAA CCA GTG CTT ACT GGA GTG AAG TTA CAT TAC ACA TAA

surface_glycoprotein